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- PDB-9en4: VP8* domain of the spike protein VP4 from bovine P[3] strain of r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9en4
タイトルVP8* domain of the spike protein VP4 from bovine P[3] strain of rotavirus species C
要素Outer capsid protein VP8*
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / spike protein / host-virus identification
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Paredes-Martinez, F. / Casino, F.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019- 110630 GB-I00 スペイン
European Regional Development FundPID2022-141621NB-I00European Union
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Deciphering the role of histo-blood group antigens in bovine rotavirus C infection
著者: Navarro-Lleo, N. / Ramirez-Cardenas, J. / Paredes-Martinez, F. / Serna, S. / Gozalbo-Rovira, R. / Munoz-Garcia, J.C. / Reichardt, N.C. / Casino, P. / Angulo, J. / Rodriguez-Diaz, J. / Buesa, J.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP8*
B: Outer capsid protein VP8*


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6112
ポリマ－37,6112
非ポリマー00
水91951
1
A: Outer capsid protein VP8*


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8061
ポリマ－18,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP8*


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8061
ポリマ－18,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.489, 64.370, 76.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP8*


分子量: 18805.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bovine rotavirus C (ウイルス) / 株: P[3] / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L0N4C6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.025 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31292 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium Acetate 1.5 M pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→76.94 Å / Num. obs: 6504 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.365 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.379 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 83626
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.084 / Num. measured all: 13907 / Num. unique obs: 1033 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.303 / Rrim(I) all: 1.126 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 28.122 / SU ML: 0.498 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.593 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29722 322 5 %RANDOM
Rwork0.24438 ---
obs0.24714 6152 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.7 Å2-0 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 0 51 2623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0112642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5781.6283620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2211.5575424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.855327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg1.61855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86110388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0270.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3623.5741314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3623.5741314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6846.4221639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6846.4221640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1833.5581328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1833.5591329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.3846.5621982
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.74137.582877
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.73837.612873
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 27 -
Rwork0.35 448 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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