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- PDB-9egi: Crystal Structure of EgtUC binding domain mutant T274G bound to L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9egi
タイトルCrystal Structure of EgtUC binding domain mutant T274G bound to L-Ergothioneine from S. pneumoniae
要素Ergothioneine transporter EgtUC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / L-ergothioneine / ABC transporter / S. pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / quaternary ammonium group transport / glycine betaine transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
: / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LW8 / Ergothioneine transporter EgtUBC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Legg, K.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118157 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: C-H...S hydrogen bonds are essential for molecular recognition of ergothioneine by the bacterial ergothioneine transporter EgtUC in Streptococcus pneumoniae.
著者: Legg, K.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Edmonds, K.A. / Shushkov, P.G. / Giedroc, D.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ergothioneine transporter EgtUC
B: Ergothioneine transporter EgtUC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5094
ポリマ－62,0492
非ポリマー4612
水4,702261
1
A: Ergothioneine transporter EgtUC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2552
ポリマ－31,0241
非ポリマー2301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ergothioneine transporter EgtUC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2552
ポリマ－31,0241
非ポリマー2301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.153, 127.313, 206.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-824-

HOH

21B-807-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ergothioneine transporter EgtUC


分子量: 31024.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: proWX, SPD_1642 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZQB9
#2: 化合物 ChemComp-LW8 / trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium


分子量: 230.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Sodium citrate tribasic pH 5.6, Potassium Sodium Tartrate 0.2 M and Ammonium Sulphate 1.6 - 2.0 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→51.94 Å / Num. obs: 33902 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 34.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.22 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1696 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.109 / Rsym value: 0.991

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→51.94 Å / SU ML: 0.2064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.8544
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1593 4.71 %
Rwork0.2005 32203 -
obs0.2025 33796 58.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→51.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4300 0 30 261 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00874406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08875953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1375591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.010.316470.2856117X-RAY DIFFRACTION2.38
2.01-2.080.3128140.2993297X-RAY DIFFRACTION5.97
2.08-2.170.4102320.3091631X-RAY DIFFRACTION12.84
2.17-2.260.4359560.3131163X-RAY DIFFRACTION23.41
2.26-2.380.3121180.28152067X-RAY DIFFRACTION41.91
2.38-2.530.36031630.26943596X-RAY DIFFRACTION72.03
2.53-2.730.30872330.27354585X-RAY DIFFRACTION91.98
2.73-30.27062580.25794870X-RAY DIFFRACTION97.94
3-3.440.2992020.22314968X-RAY DIFFRACTION98.46
3.44-4.330.21832630.16724871X-RAY DIFFRACTION96.7
4.33-51.940.17852470.15145038X-RAY DIFFRACTION97.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92323684107-0.5146681553370.8927966937112.49911796431-0.6271669997063.97133906992-0.057905948522-0.00778251450650.05145186166460.27336298587-0.09529493399150.289571597704-0.409652459212-0.1762771832580.07689159947920.284756661520.1059056729420.008478033841440.170234123383-0.0487334397270.27605152069722.4233996069-17.0369144756-5.28146131446
21.62692598887-1.00090729699-1.379269768513.813539527780.9599193557295.87732167877-0.08653138452150.03030271290720.108784271212-0.0610872779629-0.100419401309-0.573747008756-0.03290870069841.001550467650.1505905173250.2630755127490.03775801618950.00996500117530.404585353540.1030077525090.29242338390339.7889022294-19.5724279062-22.9974332604
33.0574720751-0.390148166872-0.5562914914563.632435349130.374425780254.14196669216-0.0733929259962-0.3884386464560.2352313591380.632069819162-0.00900968497789-0.067128463251-0.5564665686920.338421679440.01894032154270.458599965334-0.0104156686017-0.01568998475320.21723622587-0.02409572796850.19480884363230.7224150787-15.70821147373.53298134382
42.32501002698-0.679184718295-1.171347157442.522098762770.4131613021153.65990478228-0.2473562848120.822699104766-0.396123556073-0.387809801036-0.06549597407930.2254005121510.131852724833-0.1915055545720.2651155260840.2874482134960.03480017790590.01099320858230.568484829115-0.114566716520.280396312727.60658016288-8.37225601508-50.5058662796
51.633862650790.03796433777250.9032653823042.30412526778-0.5069591667423.58493096134-0.4058934589790.252362752162-0.5152195300520.08669547984910.115692328709-0.2403098662080.1183353660760.4870135007760.1412034077720.2442596463520.1308950990590.1193088455650.36494337517-0.0009977378508430.34746230104120.5910368812-10.5556457792-39.1740275116
64.68656685565-0.1668315472930.04892968719292.602013291291.052635048983.37394318315-0.193457850531-0.1178407783920.6654853076010.3291709925340.0774817284797-0.0799202568854-0.4468106669230.1981196154870.07024459830460.305950097340.0426302848247-0.06276114572490.2112822887260.006600164517810.27430835393511.60951030338.7272228425-27.2188585782
73.18891884-0.13029634319-0.1780961831572.467081475350.7915171907693.44871983601-0.09137441383060.8655453947090.254397037233-0.606832747024-0.0738379545394-0.204605980224-0.5854717956240.1955298480640.1506910692370.392853809271-0.0301669021140.01537801589160.5808154619920.1368000080320.27069636074916.62997530990.624374743421-48.9947367075
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 232 through 340 )AA232 - 3401 - 109
22chain 'A' and (resid 341 through 444 )AA341 - 444110 - 213
33chain 'A' and (resid 445 through 506 )AA445 - 506214 - 275
44chain 'B' and (resid 235 through 288 )BC235 - 2881 - 54
55chain 'B' and (resid 289 through 340 )BC289 - 34055 - 106
66chain 'B' and (resid 341 through 422 )BC341 - 422107 - 188
77chain 'B' and (resid 423 through 506 )BC423 - 506189 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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