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万見
- EMDB-47970: Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47970
タイトルCryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation
マップデータCryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation
試料
  • 複合体: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP2, asymmetric conformation
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like receptor
    • タンパク質・ペプチド: DILP2 B-chain
    • タンパク質・ペプチド: DILP2 A-chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードInsulin receptor / DILP / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


primary spermatocyte growth / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / response to anoxia / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / embryonic development via the syncytial blastoderm / larval feeding behavior ...primary spermatocyte growth / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / response to anoxia / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / embryonic development via the syncytial blastoderm / larval feeding behavior / male germ-line stem cell asymmetric division / female germ-line stem cell population maintenance / germ-band shortening / carbohydrate homeostasis / germ-line stem-cell niche homeostasis / imaginal disc growth / open tracheal system development / positive regulation of neuron remodeling / germ-line stem cell division / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / follicle cell of egg chamber development / lymph gland development / positive regulation of border follicle cell migration / female germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of growth rate / intestinal stem cell homeostasis / growth cone membrane / positive regulation of organ growth / response to amino acid starvation / female gonad development / positive regulation of lipid storage / insulin receptor complex / regulation of organ growth / insulin receptor activity / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of multicellular organism growth / sleep / insulin binding / triglyceride homeostasis / response to food / negative regulation of glycogen catabolic process / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of wound healing / positive regulation of neuroblast proliferation / regulation of cell size / lipid homeostasis / locomotor rhythm / insulin receptor substrate binding / regulation of multicellular organism growth / developmental growth / positive regulation of cell size / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of TORC1 signaling / axon guidance / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / determination of adult lifespan / insulin receptor binding / response to cocaine / growth factor activity / locomotory behavior / cellular response to glucose stimulus / receptor protein-tyrosine kinase / circadian rhythm / hormone activity / SH3 domain binding / multicellular organism growth / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / nervous system development / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / positive regulation of cell growth / response to oxidative stress / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / axon / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily ...Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like receptor / Insulin-like peptide 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bai XC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of the activation of the Drosophila insulin receptor by three Drosophila insulin-like peptides
著者: Bai XC
履歴
登録2024年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47970.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.022650352 - 0.041419268
平均 (標準偏差)0.000003832174 (±0.0008249223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR)...

ファイルemd_47970_half_map_1.map
注釈Cryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation, half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR)...

ファイルemd_47970_half_map_2.map
注釈Cryo-EM map of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation, half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP...

全体名称: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP2, asymmetric conformation
要素
  • 複合体: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP2, asymmetric conformation
    • タンパク質・ペプチド: Insulin-like receptor
    • タンパク質・ペプチド: DILP2 B-chain
    • タンパク質・ペプチド: DILP2 A-chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP...

超分子名称: Drosophila melanogaster insulin receptor in complex with one DILP2, asymmetric conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Insulin-like receptor

分子名称: Insulin-like receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 240.078078 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MFNMPRGVTK SKSKRGKIKM ENDMAAAATT TACTLGHICV LCRQEMLLDT CCCRQAVEAV DSPASSEEAY SSSNSSSCQA SSEISAEEV WFLSHDDIVL CRRPKFDEVE TTGKKRDVKC SGHQCSNECD DGSTKNNRQQ RENFNIFSNC HNILRTLQSL L LLMFNCGI ...文字列:
MFNMPRGVTK SKSKRGKIKM ENDMAAAATT TACTLGHICV LCRQEMLLDT CCCRQAVEAV DSPASSEEAY SSSNSSSCQA SSEISAEEV WFLSHDDIVL CRRPKFDEVE TTGKKRDVKC SGHQCSNECD DGSTKNNRQQ RENFNIFSNC HNILRTLQSL L LLMFNCGI FNKRRRRQHQ QQHHHHYQHH HQQHHQQHHQ RQQANVSYTK FLLLLQTLAA ATTRLSLSPK NYKQQQQLQH NQ QLPRATP QQKQQEKDRH KCFHYKHNYS YSPGISLLLF ILLANTLAIQ AVVLPAHQQH LLHNDIADGL DKTALSVSGT QSR WTRSES NPTMRLSQNV KPCKSMDIRN MVSHFNQLEN CTVIEGFLLI DLINDASPLN RSFPKLTEVT DYIIIYRVTG LHSL SKIFP NLSVIRGNKL FDGYALVVYS NFDLMDLGLH KLRSITRGGV RIEKNHKLCY DRTIDWLEIL AENETQLVVL TENGK EKEC RLSKCPGEIR IEEGHDTTAI EGELNASCQL HNNRRLCWNS KLCQTKCPEK CRNNCIDEHT CCSQDCLGGC VIDKNG NES CISCRNVSFN NICMDSCPKG YYQFDSRCVT ANECITLTKF ETNSVYSGIP YNGQCITHCP TGYQKSENKR MCEPCPG GK CDKECSSGLI DSLERAREFH GCTIITGTEP LTISIKRESG AHVMDELKYG LAAVHKIQSS LMVHLTYGLK SLKFFQSL T EISGDPPMDA DKYALYVLDN RDLDELWGPN QTVFIRKGGV FFHFNPKLCV STINQLLPML ASKPKFFEKS DVGADSNGN RGSCGTAVLN VTLQSVGANS AMLNVTTKVE IGEPQKPSNA TIVFKDPRAF IGFVFYHMID PYGNSTKSSD DPCDDRWKVS SPEKSGVMV LSNLIPYTNY SYYVRTMAIS SELTNAESDV KNFRTNPGRP SKVTEVVATA ISDSKINVTW SYLDKPYGVL T RYFIKAKL INRPTRNNNR DYCTEPLVKA MENDLPATTP TKKISDPLAG DCKCVEGSKK TSSQEYDDRK VQAGMEFENA LQ NFIFVPN IRKSKNGSSD KSDGAEGAAL DSNAIPNGGA TNPSRRRRDV ALEPELDDVE GSVLLRHVRS ITDDTDAFFE KDD ENTYKD EEDLSSNKQF YEVFAKELPP NQTHFVFEKL RHFTRYAIFV VACREEIPSE KLRDTSFKKS LCSDYDTVFQ TTKR KKFAD IVMDLKVDLE HANNTESPVR VRWTPPVDPN GEIVTYEVAY KLQKPDQVEE KKCIPAADFN QTAGYLIKLN EGLYS FRVR ANSIAGYGDF TEVEHIKVEP PPSYAKVFFW LLGIGLAFLI VSLFGYVCYL HKRKVPSNDL HMNTEVNPFY ASMQYI PDD WEVLRENIIQ LAPLGQGSFG MVYEGILKSF PPNGVDRECA IKTVNENATD RERTNFLSEA SVMKEFDTYH VVRLLGV CS RGQPALVVME LMKKGDLKSY LRAHRPEERD EAMMTYLNRI GVTGNVQPPT YGRIYQMAIE IADGMAYLAA KKFVHRDL A ARNCMVADDL TVKIGDFGMT RDIYETDYYR KGTKGLLPVR WMPPESLRDG VYSSASDVFS FGVVLWEMAT LAAQPYQGL SNEQVLRYVI DGGVMERPEN CPDFLHKLMQ RCWHHRSSAR PSFLDIIAYL EPQCPNSQFK EVSFYHSEAG LQHREKERKE RNQLDAFAA VPLDQDLQDR EQQEDATTPL RMGDYQQNSS LDQPPESPIA MVDDQGSHLP FSLPSGFIAS STPDGQTVMA T AFQNIPAA QGDISATYVV PDADALDGDR GYEIYDPSPK CAELPTSRSG STGGGKLSGE QHLLPRKGRQ PTIMSSSMPD DV IGGSSLQ PSTASAGSSN ASSHTGRPSL KKTVADSVRN KANFINRHLF NHKRTGSNAS HKSNASNAPS TSSNTNLTSH PVA MGNLGT IESGGSGSAG SYTGTPRFYT PSATPGGGSG MAISDNPNYR LLDESIASEQ ATILTTSSPN PNYEMMHPPT SLVS TNPNY MPMNETPVQM AGVTISHNPN YQPMQAPLNA RQSQSSSDED NEQEEDDEDE DDDVDDEHVE HIKMERMPLS RPRQR ALPS KTQPPRSRSV SQTRKSPTNP NSGIGATGAG NRSNLLKENW LRPASTPRPP PPNGFIGREA

UniProtKB: Insulin-like receptor

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分子 #2: DILP2 B-chain

分子名称: DILP2 B-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 2.75017 KDa
配列文字列:
TLCSEKLNEV LSMVCEEYNP VIPH

UniProtKB: Insulin-like peptide 2

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分子 #3: DILP2 A-chain

分子名称: DILP2 A-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 3.025617 KDa
配列文字列:
QGIVERCCKK SCDMKALREY CSVVRN

UniProtKB: Insulin-like peptide 2

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 50277
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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