PDB-9emd: Crystal structure of Histidine acetyltransferase with L-histidine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9emd

タイトル

Crystal structure of Histidine acetyltransferase with L-histidine and coenzyme A disulfide

要素

Probable N-acetyltransferase 16

キーワード

TRANSFERASE / Acyltransferase / GNAT fold

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Arnesen, T.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human NAT16 encodes histidine alpha-acetyltransferase
著者: Myllykoski, M. / Osberg, C. / Lundekvam, M. / Arnesen, T.

履歴

登録	2024年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9emd.cif.gz	262.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9emd.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9emd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9emoC 9empC 9emtC 9en3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Probable N-acetyltransferase 16

ヘテロ分子

41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.495, 90.495, 98.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Probable N-acetyltransferase 16 分子量: 39038.461 Da / 分子数: 1 / 変異: residues 5-27 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 5-27 deleted. C-terminal 6xHis tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAT16, C7orf52 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8N8M0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#1: タンパク質

Probable N-acetyltransferase 16

分子量: 39038.461 Da / 分子数: 1 / 変異: residues 5-27 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 5-27 deleted. C-terminal 6xHis tag. / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAT16, C7orf52 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N8M0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 350分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-5NG / [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyldisulfanyl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate / CoA-disulfide 分子量: 1533.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₇₀N₁₄O₃₂P₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Sample buffer: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM L-Histidine, 0.7 mM CoA. Well buffer: 0.1 M MIB buffer pH 7.0, 25 % w/v PEG 1500. Cryo-solution: 60% well solution, 20% Glycerol, 20% PEG 1500 PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→78.4 Å / Num. obs: 60369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 31.16 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 9763 / CC_1/2: 0.495 / R_rim(I) all: 3.02 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
SHELXE	2019/1	モデル構築
XSCALE	Jan 31, 2020	データスケーリング
SHELXCD	C: 2016/1, D:2013/2	位相決定
PHENIX	2.15	モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→78.37 Å / SU ML: 0.2555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	3017	5 %
R_work	0.1665	57332	-
obs	0.1675	60349	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→78.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2539	0	139	342	3020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9944	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0517	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1155	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4775	136	0.444	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.62-1.65	0.429	138	0.3879	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.3596	137	0.3421	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.68-1.71	0.2949	135	0.2946	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.71-1.74	0.2613	136	0.2518	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.74-1.78	0.2355	137	0.2329	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.78-1.82	0.2805	135	0.2236	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.82-1.86	0.2425	139	0.2137	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.86-1.91	0.2338	136	0.2182	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.2772	137	0.2183	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.96-2.02	0.2166	137	0.1834	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.08	0.2097	137	0.1679	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.15	0.1714	138	0.1611	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.1854	136	0.1585	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.24-2.34	0.2001	137	0.151	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.47	0.1937	137	0.1525	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.47-2.62	0.1896	137	0.158	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.82	0.1834	138	0.1552	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.82-3.11	0.182	137	0.1588	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.56	0.1691	138	0.1541	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-4.48	0.1519	139	0.14	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.48-78.37	0.1598	140	0.1612	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.91628465273	0.139700089457	-0.125992763445	5.21817575986	-1.1780339584	2.28726112415	-0.00969824024459	-0.0139472176393	-0.396231798577	-0.260766434162	-0.0231297995387	0.0527428077266	0.364007000836	-0.0878225722269	0.0102144072999	0.262716216096	-0.0680040609468	0.0120506989827	0.219980653502	-0.0332753525313	0.283042583526	17.9793589428	1.80305163983	29.1707206433
2	3.85076696091	1.75093176997	-2.04545982553	8.42207200776	-6.74537539769	8.01007037006	-0.0778233789165	-0.128339266579	-0.577582339789	-0.392631171528	-0.273652566495	-0.441600426967	0.693797725613	0.325394097859	0.346237084386	0.244094140374	-0.0346383169555	0.0206602382053	0.206456177102	-0.0267432727393	0.409224861885	27.1658997579	-0.710681149058	27.9497178564
3	7.51455209605	-1.17090025968	-2.78912073736	5.4026495976	4.89324870861	6.2255925081	-0.31148879206	-0.98089990944	-0.129656458235	0.490072284975	0.474204230573	-0.400022193213	0.489831636519	0.785141378839	-0.179147994458	0.300270121035	0.0412986120076	0.0436065677984	0.297495689812	-0.0262602312228	0.366952778342	33.4251807722	12.3611805904	31.0267374118
4	4.5966059865	-1.40606898096	-2.32756546691	2.60831339948	0.648421860317	2.63802993952	-0.0097199746506	-0.38885748804	0.122994348391	0.428185567564	0.131801352793	0.0102199403806	-0.425266022289	-0.195789136255	-0.16320137517	0.401577097583	0.0545950457493	-0.0121412578857	0.441232648827	-0.0546106585721	0.186771794969	14.0494935098	27.5478572899	49.4781430788
5	2.3443397003	-0.690499472154	-0.777910030271	3.05806913909	0.0845234014218	2.45332135497	0.0395818963196	0.0224837904638	0.30340133803	0.00941295454833	0.00156491039453	-0.0530995408535	-0.213110999787	-0.0867867143286	-0.0699154192523	0.263856383321	-0.0294251175562	0.0104236336114	0.248453345094	-0.0155065041283	0.317911128358	17.74470944	31.2820298915	30.7028616314
6	2.8985506673	-0.708765585483	-0.675903898368	1.45693760844	0.0721541248659	1.94479511494	-0.13960751897	-0.275427981896	0.119189503533	0.197590243382	0.188429193197	-0.115733099648	-0.0122416405504	0.0136367477328	-0.0454567505809	0.255003054326	0.00198189811944	-0.00131711417755	0.299392517069	-0.038882103856	0.229722332411	16.8553864473	22.8440474146	42.9770621334

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 47 through 122 )	47 - 122	1 - 76
2	2	chain 'A' and (resid 123 through 150 )	123 - 150	77 - 104
3	3	chain 'A' and (resid 151 through 173 )	151 - 173	105 - 127
4	4	chain 'A' and (resid 174 through 204 )	174 - 204	128 - 158
5	5	chain 'A' and (resid 205 through 275 )	205 - 275	159 - 229
6	6	chain 'A' and (resid 276 through 371 )	276 - 371	230 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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ダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

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非ポリマー , 6種, 350分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)