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万見
- PDB-9ef9: Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ef9
タイトルCryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with three DILP5, asymmetric conformation
要素
  • DILP5 A-chain
  • DILP5 B-chain
  • Insulin-like receptor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Insulin receptor / DILP
機能・相同性
機能・相同性情報


primary spermatocyte growth / positive regulation of fat cell proliferation / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / response to anoxia / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / embryonic development via the syncytial blastoderm ...primary spermatocyte growth / positive regulation of fat cell proliferation / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / response to anoxia / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / embryonic development via the syncytial blastoderm / male germ-line stem cell asymmetric division / female germ-line stem cell population maintenance / germ-band shortening / germ-line stem-cell niche homeostasis / imaginal disc growth / carbohydrate homeostasis / open tracheal system development / germ-line stem cell division / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of neuron remodeling / lymph gland development / follicle cell of egg chamber development / positive regulation of border follicle cell migration / female germ-line stem cell asymmetric division / intestinal stem cell homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / growth cone membrane / positive regulation of organ growth / regulation of organ growth / positive regulation of lipid storage / insulin receptor complex / embryo development ending in birth or egg hatching / insulin receptor activity / sleep / positive regulation of neuroblast proliferation / insulin binding / triglyceride homeostasis / negative regulation of macroautophagy / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of wound healing / female gonad development / regulation of multicellular organism growth / lipid homeostasis / positive regulation of cell size / insulin receptor substrate binding / developmental growth / multicellular organism growth / phosphatidylinositol 3-kinase binding / determination of adult lifespan / cholesterol homeostasis / positive regulation of TORC1 signaling / axon guidance / cellular response to starvation / locomotory behavior / insulin receptor binding / response to cocaine / circadian rhythm / hormone activity / receptor protein-tyrosine kinase / SH3 domain binding / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / positive regulation of cell growth / nervous system development / protein tyrosine kinase activity / response to oxidative stress / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / protein phosphorylation / receptor ligand activity / axon / positive regulation of cell population proliferation / : / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily ...Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Fibronectin type III domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / : / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like receptor / Insulin-like peptide 5
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bai, X.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and activation of the Drosophila insulin receptor by three Drosophila insulin-like peptides.
著者: Kai Cai / Michelle Ng / Rochele R Yamamoto / Mohammed Akhter Hossain / Catherine Hall / John D Wade / Marc Tatar / Eunhee Choi / Xiao-Chen Bai /
要旨: Insulin/IGF signaling (IIS) is a highly conserved pathway essential for physiological regulation from yeast to mammals. In Drosophila melanogaster, a single insulin-like receptor (dmIR) interacts ...Insulin/IGF signaling (IIS) is a highly conserved pathway essential for physiological regulation from yeast to mammals. In Drosophila melanogaster, a single insulin-like receptor (dmIR) interacts with various insulin-like peptides (DILPs), leading to diverse signaling and functional outcomes. However, the mechanisms by which different DILPs result in varied receptor activation and biological responses remain unclear. Here, we determine the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of dmIR in complex with three DILPs: DILP1, DILP2, and DILP5. Our structural analyses reveal that each DILP induces distinct conformations of dmIR: the dmIR/DILP5 complex adopts the Ƭ-shaped asymmetric conformation with three bound DILP5 molecules; the dmIR/DILP2 complex displays the Γ-shaped asymmetric conformation with a single bound DILP2 molecule; and the dmIR/DILP1 complex shows both a Γ-shaped asymmetric conformation and a symmetric conformation that resembles a T-shape with a splayed stem. Functional assays demonstrate that the efficacy of DILP-mediated dmIR activation differs, with DILP5 inducing higher levels of receptor autophosphorylation, followed by DILP2 and DILP1. Together, these findings suggest that the distinct interactions between dmIR and DILPs dictate specific patterns of receptor activation.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like receptor
B: Insulin-like receptor
C: DILP5 A-chain
D: DILP5 B-chain
E: DILP5 A-chain
F: DILP5 B-chain
G: DILP5 A-chain
H: DILP5 B-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,80027
ポリマ－497,5978
非ポリマー4,20319
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like receptor / dIR / dInr / Insulin receptor homolog / dIRH / Receptor protein-tyrosine kinase InR


分子量: 240078.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: InR, Dir-a, Inr-a, IR, CG18402
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P09208, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド DILP5 A-chain


分子量: 2795.097 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7KUD5
#3: タンパク質・ペプチド DILP5 B-chain / dILP5 / Insulin-related peptide 5


分子量: 3018.603 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7KUD5
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with three DILP5, asymmetric conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49602 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415147
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5420480
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9792122
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452319
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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