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- PDB-9efd: Crystal Structure in space group C2221 of a nucleoid-associated p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9efd
タイトルCrystal Structure in space group C2221 of a nucleoid-associated protein (UBP) from Sulfolobus islandicus.
要素Plasmid pARN4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Sulfolobus islandicus / Archaea / DNA sequence specific binding protein / nucleoid-associated protein / DNA replication origin binding protein / DNA Major groove binding protein
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Plasmid pARN4
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Dhanaraju, R. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135178 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152171 米国
Wellcome Trust086045/Z/08/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: An archaeal nucleoid-associated protein binds an essential motif in DNA replication origins.
著者: Dhanaraju, R. / Samson, R.Y. / Feng, X. / Costa, A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bell, S.D.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid pARN4
B: Plasmid pARN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3824
ポリマ－27,0822
非ポリマー3002
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.010, 159.670, 47.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Plasmid pARN4


分子量: 13541.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)
遺伝子: SiRe_1573 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NFD3
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M LiCl NaAc 0.1 M pH=5 PEG6000 18-24%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.24984 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→47.31 Å / Num. obs: 9913 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 61.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.73→2.86 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1279 / CC1/2: 0.894 / Rpim(I) all: 0.557 / Rrim(I) all: 1.986 / Rsym value: 1.94 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→46.43 Å / SU ML: 0.325 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.5915
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 423 4.34 %
Rwork0.2675 9316 -
obs0.2679 9739 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 84.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 20 27 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46172425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d00
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-3.130.42461390.37512967X-RAY DIFFRACTION96.52
3.13-3.950.28471380.27763117X-RAY DIFFRACTION99.66
3.95-46.430.24361460.23913232X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.791652294441.96579252441-7.497126726735.8859948931-1.756703321952.165422779240.1481941949290.4920569940810.6520709222380.487023766350.640833254796-0.9956176254290.0518484574326-0.458504263298-0.5480465920580.6724867292090.162332520789-0.2392953378240.63249163974-0.1055362687080.5750613617247.102829400528.16670775817.96008230935
29.79502989934-7.23846639074-0.5502590367069.25283861184-0.03529308873060.662735527845-0.595586073569-1.087733472560.1804507655690.09499571228110.961859652691-0.54379201766-0.5725619085-1.66423192257-0.2775275820370.7193912711520.248170366025-0.04482251539030.7309518890990.003724405301870.21297756639729.894834028836.28508515947.60306290995
34.420614940.02898497405745.351321248237.37545102085-6.212415243217.668751608750.3327418081380.274095130037-0.480403866441-0.501576710159-0.0951049004609-0.1678505025790.30249609834-0.0286252204091-0.2492024310850.6248862248090.1236813489190.01338559636460.720809603561-0.02867898354370.21052965579529.804960978831.7172726939-3.51993346168
48.21910078949-2.571264515792.587934985636.07837248438-2.43492782238.376976573781.55192959788-2.149841107780.255694565694-0.221220723697-1.208966540541.292151656220.936409875431-1.72626580342-0.3997667373990.603586101533-0.09339394240350.04461969012541.40796878064-0.08991708401160.76034869168114.267919412330.8309926742-9.19989094078
58.357797658-1.575889209296.266422128256.561518018720.1032873217714.51795417853-0.381722256710.7824768453190.64262274298-0.148594771173-0.249302721356-0.349671571636-0.4642497295180.4054328461360.5541947792890.816833473460.05919010980360.009418384148830.5415207694880.05480445325570.27187883810228.597490465942.7119823363-7.84422682872
61.68991693921-0.160000955451-1.163694567029.95561326813-0.9888932710061.874433804690.1358162986310.411006836819-1.00888426639-0.0932282704435-0.04146224828040.176661293090.6480850769560.0659896659848-0.02131718597190.444023390737-0.0118650244955-0.1980779777740.52577007035-0.054773791490.86747008785641.183975965711.48546740318.13539954258
73.09073095047-1.34189005643-2.31673903671.83610841041-1.394798258595.82466598209-0.09653816738470.60837463934-0.6274252262560.05285617072560.1197792238670.3941696081340.826881348211-1.37532262645-0.06696844620410.908177743257-0.231118390971-0.03277560846110.589114337098-0.02094104620130.86970642037133.5501474797-2.174796682688.137119732
84.260758445574.322633164391.370175986645.18368311107-1.008165398712.0031771062-0.320179006865-0.5927474291570.671408449062-1.495883728390.3527896125890.36394272174.87057573755-2.80566147195-0.6591610649570.320169118701-1.14383059377-0.2080117238942.43437805082-0.4311938725552.258328526818.1113356741-7.316689064029.94976360065
92.158750702928.17008297042.048275953978.72146995158-2.483919330917.125067702430.616074767714-0.2180521536590.9632754843360.212475339054-0.6617759995892.56037813238-1.17443775285-1.113361261030.003297919637640.5680831605670.1423502483150.1269526096080.771348124885-0.07394997465941.2715707348129.93851207358.5801197083617.1194314169
108.622899539193.546994725314.004336264214.552242937561.941513223595.32454532184-0.7557707958580.270527183589-1.685145244150.3754532308640.359315421594-0.1707614946120.540489805385-1.14240399990.3080356968170.922246296533-0.3676177940370.119222650880.994171164180.08756817502051.1686978006822.4595168307-4.9078925309315.6857960743
116.885047047055.5234200245-1.58855266482.28883217941-3.741166676088.998459516570.821497505956-0.1679384690680.7086009884751.84374462669-0.9217233002780.46496778683-1.411495167540.0524719291818-0.03852633571260.6571752072510.09610527744610.02378765235240.337014142078-0.1129899839680.62794838214242.139468723227.79866204919.16716175786
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 9 )AA3 - 91 - 7
22chain 'A' and (resid 10 through 30 )AA10 - 308 - 28
33chain 'A' and (resid 31 through 60 )AA31 - 6029 - 58
44chain 'A' and (resid 61 through 70 )AA61 - 7059 - 66
55chain 'A' and (resid 71 through 89 )AA71 - 8967 - 85
66chain 'A' and (resid 90 through 108 )AA90 - 10886 - 104
77chain 'B' and (resid 1 through 32 )BD1 - 321 - 32
88chain 'B' and (resid 33 through 40 )BD33 - 4033 - 40
99chain 'B' and (resid 41 through 54 )BD41 - 5441 - 54
1010chain 'B' and (resid 55 through 94 )BD55 - 9455 - 85
1111chain 'B' and (resid 95 through 109 )BD95 - 10986 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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