PDB-9efe: Crystal Structure in space group P21 of a nucleoid-associated pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9efe

タイトル

Crystal Structure in space group P21 of a nucleoid-associated protein (UBP) from Sulfolobus islandicus.

要素

Plasmid pARN4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Sulfolobus islandicus / Archaea / DNA sequence specific binding protein / nucleoid-associated protein / DNA replication origin binding protein

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Plasmid pARN4

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Dhanaraju, R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.

資金援助

米国,

英国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM135178	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM152171	米国
Wellcome Trust	086045/Z/08/Z	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: An archaeal nucleoid-associated protein binds an essential motif in DNA replication origins.
著者: Dhanaraju, R. / Samson, R.Y. / Feng, X. / Costa, A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9efe.cif.gz	454.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9efe.ent.gz	314.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9efe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9efdC 9effC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmid pARN4

C: Plasmid pARN4

D: Plasmid pARN4

B: Plasmid pARN4

E: Plasmid pARN4

F: Plasmid pARN4

G: Plasmid pARN4

H: Plasmid pARN4

ヘテロ分子

111 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Plasmid pARN4

C: Plasmid pARN4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel Filtration shows a peak corresponding to the dimer MW. Single point mutations on the dimer interaction surface disrupts dimer formation.
27.5 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Plasmid pARN4

B: Plasmid pARN4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Plasmid pARN4

F: Plasmid pARN4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Plasmid pARN4

H: Plasmid pARN4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.896, 165.538, 47.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Plasmid pARN4 分子量: 13679.189 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌) 遺伝子: SiRe_1573 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NFD3
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NaAc 0.1 M pH 4.8 - 5.2, LiCl 0.2 M or MgCl2 0.2 M, and PEG6000 18 - 24%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.24984 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→47.64 Å / Num. obs: 41929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.086 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.59→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 417 / CC_1/2: 0.447 / R_pim(I) all: 0.636 / R_rim(I) all: 1.216 / R_sym value: 1.033 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→47.64 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 24.02 / 位相誤差: 27.4677
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	2140	5.11 %
R_work	0.2216	39752	-
obs	0.2257	41892	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7145	0	75	311	7531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	7386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6961	9923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0511	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.237	961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.65	0.2856	135	0.2807	2697	X-RAY DIFFRACTION	94.7
2.65-2.71	0.3393	145	0.2635	2589	X-RAY DIFFRACTION	94.63
2.71-2.79	0.3043	149	0.2728	2665	X-RAY DIFFRACTION	94.6
2.79-2.87	0.3135	138	0.2699	2616	X-RAY DIFFRACTION	94.85
2.87-2.96	0.2835	128	0.2557	2680	X-RAY DIFFRACTION	95.37
2.96-3.07	0.2766	146	0.2579	2614	X-RAY DIFFRACTION	94.57
3.07-3.19	0.2558	113	0.2443	2716	X-RAY DIFFRACTION	96.01
3.19-3.34	0.256	176	0.2427	2577	X-RAY DIFFRACTION	93.57
3.34-3.51	0.2727	145	0.2271	2651	X-RAY DIFFRACTION	94.75
3.51-3.73	0.2233	159	0.2305	2619	X-RAY DIFFRACTION	94.24
3.73-4.02	0.2493	132	0.213	2665	X-RAY DIFFRACTION	94.94
4.02-4.42	0.273	164	0.1894	2623	X-RAY DIFFRACTION	94.08
4.42-5.06	0.2168	127	0.182	2669	X-RAY DIFFRACTION	95.25
5.06-6.38	0.2684	137	0.2174	2679	X-RAY DIFFRACTION	95.13
6.38-47.64	0.236	146	0.2285	2692	X-RAY DIFFRACTION	94.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.18819119883	-0.610266304936	0.0491602592341	3.5982347439	0.347593632114	5.46103277004	0.171894233438	-0.0694062057666	-0.0844028484821	0.0209578041735	-0.0317764125627	0.237510841158	0.331576672381	-0.642606124943	-0.128729304384	1.24606251146	-0.338861616836	0.0800460515221	0.61287991884	0.0546321918599	0.465843933639	15.82362488	-27.8592915808	19.8395400297
2	1.74450422534	-1.35579931864	-0.59306977276	2.75471387646	0.633319992203	1.4481824509	-0.0412851901549	-0.143038245777	-0.0755941428507	0.0811066178523	-0.132748537173	0.0944590855336	0.323426534101	-0.0265698854497	0.133888377774	1.03001252718	0.0869270476002	-0.043971141766	0.746528382937	-0.0909899260376	0.135440038705	31.6546289822	-39.1976599384	19.3595883664
3	1.64028466268	-0.714541116539	-0.199164104036	2.42088252483	0.700245739045	2.54236629304	0.0200925666047	-0.00796330184673	0.294904117829	-0.166163841858	0.0270986454985	-0.0793139517738	-0.133381934125	0.304658204822	-0.0146728885405	1.13134821613	0.199294037933	0.0631937995058	0.543118925915	-0.049485233103	0.0756532009241	33.3188118786	-35.0189911193	7.83843399846
4	8.41365006456	0.692439821288	-3.60386550319	1.39795634368	0.724683029989	2.32129240142	-0.0342253894777	0.0418186822087	0.496971161522	-0.0877395168428	-0.0320605643355	-0.0115298662338	-0.403529934099	0.298295896263	0.0669833107672	1.42802256644	0.190864042418	-0.291035927077	1.38523992297	0.0997276785321	1.54135420374	51.7769991231	-35.2361352052	1.84844884866
5	1.65713353856	-0.901058054175	-0.130993310202	3.48056974336	-1.59657726577	4.82149872455	-0.0433426310262	0.0596098874151	0.0633069695785	0.272526834332	-0.0243222343426	-0.228693933902	-0.284593397151	0.123727008397	0.0380914077252	0.919493791156	-0.0463349592207	-0.117877873043	0.553332628583	0.119018682286	0.267805765569	35.8262754677	-40.7435914603	1.73740317049
6	8.26396887159	1.00567706529	3.7491122502	2.99422761824	-1.35345924387	2.8415407164	0.0431609318744	1.0162260989	-0.623063464591	-0.722405079138	-0.0556634555025	-0.140409413957	0.630321142315	0.211301909371	0.0304900863274	1.37050851731	0.0870752839828	0.140424742221	0.718617017757	-0.0404469175796	0.533788700814	33.6076475751	-53.2100636794	2.98725800217
7	0.39314931057	-0.437871848587	-0.261907054884	3.22544892069	0.74580030032	0.36763606536	0.208658986745	0.0764255613749	-0.0289100866018	-0.450830817381	-0.150920101841	0.297396842233	0.174658141402	-0.138299737275	-0.0533688828639	1.05000837884	-0.0300371858697	-0.000349947609197	0.50479993049	0.0744537363265	0.336398907321	24.7899398154	-25.2209079062	16.4952339825
8	5.17477368176	-2.92989198604	0.0741654844956	3.71571794361	0.145368309218	2.43318002705	-0.0203317016227	0.479584144118	0.594236989203	-0.661618462038	-0.0560089953413	-0.505846992481	-0.496098469225	0.233997378265	0.0631966257412	0.815169614085	-0.0664993599663	0.132281217232	0.730872670713	-0.136764768855	0.375563799004	27.5828098181	4.30718318553	22.7295837599
9	1.82539231536	0.353756870802	0.635117490371	1.37454332672	0.490191892769	1.06971771094	-0.00286980659533	0.341616747718	0.15916813827	-0.108290433155	0.0541622804348	-0.105744931372	-0.512448191044	0.503873271063	-0.0629946421797	0.773352321988	-0.113824854061	-0.011112138291	0.641944543598	0.00277905757425	0.285894530758	34.4159989589	-1.21466586358	20.386821642
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32	2.2023255203	-0.837202739473	-0.105411631313	1.25885957831	-0.44355768243	0.254890756035	-0.219621435365	-0.0740194967673	-0.068360487087	0.33638992156	-0.0793969891683	0.0608876355531	0.121621857967	-0.239565037299	0.287801294857	0.736347876145	-0.101253321244	0.0805401812699	1.3384200014	-0.00825051829428	0.380475810876	3.97313773309	4.50121789943	23.6882358254
33	4.39740652129	0.360695221214	-0.108237071225	0.0296799716632	-0.00893254071068	0.00242985013332	-0.0839073227065	0.430434902225	0.182014681363	-0.341798473626	0.0732981960479	-0.0330910293423	-0.178122456199	-0.0150071356783	0.00686208048557	0.858553101387	0.135993550419	-0.135748062425	1.27393228895	0.0350416135175	1.26250762266	-18.8587175918	8.26318604545	22.7681617327
34	0.754892262473	-0.788607186832	-0.181022414257	2.75262222885	-0.632903388427	1.12482429432	-0.0608062850384	0.0914788597759	-0.00786095243712	-0.0940603061355	0.00721603837387	-0.00186546076054	0.0260515332991	-0.163082226814	0.0822157516336	0.630238251935	-0.183588421566	-0.110252135202	0.739819201475	-0.0132744266869	0.315166015438	3.7192947131	-1.00895902461	21.3932149582
35	1.94486262772	0.681159532957	-1.69460533374	2.15649629951	-0.757530428103	2.82544246706	0.0165887597241	0.147624897663	0.0152141186163	-0.14720194307	0.042334908785	0.0562701834288	0.0391732788686	-0.0411565423757	-0.0794780841812	0.834292080396	-0.385331269046	0.0434289695065	0.896062451818	-0.0598122297873	0.286854896075	5.91595649473	-28.9739621938	26.1870009861
36	1.51838772951	-0.345138699693	-0.521244850437	0.409623198589	-0.942668206154	3.57926165445	0.113425402164	-0.0833731918297	-0.0697467400438	0.0181230873496	-0.0321441154071	0.033864502442	0.0716649204017	-0.0544183179745	-0.0303223030033	1.06761396643	-0.527348608782	0.0557949061686	1.11627188359	0.0110005546258	0.164889308732	-6.1146672274	-37.9430170207	36.9452915344
37	0.819066668544	-0.326257352218	0.20666023514	1.53863405267	0.56351306267	2.16317201255	0.0142224672643	0.089407664681	0.162588959063	0.185014707464	0.193200573022	0.0066802784606	-0.29354952784	-0.0928275531217	-0.136166588926	1.40350301001	-0.270009795568	0.0329973714155	1.53255319859	-0.20396660135	0.28245373936	-2.58006562513	-35.0814460132	43.3706373185
38	0.33661325144	-0.0564376622875	0.0766101586369	0.0120183651537	-0.0203319350821	0.0144013191396	-0.0492456981287	-0.11541093419	0.0404497722478	0.198902088546	-0.126011676402	-0.0597644174924	0.270360255623	-0.361735157378	0.145688342566	0.87460039528	-0.0280526882967	0.0216937764395	0.738522118374	-0.0880918490203	0.338485872023	12.7458506904	-13.0691474259	28.8167408902

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 9 )	A	A	3 - 9	1 - 7
2	2	chain 'A' and (resid 10 through 30 )	A	A	10 - 30	8 - 28
3	3	chain 'A' and (resid 31 through 62 )	A	A	31 - 62	29 - 60
4	4	chain 'A' and (resid 63 through 68 )	A	A	63 - 68	61 - 66
5	5	chain 'A' and (resid 69 through 79 )	A	A	69 - 79	67 - 77
6	6	chain 'A' and (resid 80 through 84 )	A	A	80 - 84	78 - 82
7	7	chain 'A' and (resid 85 through 103 )	A	A	85 - 103	83 - 101
8	8	chain 'A' and (resid 104 through 111 )	A	A	104 - 111	102 - 109
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	C	1 - 30	1 - 30
10	10	chain 'C' and (resid 31 through 40 )	C	C	31 - 40	31 - 40
11	11	chain 'C' and (resid 41 through 54 )	C	C	41 - 54	41 - 54
12	12	chain 'C' and (resid 55 through 60 )	C	C	55 - 60	55 - 60
13	13	chain 'C' and (resid 61 through 79 )	C	C	61 - 79	61 - 76
14	14	chain 'C' and (resid 80 through 89 )	C	C	80 - 89	77 - 86
15	15	chain 'C' and (resid 90 through 110 )	C	C	90 - 110	87 - 107
16	16	chain 'D' and (resid 0 through 61 )	D	E	0 - 61	1 - 62
17	17	chain 'D' and (resid 62 through 69 )	D	E	62 - 69	63 - 67
18	18	chain 'D' and (resid 70 through 77 )	D	E	70 - 77	68 - 75
19	19	chain 'D' and (resid 78 through 82 )	D	E	78 - 82	76 - 80
20	20	chain 'D' and (resid 83 through 87 )	D	E	83 - 87	81 - 85
21	21	chain 'D' and (resid 88 through 107 )	D	E	88 - 107	86 - 105
22	22	chain 'B' and (resid 4 through 44 )	B	I	4 - 44	1 - 41
23	23	chain 'B' and (resid 45 through 79 )	B	I	45 - 79	42 - 73
24	24	chain 'B' and (resid 80 through 110 )	B	I	80 - 110	74 - 104
25	25	chain 'E' and (resid 3 through 30 )	E	L	3 - 30	1 - 28
26	26	chain 'E' and (resid 31 through 62 )	E	L	31 - 62	29 - 60
27	27	chain 'E' and (resid 63 through 94 )	E	L	63 - 94	61 - 92
28	28	chain 'E' and (resid 95 through 111 )	E	L	95 - 111	93 - 109
29	29	chain 'F' and (resid 1 through 54 )	F	N	1 - 54	2 - 55
30	30	chain 'F' and (resid 55 through 85 )	F	N	55 - 85	56 - 76
31	31	chain 'F' and (resid 86 through 110 )	F	N	86 - 110	77 - 101
32	32	chain 'G' and (resid 1 through 61 )	G	O	1 - 61	1 - 61
33	33	chain 'G' and (resid 62 through 69 )	G	O	62 - 69	62 - 66
34	34	chain 'G' and (resid 70 through 107 )	G	O	70 - 107	67 - 104
35	35	chain 'H' and (resid 4 through 23 )	H	S	4 - 23	1 - 20
36	36	chain 'H' and (resid 24 through 44 )	H	S	24 - 44	21 - 41
37	37	chain 'H' and (resid 45 through 84 )	H	S	45 - 84	42 - 71
38	38	chain 'H' and (resid 85 through 111 )	H	S	85 - 111	72 - 98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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