PDB-9efy: Co-MAHF-9 A8G Metal Alpha-Helix Framework

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9efy

タイトル

Co-MAHF-9 A8G Metal Alpha-Helix Framework

要素

Co-MAHF-9 A8G

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic construct

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.91 Å

データ登録者

Richardson-Matthews, R.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Metal-alpha-Helix Peptide Frameworks.
著者: Richardson-Matthews, R. / Velko, K. / Bhunia, B. / Ghosh, S. / Oktawiec, J. / Brunzelle, J.S. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9efy.cif.gz	23.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9efy.ent.gz	13.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9efy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9efy_validation.pdf.gz	379.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9efy_full_validation.pdf.gz	379.5 KB	表示
XML形式データ	9efy_validation.xml.gz	3.1 KB	表示
CIF形式データ	9efy_validation.cif.gz	3.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eg0C 9eg2C 9eg3C 9eg5C 9eh3C 9ehnC 9ehpC 9ehqC 9ejuC 9ejvC 9mdbC 9mdgC 9meoC 9mepC 9meqC 9mfiC 9mfjC 9mfkC 9mkjC 9ml0C 9mnvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Co-MAHF-9 A8G

B: Co-MAHF-9 A8G

ヘテロ分子

1.98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Co-MAHF-9 A8G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
961 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Co-MAHF-9 A8G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.02 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	10.320, 16.240, 21.570
Angle α, β, γ (deg.)	67.920, 89.370, 71.850
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質・ペプチド	Co-MAHF-9 A8G 分子量: 961.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: water, acetonitrile, cobalt acetate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	MAX IV	BioMAX	1	0.6888
シンクロトロン	APS	21-ID-D	2	0.72925

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS EIGER X 16M	1	PIXEL	2024年5月8日
DECTRIS EIGER X 16M	2	PIXEL	2023年2月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.6888	1
2	0.72925	1

反射

解像度: 0.91→14.56 Å / Num. obs: 24651 / % possible obs: 92.63 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 8.73 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 3.95

反射シェル

解像度: 0.91→0.94 Å / Num. unique obs: 172 / CC_1/2: 0.0247

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.91→14.56 Å / SU ML: 0.0852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.7689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1632	10.03 %
R_work	0.1798	14640	-
obs	0.1824	24651	92.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.91→14.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	130	0	9	5	144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5425	186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	16
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	20
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.0227	22

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.91-0.94	0.3229	136	0.2713	1237	X-RAY DIFFRACTION	90.81
0.94-0.97	0.2592	128	0.2349	1184	X-RAY DIFFRACTION	93.45
0.97-1	0.296	138	0.214	1215	X-RAY DIFFRACTION	92.93
1-1.04	0.2544	132	0.2347	1253	X-RAY DIFFRACTION	93.33
1.04-1.09	0.2389	116	0.1951	1002	X-RAY DIFFRACTION	75.64
1.09-1.15	0.1928	145	0.1721	1281	X-RAY DIFFRACTION	95.7
1.15-1.22	0.2327	136	0.1878	1208	X-RAY DIFFRACTION	96
1.22-1.31	0.1926	146	0.2029	1252	X-RAY DIFFRACTION	94.2
1.31-1.44	0.2153	132	0.202	1264	X-RAY DIFFRACTION	94.07
1.44-1.65	0.2197	145	0.1705	1270	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.65-2.08	0.197	140	0.18	1237	X-RAY DIFFRACTION	94.97
2.08-14.56	0.1842	138	0.156	1237	X-RAY DIFFRACTION	93.79

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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