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- PDB-9egd: AclA from Tenacibaculum discolor in complex with intermediate for... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9egd

タイトル

AclA from Tenacibaculum discolor in complex with intermediate formed by C8-Lysine attack on ADP

要素

THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / N-acyl-cyclolysine / biosynthesis / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Tenacibaculum discolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Shirkey, J.D. / Jeffrey, P.D. / Linares-Otoya, L. / Khatri Chhetri, B. / Donia, M.S. / Hughson, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Discovery of a widespread chemical signalling pathway in the Bacteroidota.
著者: Linares-Otoya, L. / Shirkey, J.D. / Chhetri, B.K. / Mira, A. / Biswas, A. / Neff, S.L. / Linares-Otoya, M.V. / Chen, Y. / Campos-Florian, J.V. / Ganoza-Yupanqui, M.L. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. / Donia, M.S.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2025年10月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9egd.cif.gz	870.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9egd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9egd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/9egd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/9egd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9egbC 9egcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

215 kDa, 7 ポリマー
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A: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

B: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.6 kDa, 2 ポリマー
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C: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

D: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.4 kDa, 2 ポリマー
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E: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

F: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.4 kDa, 2 ポリマー
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G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

G: THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	204.122, 83.875, 162.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.491, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	A	A	2 - 249	16 - 263
1	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'A' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	A	H - I	301 - 302
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	B	2 - 249	16 - 263
2	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'B' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	B	J - K	301 - 302
3	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	C	2 - 249	16 - 263
3	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'C' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	C	N - O	301 - 302
4	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	D	D	2 - 249	16 - 263
4	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'D' and (resid 2 through 250 or resid 301 through 302))	D	P - Q	301 - 302
5	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	E	2 - 249	16 - 263
5	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'E' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	E	R - S	301 - 302
6	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	F	2 - 249	16 - 263
6	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'F' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	F	T - U	301 - 302
7	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	G	2 - 249	16 - 263
7	2	AMP	AMP	A1BIH	A1BIH	(chain 'G' and (resid 2 through 249 or (resid 250...	G	V - W	301 - 302

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要素

#1: タンパク質	THIF-type NAD/FAD binding fold domain-containing protein 分子量: 30056.287 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tenacibaculum discolor (バクテリア) 遺伝子: CSC81_02270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G1BYE5
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1BIH / N~2~-octanoyl-L-lysine 分子量: 272.384 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, DL-Malic Acid, PEG-3350, MgCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→29.62 Å / Num. obs: 45960 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.231 / R_pim(I) all: 0.134 / R_rim(I) all: 0.268 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.536 / Num. unique obs: 4488 / CC_1/2: 0.541 / R_pim(I) all: 0.867 / R_rim(I) all: 1.767 / Χ²: 0.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→29.62 Å / SU ML: 0.4709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.0731
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	2354	5.13 %
R_work	0.1935	43551	-
obs	0.1964	45905	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→29.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13987	0	308	0	14295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	14606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2727	19699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0724	2145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.2938	5500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.21	0.4154	128	0.368	2522	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.21-3.28	0.3457	131	0.3164	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.28-3.36	0.3753	136	0.3044	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.36-3.44	0.3692	145	0.283	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.44-3.54	0.3262	137	0.2843	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.54-3.64	0.2983	148	0.2556	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.64-3.76	0.319	131	0.2206	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.76-3.89	0.2665	135	0.2187	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.89-4.05	0.275	132	0.2042	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.05-4.23	0.243	135	0.1762	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.23-4.45	0.2277	150	0.1515	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.34
4.45-4.73	0.1807	143	0.142	2533	X-RAY DIFFRACTION	98.75
4.73-5.1	0.1967	143	0.1542	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.23
5.1-5.61	0.2503	145	0.1648	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.49
5.61-6.41	0.2082	128	0.169	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.71
6.41-8.05	0.2113	149	0.1677	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.82
8.05-29.62	0.1901	138	0.1469	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.366987955019	1.08281872042	-1.47172458314	9.25715932453	-7.10994128041	7.18691783873	-0.188097927229	-0.127021330405	1.31027269416	1.78577935568	-0.410448722795	0.205989924601	-0.670913027666	-0.968310560518	0.733753741434	0.739718649302	0.237154163297	-0.0701047083343	0.608771500005	-0.226538713987	1.21069972832	-59.331397734	18.0728895082	62.822530767
2	3.27615273876	1.5350427809	1.16618273325	3.54775189555	1.00110000236	4.70558819015	-0.308067872169	-0.130279108779	1.34477416809	0.302968918059	0.055117309656	-0.0596773530526	-0.457956845421	0.0270772377475	0.160165866013	0.811243958195	0.0127513740632	-0.361133712066	0.335416254005	-0.0489824297306	1.06449283184	-41.7063411906	23.054711011	61.6902190021
3	0.333065791092	0.403740999109	0.263214951401	1.64220175648	-0.0447602744924	0.684640193736	-0.459134406625	-0.128204821098	0.591332589507	0.218298375242	-0.248015787844	-0.0241691699749	-0.660018964186	-0.178523485437	-0.113459429984	1.10332990016	-0.0268634034417	-0.633897820285	0.314533831118	-0.0685510827346	1.41946248022	-36.9842061029	30.6814418523	59.4152460004
4	0.00501776808581	0.070741038683	0.0291886652521	1.12675858932	0.502546079914	0.220575951667	0.606392738787	-0.705742024285	0.63627778234	0.408171988451	-0.182853931047	0.0166355770815	-0.499141384547	0.332445876183	0.931879426879	0.953242811429	-0.288914525507	-0.48943442621	0.382117642815	-0.371366660233	0.853023986103	-32.699294331	21.5663760743	72.3498313156
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58	3.63410304	-1.00686121474	-0.0568120102049	0.6257521912	-1.1552326628	4.13505257835	0.294178620659	-0.179570623582	0.0642681452846	-0.0774663448426	-0.461674729462	0.285312088621	-0.439187261611	-0.184565198498	0.377682812348	0.734761197892	-0.0172062613817	-0.378275684275	0.361811685836	0.0521547105961	0.956875807786	-29.6817884439	63.7896398465	74.7170125349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 250 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 14 through 108 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 109 through 154 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 155 through 187 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 188 through 213 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 214 through 232 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 233 through 250 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 32 through 60 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 61 through 95 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 96 through 123 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 124 through 154 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 155 through 172 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 173 through 213 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 214 through 250 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 13 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 14 through 74 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 75 through 95 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 96 through 108 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 109 through 123 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 124 through 135 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 136 through 154 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 155 through 172 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 173 through 187 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 188 through 232 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 233 through 250 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 2 through 31 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 32 through 74 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 75 through 95 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 96 through 108 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 109 through 123 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 124 through 154 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 155 through 172 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 173 through 213 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 214 through 233 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 234 through 250 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 2 through 62 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 63 through 74 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 75 through 95 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 96 through 108 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 109 through 154 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 155 through 172 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 173 through 232 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 233 through 250 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 2 through 31 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 32 through 108 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 109 through 154 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 155 through 172 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 173 through 213 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resid 214 through 250 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)