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- PDB-9ek3: HIV-1 immature WT matrix protein p17 lattice -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ek3
タイトルHIV-1 immature WT matrix protein p17 lattice
要素Matrix protein p17
キーワードVIRAL PROTEIN / MATRIX / HIV-1 / p17 / HIV-1 p17 / VIRUS / GAG / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Rey, J.S. / Perilla, J.R. / Chen, L. / Zhang, P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI178846 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150560 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI184080 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural maturation of the matrix lattice is not required for HIV-1 particle infectivity.
著者: Long Chen / Yuta Hikichi / Juan S Rey / Caner Akıl / Yanan Zhu / Hana Veler / Yao Shen / Juan R Perilla / Eric O Freed / Peijun Zhang /
要旨: During HIV-1 maturation, the matrix (MA) lattice underlying the viral membrane undergoes a structural rearrangement, and the newly released capsid (CA) protein forms a mature CA. While it is well ...During HIV-1 maturation, the matrix (MA) lattice underlying the viral membrane undergoes a structural rearrangement, and the newly released capsid (CA) protein forms a mature CA. While it is well established that CA formation is essential for particle infectivity, the functional role of MA structural maturation remains unclear. Here, we examine maturation of an MA triple mutant, L20K/E73K/A82T, which, despite replicating similarly to wild-type (WT) in some cell lines, exhibits distinct biochemical behaviors that suggest altered MA-MA interactions. Cryo-electron tomography with subtomogram averaging reveals that, although the MA lattice in immature L20K/E73K/A82T virions closely resembles that of the WT, mature L20K/E73K/A82T virions lack a detectable MA lattice. All-atom molecular dynamics simulations suggest that this absence results from destabilized inter-trimer MA interactions in mature L20K/E73K/A82T mutant virions. These findings suggest that an ordered, membrane-associated mature MA lattice is not essential for HIV-1 infectivity, providing insights into the structural requirements for HIV-1 particle maturation and generation of infectious particles.
履歴
登録2024年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein p17
B: Matrix protein p17
C: Matrix protein p17
D: Matrix protein p17
E: Matrix protein p17
F: Matrix protein p17
G: Matrix protein p17
H: Matrix protein p17
I: Matrix protein p17
J: Matrix protein p17
K: Matrix protein p17
L: Matrix protein p17
M: Matrix protein p17
N: Matrix protein p17
O: Matrix protein p17
P: Matrix protein p17
Q: Matrix protein p17
R: Matrix protein p17
S: Matrix protein p17
T: Matrix protein p17
U: Matrix protein p17
V: Matrix protein p17
W: Matrix protein p17
X: Matrix protein p17
Y: Matrix protein p17
Z: Matrix protein p17
a: Matrix protein p17
b: Matrix protein p17
c: Matrix protein p17
d: Matrix protein p17
e: Matrix protein p17
f: Matrix protein p17
g: Matrix protein p17
h: Matrix protein p17
i: Matrix protein p17
j: Matrix protein p17
k: Matrix protein p17
l: Matrix protein p17
m: Matrix protein p17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,22178
ポリマ－510,31439
非ポリマー8,90639
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Matrix protein p17 / MA


分子量: 13084.983 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: pNL4-3 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12497
#2: 化合物...
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: HIV-1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス) / 株: pNL4-3
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 123 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティングRigid-body fitting
13NAMD3モデル精密化Molecular Dynamics Flexible Fitting
14Rosetta3.14モデル精密化Automated model refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18262 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 89 / Num. of volumes extracted: 18262
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17TBP

7tbp

17TBP1PDBexperimental model
22LYB

2lyb

12LYB2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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