[日本語] English
万見
- PDB-9eff: Crystal Structure of a nucleoid-associated protein (UBP) bound to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eff
タイトルCrystal Structure of a nucleoid-associated protein (UBP) bound to DNA from Sulfolobus islandicus.
要素
  • Plasmid pARN4
  • ucm-1
  • ucm-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Sulfolobus islandicus / DNA replication protein / Archaea / nucleoid-associated protein
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Plasmid pARN4
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Dhanaraju, R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135178 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152171 米国
Wellcome Trust086045/Z/08/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: An archaeal nucleoid-associated protein binds an essential motif in DNA replication origins.
著者: Dhanaraju, R. / Samson, R.Y. / Feng, X. / Costa, A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Plasmid pARN4
B: Plasmid pARN4
D: ucm-1
E: ucm-2
C: ucm-1
F: ucm-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2436
ポリマ－42,2436
非ポリマー00
水6,593366
1
A: Plasmid pARN4
D: ucm-1
E: ucm-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1213
ポリマ－21,1213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
2
B: Plasmid pARN4
C: ucm-1
F: ucm-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1213
ポリマ－21,1213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.742, 136.051, 38.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Plasmid pARN4


分子量: 13541.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
遺伝子: SiRe_1573 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NFD3
#2: DNA鎖 ucm-1


分子量: 3808.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
#3: DNA鎖 ucm-2


分子量: 3772.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-HCl 0.05 M pH 8.0 - 8.5, Potassium Chloride 0.1 M, Magnesium Chloride 0.01 M and PEG400 26 - 30%
PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.91165 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→68.03 Å / Num. obs: 31882 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1535 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.416 / Rrim(I) all: 1.04 / Rsym value: 0.95 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→36.26 Å / SU ML: 0.2378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 2694 4.58 %
Rwork0.2002 56075 -
obs0.2014 31170 91.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 972 0 366 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15884070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d00
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.860.33351370.3022762X-RAY DIFFRACTION86.72
1.86-1.890.32141270.2962971X-RAY DIFFRACTION90.85
1.89-1.930.32071610.29192908X-RAY DIFFRACTION91.04
1.93-1.970.25161340.26492850X-RAY DIFFRACTION89.05
1.97-2.020.31111870.26922849X-RAY DIFFRACTION88.33
2.02-2.070.29511070.27862687X-RAY DIFFRACTION84.18
2.07-2.130.28631210.26052646X-RAY DIFFRACTION81.26
2.13-2.190.29921210.2452655X-RAY DIFFRACTION83.06
2.19-2.260.2691280.24332809X-RAY DIFFRACTION86.33
2.26-2.340.27981280.22822904X-RAY DIFFRACTION89.52
2.34-2.430.2691590.2223024X-RAY DIFFRACTION94.34
2.43-2.540.27581840.21413169X-RAY DIFFRACTION99.29
2.55-2.680.20291560.19433195X-RAY DIFFRACTION99.29
2.68-2.850.23041760.21733171X-RAY DIFFRACTION99.61
2.85-3.070.20691220.20073225X-RAY DIFFRACTION99.08
3.07-3.380.23411240.17673150X-RAY DIFFRACTION96.69
3.38-3.860.19061510.15753094X-RAY DIFFRACTION95.19
3.86-4.860.15761630.15732993X-RAY DIFFRACTION93.35
4.87-36.260.22021080.18043013X-RAY DIFFRACTION92.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.577890426683.00563110065-2.994465035147.23110847889-3.510964184946.174141499550.403180923533-0.03000543263260.9537506649490.0743739773496-0.1343190086720.321523701253-1.01663270817-0.0683094967799-0.2798264651140.3670622254140.05308597807060.009234860410460.212480637063-0.04651033025820.290120057611-5.8066662414118.376628613712.387401345
24.76277242420.453060569534-0.2510774987814.47136416864-0.7508005242794.00399589050.0422294655682-0.2304321790990.04364077481410.2694284215380.06747843321570.00278586065902-0.106907613069-0.0325965713172-0.09464470707930.141945685257-0.000985121460105-0.008908354582530.110114065642-0.03023608020840.107772671405-3.696279292783.0268633808315.404769303
32.003055529382.00121042605-4.134432853242.0010319805-6.805505026922.00296352284-0.6636675860771.445268644731.48774493736-1.205281068211.175976605671.197216780260.166640798068-1.10124901275-0.3461454382320.329175935717-0.0710511280227-0.07074492098010.328645874060.0707762577730.363494649272-12.600578705810.89795919448.38146128997
42.045978475946.73716957521-3.52380806934.41411357963-3.930452485062.06602370681-0.3829915962170.2540491748010.409563500838-0.7177151502350.2305577211650.31238923767-0.6407898465230.1796880522490.3727814214490.568506681599-0.0357461446090.01767931709030.302743363854-0.01279373557450.5481809032642.7819138748219.21279151735.28252114739
52.67750438752-0.3353720688610.2051404318444.625241395833.750392049025.350923740620.1762336450150.136449397482-0.5654866855120.189979688115-0.124999495465-0.6432262278091.19867393180.1166879225720.05760226664730.6458219781260.04238564899340.1082835507790.2713958134370.07873129724350.487299542875-3.23896622939-33.071955817813.9600570083
66.940612996690.636971959551.443430969766.968081304231.66219775822.07151143563-0.195840972619-0.0811070773617-0.220250465540.07669227155480.0831857880943-0.02310266850780.316984865147-0.2658470205960.157025856520.269047670172-0.02494166148080.07987429554830.1563915780550.02086752373230.236193881037-7.65040163443-22.140682207311.1855447635
76.77680734676-0.6381658481331.505487714036.67508656346-0.4797962989475.26327920715-0.37137605698-0.1844945998930.03004569602920.301380533920.227434780798-0.4803655851920.05718875888760.3589326525760.1490139119050.189043403079-0.01179563755960.009794717546960.163993011698-0.01251012888370.223988205615-4.529982535-14.044890282217.3451111344
82.021908787152.060813502943.914767205081.59182457878-0.4713410428379.00736855713-0.0292002393180.418851409642-0.843266711583-0.2661196268360.127580247778-0.3458713482850.2308338782450.39943044179-0.09866864493520.721365325591-0.01000167102580.1710698497790.246015113439-0.1030042050950.584097661429-4.79092672408-33.58828061062.82795854105
94.20866191287-4.08920993972-2.450827395754.036011749832.801388924883.338961845450.111017352975-0.7745277842150.4223272437560.07303892292510.165063857118-0.0769212443250.1239703101540.403087063744-0.3269046667840.226458102217-0.0409388795814-0.002408933378950.31284253361-0.06011602268250.1413873719411.807505474698.1417777376821.7750377479
103.89195317430.72404268745-0.8930520420765.446897490192.225005756982.013667749430.03198023869510.58002195779-0.160270131713-0.2412353570420.417303233601-0.4323750892480.2046446217710.626797951537-0.4019776440270.189894297656-0.04060386599220.005936726525750.270960194274-0.02815671559480.1635207408458.92951253711-0.5413476612034.08443483248
115.49739693158-1.49376367950.1177589292674.146023075530.06993723718625.836412687690.1248084075060.3110850160530.0464273763394-0.378975067509-0.0015047535906-0.493128689744-0.305080055930.667323339582-0.136862490630.2027315747-0.0363943776232-0.01759326117820.264677279424-0.02028013967650.1282273190554.523307137623.744052504134.81014577075
124.20905605341-2.32418211689-1.064700839949.772670736925.140268107887.383304013090.0508423591787-0.2928808929760.2765489310740.8440963512390.141485087044-0.7392091690060.4044175329060.457961728927-0.1860841215290.216895212068-0.0787673332334-0.04359313949650.374887950953-0.04707384222120.2012660047325.701900051165.0980120406324.8737072349
133.04914650533-1.385038725050.6748469280494.90487478759-3.370294270164.44591785716-0.0496593486563-0.358228151997-0.04324323515070.2846637633440.01559455088740.1970726734020.255181317662-0.270647384497-0.06174082371310.298897965651-0.06244012816750.0734086084610.3177931341120.01595120369440.270736472648-15.1628230992-22.487159752216.066210107
147.475447117762.84455013296-7.456055635076.940097443030.1412659141359.02420719856-0.2198527732821.293021116690.775067550141-0.9797106516820.37826460290.0655366076572-0.651087357751-0.836359093837-0.1819802609840.576935496022-0.028237695673-0.04753575263230.3268686244760.03886286695170.193591149609-10.1079843782-13.6601920241-1.99458982883
154.185375037540.461447963132-0.3016831812883.434627094391.324417800134.18499297553-0.1979744319080.236469724674-0.0945047227912-0.3422246738030.08932753388270.1032865576760.510805393969-0.4308298115670.1313874831160.308359503166-0.05214438855580.0001652996179420.16044367442-0.02565798829450.190722228152-13.6059410058-18.85652190678.81590772184
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 30 )AA4 - 301 - 27
22chain 'A' and (resid 31 through 84 )AA31 - 8428 - 81
33chain 'A' and (resid 85 through 89 )AA85 - 8982 - 86
44chain 'A' and (resid 90 through 104 )AA90 - 10487 - 101
55chain 'B' and (resid 4 through 30 )BB4 - 301 - 27
66chain 'B' and (resid 31 through 57 )BB31 - 5728 - 54
77chain 'B' and (resid 58 through 89 )BB58 - 8955 - 86
88chain 'B' and (resid 90 through 105 )BB90 - 10587 - 102
99chain 'D' and (resid 20 through 26 )DC20 - 26
1010chain 'D' and (resid 27 through 31 )DC27 - 31
1111chain 'D' and (resid 41 through 46 )DC41 - 46
1212chain 'D' and (resid 47 through 52 )DC47 - 52
1313chain 'C' and (resid 20 through 26 )CD20 - 26
1414chain 'C' and (resid 27 through 31 )CD27 - 31
1515chain 'C' and (resid 41 through 52 )CD41 - 52

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る