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- PDB-9efw: Co-crystal structure of yeast Forkhead transcription factor Fkh1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9efw
タイトルCo-crystal structure of yeast Forkhead transcription factor Fkh1 bound to DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • Fork head protein homolog 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding / Transcription factor / DNA shape readout / Forkhead proteins / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of pseudohyphal growth / donor selection / positive regulation of DNA replication initiation / SUMOylation of transcription factors / centromeric DNA binding / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Estrogen-dependent gene expression ...positive regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of pseudohyphal growth / donor selection / positive regulation of DNA replication initiation / SUMOylation of transcription factors / centromeric DNA binding / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Estrogen-dependent gene expression / DNA replication origin binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / G2/M transition of mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. ...Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Fork head protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, G.L. / Jiang, Y. / Sun, Y. / Nasertorabi, F. / Batyuk, A. / Aparicio, O.M. / Cherezov, V. / Rohs, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130376 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of yeast Fkh1 transcription factor bound to DNA
著者: Wang, G.L. / Jiang, Y. / Sun, Y. / Nasertorabi, F. / Batyuk, A. / Aparicio, O.M. / Cherezov, V. / Rohs, R.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fork head protein homolog 1
B: Fork head protein homolog 1
D: DNA
C: DNA
F: DNA
E: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9068
ポリマ－51,8286
非ポリマー782
水1,78399
1
A: Fork head protein homolog 1
F: DNA
E: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9534
ポリマ－25,9143
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
2
B: Fork head protein homolog 1
D: DNA
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9534
ポリマ－25,9143
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.161, 50.245, 59.041
Angle α, β, γ (deg.)110.78, 100.37, 82.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Fork head protein homolog 1


分子量: 14265.338 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 299-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FKH1, YIL131C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40466
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 5841.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 5806.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % / 解説: Cubic crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 37.5-40% PEG 5K-MME, and 200mM of ammonium phosphate monobasic
PH範囲: 6.8-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月10日 / 詳細: Mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.51 Å / Num. obs: 27067 / % possible obs: 90.47 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2687 / CC1/2: 0.649 / Rpim(I) all: 0.736 / % possible all: 90.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21-5207精密化
Blu-Iceデータ収集
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.51 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1168 5.01 %
Rwork0.1889 --
obs0.1914 23291 90.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 1546 2 99 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5975265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.0961549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.36541500.30182835X-RAY DIFFRACTION92
2.3-2.420.3231420.28242696X-RAY DIFFRACTION89
2.42-2.570.34421380.26882621X-RAY DIFFRACTION86
2.57-2.770.29641520.262873X-RAY DIFFRACTION94
2.77-3.050.32651500.26232845X-RAY DIFFRACTION93
3.05-3.490.26061410.21612657X-RAY DIFFRACTION87
3.49-4.40.19881450.16742766X-RAY DIFFRACTION90
4.4-29.510.19221500.14152830X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.72840.3346-1.24211.20530.55862.61840.1505-0.5335-0.35350.47440.0203-0.11420.2306-0.113600.72670.0153-0.00770.69790.01120.6039-5.89423.564850.9805
23.46340.40571.60122.78330.55333.32610.08480.25710.0952-0.20310.02410.0544-0.23550.0202-00.5598-0.03220.05730.57980.01310.521821.993715.750922.431
32.18410.4554-1.09211.59220.50961.56430.250.2701-0.4757-0.26220.16491.2246-0.0953-0.054200.683-0.0868-0.11280.66910.03780.83056.81667.568421.5477
41.43180.3313-0.9863.01820.97141.54970.1730.3957-0.7506-0.38650.16181.48810.0836-0.26310.00550.64-0.0532-0.11460.72560.09410.9386.22467.44620.7365
52.50131.2937-0.28851.3318-0.32171.2983-0.04710.2579-0.11060.3406-0.0879-0.2934-0.09880.52050.00010.65750.04460.02050.6528-0.08510.6649.059327.825744.5037
61.83951.4229-0.09321.671-0.10531.42680.12050.4431-0.2210.3688-0.2316-0.5453-0.11820.5033-0.00010.72660.0918-0.01760.7018-0.05130.6979.525427.03743.7906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 299 through 421)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 299 through 421)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 19)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 19)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 19)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 19)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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