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- PDB-9en0: KOD-H4 DNA polymerase mutant in a unproductive binary complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9en0
タイトルKOD-H4 DNA polymerase mutant in a unproductive binary complex with DNA:DNA containing six HNA nucleotides
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HG)P*(6HC)P*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / Polymerase / XNA / modified nucleotides / Reverse transcriptase / AtNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Gutfreund, C. / Betz, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Insights into a Mutant Archaeal B-Family Polymerase processing HNA
著者: Gutfreund, C. / Betz, K.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA (5'-D(P*AP*CP*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HG)P*(6HC)P*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,38711
ポリマ－98,9213
非ポリマー4668
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area37860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.081, 112.312, 77.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.503, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 89976.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HG)P*(6HC)P*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 5014.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3930.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.02 M d-glucose, 0.02 M d-mannose, 0.02 M d-galactose, 0.02 M l-fucose, 0.02 M d-xylose, 0.02 M N-acetyl-d-glucosamine, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→44.72 Å / Num. obs: 95106 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.82 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 3.48
反射 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / Num. unique obs: 15434 / CC1/2: 0.104 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→44.72 Å / SU ML: 0.5672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 35.7854
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 2977 4.01 %
Rwork0.2255 71189 -
obs0.2278 74166 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6192 576 28 12 6808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00346985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65599513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04221022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1792706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.550.52341400.43373371X-RAY DIFFRACTION95.9
2.55-2.590.51441450.43573416X-RAY DIFFRACTION97.45
2.59-2.640.45051380.4043383X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.690.38751410.36593425X-RAY DIFFRACTION98.16
2.69-2.740.34631440.35553443X-RAY DIFFRACTION98.01
2.74-2.80.37121400.34063370X-RAY DIFFRACTION97.91
2.8-2.870.34491460.32363502X-RAY DIFFRACTION98.17
2.87-2.940.29911390.31693339X-RAY DIFFRACTION97.7
2.94-3.020.41161500.31083412X-RAY DIFFRACTION97.96
3.02-3.110.34851450.3073390X-RAY DIFFRACTION97.25
3.11-3.210.37321410.30163421X-RAY DIFFRACTION97.48
3.21-3.320.3291390.28163340X-RAY DIFFRACTION96.26
3.33-3.460.36011400.24893364X-RAY DIFFRACTION96.13
3.46-3.620.26631400.23813283X-RAY DIFFRACTION94.87
3.62-3.810.2911380.21643398X-RAY DIFFRACTION97.12
3.81-4.040.26131430.20453405X-RAY DIFFRACTION97.88
4.04-4.360.24141390.17763427X-RAY DIFFRACTION97.91
4.36-4.790.23731410.15713380X-RAY DIFFRACTION97.37
4.79-5.490.2261480.16583392X-RAY DIFFRACTION97.17
5.49-6.910.28391390.18453343X-RAY DIFFRACTION96.06
6.91-44.720.17671410.13943385X-RAY DIFFRACTION97.22
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.53378471558 Å / Origin y: -4.12925172501 Å / Origin z: 18.8941262898 Å
111213212223313233
T0.416175677395 Å2-0.017592213281 Å2-0.0260558554085 Å2-0.380812947691 Å2-0.0494464190138 Å2--0.467350378508 Å2
L0.709290642553 °20.0426161681346 °2-0.672883505132 °2-0.607102559194 °20.00764453064252 °2--1.17679408301 °2
S-0.0288040182819 Å °0.0991537614316 Å °-0.0522055939261 Å °-0.228954192526 Å °0.0709019936681 Å °-0.0551811452811 Å °0.0248805153038 Å °0.0796713925228 Å °-0.0400277955258 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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