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万見
- PDB-9ens: Cleavage product of vitellogenin from the honey bee hemolymph -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ens
タイトルCleavage product of vitellogenin from the honey bee hemolymph
要素Vitellogenin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Yolk / LLTP / zinc / vitellogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / lipid transporter activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. ...: / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apis cerana (ニホンミツバチ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Montserrat-Canals, M. / Schnelle, K. / Moeller, A. / Cunha, E. / Luecke, H.
資金援助 ノルウェー, ドイツ, 5件
組織認可番号国
Norwegian Research Council262137 ノルウェー
Norwegian Research Council335244 ノルウェー
German Research Foundation (DFG)SFB 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1557 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST190/196-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of native honey bee vitellogenin.
著者: Mateu Montserrat-Canals / Kilian Schnelle / Vilde Leipart / Øyvind Halskau / Gro V Amdam / Arne Moeller / Eva S Cunha / Hartmut Luecke /
要旨: Vitellogenin (Vg) is the main yolk precursor lipoprotein in almost all egg-laying animals. In addition, along its evolutionary history, Vg has developed a range of new functions in different taxa. In ...Vitellogenin (Vg) is the main yolk precursor lipoprotein in almost all egg-laying animals. In addition, along its evolutionary history, Vg has developed a range of new functions in different taxa. In the honey bee, Vg has functions related to immunity, antioxidant protection, social behavior and longevity. However, the molecular mechanisms underlying Vg functionalities are still poorly understood. Here, we report the cryo-EM structure of full-length honey bee Vg, one-step purified directly from hemolymph. The structure provides structural insights into the overall domain architecture, including the lipid binding cavity and the previously uncharacterized von Willebrand factor type D domain. A domain of unknown function has been identified as a C-terminal cystine knot domain based on structural homology. Information about post-translational modifications, cleavage products, metal and lipid binding allow an improved understanding of the mechanisms underlying the range of Vg functionalities. The findings have numerous implications for the structure-function relationship of vitellogenins of other species as well as members of the same protein superfamily, which share the same structural elements.
履歴
登録2024年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitellogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,2172
ポリマ－201,3061
非ポリマー9111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area54560 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Vitellogenin


分子量: 201305.797 Da / 分子数: 1
断片: The cleavage site for this sample is unclear as there are four possible cleavage sites at positions 1276, 1283, 1318 and 1321; hence the full-length protein sequence is listed.
由来タイプ: 天然
詳細: The cleavage site for this sample is unclear as there are four possible cleavage sites at positions 1276, 1283, 1318 and 1321; hence the full-length protein sequence is listed.
由来: (天然) Apis cerana (ニホンミツバチ) / 参照: UniProt: Q868N5
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vitellogenin bound to native lipids and metals / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Apis cerana (ニホンミツバチ) / 組織: Hemolymph
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.5 MTris-HCl1
20.2 MNaCl1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 62.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1粒子像選択
4cryoSPARC4.1CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1180000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56612572
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1421280
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451450
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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