PDB-9efb: Chemical inhibition of the N-acetyltaurine amidohydrolase PTER re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9efb

タイトル

Chemical inhibition of the N-acetyltaurine amidohydrolase PTER reduces food intake and obesity

要素

Phosphotriesterase-related protein

キーワード

HYDROLASE / N-acetyltaurine amidohydrolase

機能・相同性

Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolase / hydrolase activity / zinc ion binding / ACETATE ION / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Amphimedon queenslandica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Fu, S. / Hinshaw, S.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2026
タイトル: A small molecule PTER-selective inhibitor reduces food intake and body weight.
著者: Fu, S. / Wang, L. / Li, V.L. / Lyu, X. / Wei, W. / Shi, X. / Deng, S. / Barber, J.L. / Tahir, U.A. / Adams, C. / Carson, A. / Hidalgo, B. / Raffield, L.M. / Wilson, J.G. / Razumkov, H. / ...

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9efb.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9efb.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9efb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9efaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase-related protein

B: Phosphotriesterase-related protein

ヘテロ分子

78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.019, 48.962, 85.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.631, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphotriesterase-related protein / Parathion hydrolase-related protein 分子量: 39145.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amphimedon queenslandica (無脊椎動物) 遺伝子: 100634509 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X7VMK4
#2: 化合物	ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID 分子量: 125.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 300mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5, and 20%PEG-8k

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→42.33 Å / Num. obs: 39356 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.5 % / R_pim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.08→5.64 Å / Num. unique obs: 1754 / CC_1/2: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→42.216 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 13.223 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.917 / ESU R Free: 0.333 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2759	1367	5.292 %
R_work	0.1822	24465	-
all	0.187	-	-
obs	-	25832	94.786 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.252 Å²	0 Å²	-0.945 Å²
2-	-	2.936 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5426	0	26	281	5733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.816	7595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.52	1.762	12489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.988	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.527	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.007	10	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.522	10	229
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.075	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.283	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.022	3.618	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.02	3.618	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.791	6.496	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.792	6.497	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.597	4.125	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.597	4.124	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.813	7.387	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.812	7.387	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.844	35.451	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.861	35.254	6472

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.343	77	0.308	1845	0.309	1991	0.892	0.921	96.5344	0.289
2.462-2.529	0.372	95	0.279	1761	0.284	1919	0.913	0.938	96.717	0.261
2.529-2.602	0.325	110	0.252	1725	0.256	1891	0.923	0.949	97.0386	0.227
2.602-2.682	0.404	81	0.252	1692	0.259	1842	0.905	0.953	96.2541	0.229
2.682-2.77	0.351	118	0.224	1582	0.233	1773	0.923	0.963	95.8827	0.201
2.77-2.867	0.305	94	0.216	1564	0.221	1737	0.937	0.971	95.4519	0.192
2.867-2.974	0.354	92	0.208	1420	0.217	1641	0.921	0.972	92.1389	0.183
2.974-3.095	0.323	88	0.189	1175	0.198	1608	0.924	0.974	78.5448	0.165
3.095-3.232	0.283	99	0.183	1385	0.189	1553	0.946	0.978	95.557	0.163
3.232-3.389	0.25	79	0.175	1353	0.18	1458	0.955	0.981	98.2167	0.161
3.389-3.571	0.265	61	0.17	1317	0.175	1405	0.96	0.983	98.0783	0.162
3.571-3.786	0.226	66	0.159	1259	0.163	1348	0.969	0.985	98.2938	0.154
3.786-4.045	0.222	45	0.146	1191	0.149	1258	0.965	0.987	98.2512	0.147
4.045-4.365	0.24	67	0.134	1061	0.14	1157	0.968	0.989	97.4935	0.143
4.365-4.777	0.234	46	0.132	1008	0.137	1085	0.967	0.988	97.1429	0.144
4.777-5.332	0.214	48	0.154	880	0.157	980	0.976	0.982	94.6939	0.163
5.332-6.141	0.246	32	0.176	659	0.179	893	0.959	0.983	77.3796	0.189
6.141-7.481	0.201	31	0.161	690	0.163	735	0.973	0.984	98.0952	0.179
7.481-10.418	0.199	27	0.124	557	0.127	593	0.981	0.989	98.4823	0.151
10.418-42.216	0.456	11	0.209	341	0.215	371	0.908	0.968	94.8787	0.29

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関連情報:EMDBヘッダ

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