PDB-9enn: L-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9enn

タイトル

L-amino acid oxidase 4 (HcLAAO4) from the fungus Hebeloma cylindrosporum in complex with N-epsilon-acetyl-L-lysine

要素

L-amino acid oxidase 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-AMINO ACID OXIDASE / FAD / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Hebeloma cylindrosporum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gilzer, D. / Koopmeiners, S. / Fischer von Mollard, G. / Niemann, H.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure and enzyme engineering of the broad substrate spectrum L-amino acid oxidase 4 from the fungus Hebeloma cylindrosporum
著者: Koopmeiners, S. / Gilzer, D. / Widmann, C. / Berelsmann, N. / Spross, J. / Niemann, H.H. / Fischer von Mollard, G.

履歴

登録	2024年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9enn.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9enn.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9enn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9enn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/9enn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9enhC 9eniC 9enjC 9enkC 9enl PDB 未公開エントリ 9enm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1562905459 / データの種類: diffraction image data
実験データセット #2	データ参照: 10.15785/SBGRID/1095 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: L-amino acid oxidase 4

B: L-amino acid oxidase 4

C: L-amino acid oxidase 4

D: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

258 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-amino acid oxidase 4

B: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-amino acid oxidase 4

D: L-amino acid oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
129 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.880, 132.120, 107.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.928, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 65 through 83 or resid 85...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 65 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	65 - 83	12 - 30
d_1	2	SER	SER	ASP	ASP	A	A	85 - 130	32 - 77
d_1	3	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	132 - 144	79 - 91
d_1	4	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	146 - 205	93 - 152
d_1	5	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	207 - 240	154 - 187
d_1	6	TYR	TYR	PRO	PRO	A	A	242 - 249	189 - 196
d_1	7	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	251	198
d_1	8	PHE	PHE	SER	SER	A	A	253 - 257	200 - 204
d_1	9	HIS	HIS	ASP	ASP	A	A	259 - 272	206 - 219
d_1	10	SER	SER	LEU	LEU	A	A	274 - 287	221 - 234
d_1	11	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	289 - 322	236 - 269
d_1	12	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	327 - 332	274 - 279
d_1	13	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	334 - 355	281 - 302
d_1	14	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	357	304
d_1	15	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	359 - 475	306 - 422
d_1	16	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	477 - 486	424 - 433
d_1	17	ASN	ASN	THR	THR	A	A	488 - 495	435 - 442
d_1	18	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	497 - 505	444 - 452
d_1	19	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	507 - 513	454 - 460
d_1	20	ASN	ASN	PHE	PHE	A	A	515 - 530	462 - 477
d_1	21	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	532 - 537	479 - 484
d_1	22	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	539 - 598	486 - 545
d_1	24	ALY	ALY	ALY	ALY	A	F	702
d_2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	65 - 83	12 - 30
d_2	2	SER	SER	ASP	ASP	B	B	85 - 130	32 - 77
d_2	3	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	132 - 144	79 - 91
d_2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	146 - 205	93 - 152
d_2	5	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	207 - 240	154 - 187
d_2	6	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	242 - 249	189 - 196
d_2	7	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	251	198
d_2	8	PHE	PHE	SER	SER	B	B	253 - 257	200 - 204
d_2	9	HIS	HIS	ASP	ASP	B	B	259 - 272	206 - 219
d_2	10	SER	SER	LEU	LEU	B	B	274 - 287	221 - 234
d_2	11	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	289 - 322	236 - 269
d_2	12	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	327 - 332	274 - 279
d_2	13	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	334 - 355	281 - 302
d_2	14	LYS	LYS	LYS	LYS	B	B	357	304
d_2	15	LYS	LYS	ALA	ALA	B	B	359 - 475	306 - 422
d_2	16	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	477 - 486	424 - 433
d_2	17	ASN	ASN	THR	THR	B	B	488 - 495	435 - 442
d_2	18	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	497 - 505	444 - 452
d_2	19	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	507 - 513	454 - 460
d_2	20	ASN	ASN	PHE	PHE	B	B	515 - 530	462 - 477
d_2	21	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	532 - 537	479 - 484
d_2	22	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	539 - 598	486 - 545
d_2	24	ALY	ALY	ALY	ALY	B	V	702
d_3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	65 - 83	12 - 30
d_3	2	SER	SER	ASP	ASP	C	C	85 - 130	32 - 77
d_3	3	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	132 - 144	79 - 91
d_3	4	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	146 - 205	93 - 152
d_3	5	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	207 - 240	154 - 187
d_3	6	TYR	TYR	PRO	PRO	C	C	242 - 249	189 - 196
d_3	7	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	251	198
d_3	8	PHE	PHE	SER	SER	C	C	253 - 257	200 - 204
d_3	9	HIS	HIS	ASP	ASP	C	C	259 - 272	206 - 219
d_3	10	SER	SER	LEU	LEU	C	C	274 - 287	221 - 234
d_3	11	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	289 - 295	236 - 242
d_3	12	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	299 - 332	246 - 279
d_3	13	VAL	VAL	GLY	GLY	C	C	334 - 355	281 - 302
d_3	14	LYS	LYS	LYS	LYS	C	C	357	304
d_3	15	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	359 - 475	306 - 422
d_3	16	TYR	TYR	LEU	LEU	C	C	477 - 486	424 - 433
d_3	17	ASN	ASN	THR	THR	C	C	488 - 495	435 - 442
d_3	18	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	497 - 505	444 - 452
d_3	19	VAL	VAL	ASN	ASN	C	C	507 - 513	454 - 460
d_3	20	ASN	ASN	PHE	PHE	C	C	515 - 530	462 - 477
d_3	21	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	532 - 537	479 - 484
d_3	22	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	539 - 598	486 - 545
d_3	24	ALY	ALY	ALY	ALY	C	MA	702
d_4	1	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	65 - 83	12 - 30
d_4	2	SER	SER	ASP	ASP	D	D	85 - 130	32 - 77
d_4	3	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	132 - 144	79 - 91
d_4	4	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	146 - 205	93 - 152
d_4	5	ASP	ASP	ARG	ARG	D	D	207 - 240	154 - 187
d_4	6	TYR	TYR	PRO	PRO	D	D	242 - 249	189 - 196
d_4	7	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	251	198
d_4	8	PHE	PHE	SER	SER	D	D	253 - 257	200 - 204
d_4	9	HIS	HIS	ASP	ASP	D	D	259 - 272	206 - 219
d_4	10	SER	SER	LEU	LEU	D	D	274 - 287	221 - 234
d_4	11	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	289 - 295	236 - 242
d_4	12	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	299 - 322	246 - 269
d_4	13	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	327 - 332	274 - 279
d_4	14	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	334 - 355	281 - 302
d_4	15	LYS	LYS	LYS	LYS	D	D	357	304
d_4	16	LYS	LYS	ALA	ALA	D	D	359 - 475	306 - 422
d_4	17	TYR	TYR	LEU	LEU	D	D	477 - 486	424 - 433
d_4	18	ASN	ASN	THR	THR	D	D	488 - 495	435 - 442
d_4	19	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	497 - 505	444 - 452
d_4	20	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	507 - 513	454 - 460
d_4	21	ASN	ASN	PHE	PHE	D	D	515 - 530	462 - 477
d_4	22	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	532 - 537	479 - 484
d_4	23	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	539 - 598	486 - 545
d_4	25	ALY	ALY	ALY	ALY	D	GB	702

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99994190034, 0.00501202811349, -0.00954334944518), (-0.00570721864788, -0.99722184959, 0.0742698482284), (-0.0091445940177, 0.0743199991574, 0.99719251608)	40.5484679132, -10.0003219171, 0.571997948131
2	given	(0.419147110549, -0.907914342715, -0.00269184148272), (0.907911637271, 0.419153563831, -0.00259785227973), (0.00348692229578, -0.00135507193116, 0.999993002552)	-1.41409418687, -21.1862597049, 51.8759641
3	given	(-0.415659086114, 0.905974319189, -0.0802375043299), (-0.909440239853, -0.415173820836, 0.02343392048), (-0.0120819810942, 0.0827117371538, 0.996500273091)	24.8933310818, 11.1573373196, 52.6470099339

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-amino acid oxidase 4 分子量: 62197.676 Da / 分子数: 4 / 変異: K474A, K475A / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 54 - 615 obtained by limited proteolysis; surface entropy reduction mutations K474A and K475A 由来: (組換発現) Hebeloma cylindrosporum (菌類) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: S4S6Z0, L-amino-acid oxidase

#1: タンパク質

L-amino acid oxidase 4

分子量: 62197.676 Da / 分子数: 4 / 変異: K474A, K475A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 54 - 615 obtained by limited proteolysis; surface entropy reduction mutations K474A and K475A
由来: (組換発現)

Hebeloma cylindrosporum (菌類) / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: S4S6Z0, L-amino-acid oxidase

-
非ポリマー , 6種, 1573分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ALY / N(6)-ACETYLLYSINE / N⁶-アセチル-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 188.224 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein: 10 mg/ml; reservoir solution: 2.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate, pH 7.0; drop with 200 nl protein + 200 nl reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 214609 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.24 % / B_iso Wilson estimate: 31.82 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 13.42
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.03 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 14146 / CC_1/2: 0.32 / R_rim(I) all: 1.844 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→47.38 Å / SU ML: 0.2382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0965
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1769	10728	5 %
R_work	0.1541	203831	-
obs	0.1553	214559	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16795	0	579	1502	18876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	18036
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8579	24616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0496	2575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	3130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9139	6475

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.480651956202
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.469623668511
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.469597641789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3972	307	0.3724	5871	X-RAY DIFFRACTION	85.4
1.82-1.84	0.3498	323	0.3393	6127	X-RAY DIFFRACTION	89.26
1.84-1.86	0.3696	339	0.3232	6436	X-RAY DIFFRACTION	94.24
1.86-1.89	0.3291	352	0.2873	6697	X-RAY DIFFRACTION	96.72
1.89-1.91	0.2817	359	0.2747	6818	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.91-1.94	0.2847	361	0.2537	6844	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.94-1.97	0.2804	361	0.2328	6862	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.97-2	0.2299	358	0.2066	6797	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2-2.03	0.2311	362	0.1968	6876	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.03-2.06	0.2242	361	0.1848	6864	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.06-2.1	0.2002	361	0.1805	6856	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.1-2.13	0.2062	362	0.1755	6880	X-RAY DIFFRACTION	100
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精密化 TLS

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精密化 TLSグループ

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11	11	chain 'C' and (resid 309 through 348 )	C	G	309 - 348	246 - 281
12	12	chain 'C' and (resid 349 through 599 )	C	G	349 - 599	282 - 532
13	13	chain 'D' and (resid 64 through 158 )	D	J	64 - 158	1 - 95
14	14	chain 'D' and (resid 159 through 272 )	D	J	159 - 272	96 - 209
15	15	chain 'D' and (resid 273 through 308 )	D	J	273 - 308	210 - 245
16	16	chain 'D' and (resid 309 through 348 )	D	J	309 - 348	246 - 285
17	17	chain 'D' and (resid 349 through 598 )	D	J	349 - 598	286 - 535

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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