PDB-9edn: GII.23: Loreto1847 norovirus protruding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9edn

タイトル

GII.23: Loreto1847 norovirus protruding domain

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus / P domain

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / VP1

機能・相同性情報

生物種

Norovirus GII (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Holroyd, D.L. / Kumar, A. / Bruning, J.B. / Hansman, G.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2025
タイトル: Antigenic structural analysis of bat and human norovirus protruding (P) domains.
著者: Holroyd, D.L. / Kumar, A. / Vasquez, E. / Masic, V. / von Itzstein, M. / Bruning, J.B. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2024年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9edn.cif.gz	400.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9edn.ent.gz	328.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9edn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9edn_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9edn_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	9edn_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	9edn_validation.cif.gz	69.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/9edn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/9edn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9edmC 9edoC 9edpC 9edqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.140, 80.960, 71.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	VP1 分子量: 34424.496 Da / 分子数: 2 / 断片: protruding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII (ウイルス) / 株: GII.23/Loreto1847 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2T5K7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 8% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→45.59 Å / Num. obs: 185707 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 0.43 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / % possible obs: 60.5 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Num. measured all: 19626 / Num. unique obs: 5677 / CC_1/2: 0.688 / R_pim(I) all: 0.396 / R_rim(I) all: 0.803 / Χ²: 0.31 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless	0.7.8	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER	9.0.002	位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.22→40.48 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1463	9286	5 %
R_work	0.1226	-	-
obs	0.1238	185707	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→40.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4850	0	71	1345	6266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	7419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.977	2065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	801
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	997

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.23	0.1997	286	0.1585	5437	X-RAY DIFFRACTION	93
1.23-1.25	0.1822	307	0.1466	5853	X-RAY DIFFRACTION	99
1.25-1.26	0.1885	308	0.1483	5853	X-RAY DIFFRACTION	99
1.26-1.28	0.1679	313	0.1452	5938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.3	0.1889	307	0.1444	5837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.31	0.1722	310	0.1442	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.1819	310	0.1458	5883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1822	311	0.1479	5899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.1668	308	0.1503	5856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.4	0.172	312	0.1374	5921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.17	309	0.1303	5868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1682	308	0.1299	5861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.1506	311	0.121	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.1455	312	0.1154	5926	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.54	0.15	307	0.1144	5841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.1526	310	0.1165	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.61	0.1377	312	0.1137	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.66	0.1461	312	0.1202	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.71	0.1576	310	0.1224	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.1423	309	0.123	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.1465	309	0.1258	5881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.9	0.1418	310	0.1233	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.98	0.1335	311	0.1212	5906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.09	0.1228	312	0.1144	5910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.22	0.1286	310	0.112	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.39	0.1293	312	0.111	5930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.63	0.1456	312	0.1194	5922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-3.01	0.1307	312	0.1193	5925	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.79	0.1304	310	0.1081	5907	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-40.48	0.153	316	0.126	6002	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)