PDB-9edo: GII.27: Loreto0959 norovirus protruding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9edo

タイトル

GII.27: Loreto0959 norovirus protruding domain

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus / P domain

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / VP1

機能・相同性情報

生物種

Norovirus GII (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Holroyd, D.L. / Kumar, A. / Bruning, J.B. / Hansman, G.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2025
タイトル: Antigenic structural analysis of bat and human norovirus protruding (P) domains.
著者: Holroyd, D.L. / Kumar, A. / Vasquez, E. / Masic, V. / von Itzstein, M. / Bruning, J.B. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2024年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9edo.cif.gz	284.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9edo.ent.gz	227.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9edo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9edo_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9edo_full_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示
XML形式データ	9edo_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	9edo_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/9edo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/9edo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9edmC 9ednC 9edpC 9edqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.150, 90.560, 67.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	VP1 分子量: 34333.137 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4Y8Z8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 931 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→49.09 Å / Num. obs: 109595 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.49 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 623429
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / % possible obs: 88 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Num. measured all: 26748 / Num. unique obs: 4837 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.311 / R_rim(I) all: 0.763 / Χ²: 0.33 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→49.08 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1746	5479	5 %
R_work	0.1334	-	-
obs	0.1354	109563	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→49.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4791	0	1	931	5723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	7179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.774	1937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	761
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	973

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.44	0.2591	157	0.1923	2970	X-RAY DIFFRACTION	86
1.44-1.45	0.1938	183	0.1753	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2077	183	0.1589	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2082	182	0.1575	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.1872	184	0.1513	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2035	182	0.1548	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2169	184	0.1581	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.1851	181	0.1469	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2033	187	0.146	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2002	180	0.1447	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.1843	183	0.1344	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.1738	184	0.1291	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1757	182	0.1279	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1778	184	0.1232	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.1458	182	0.1255	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1805	184	0.1315	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.1858	183	0.1392	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.1852	184	0.1427	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.99	0.1574	183	0.1333	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.1637	185	0.1321	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.12	0.1684	182	0.1343	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.1673	184	0.1321	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.31	0.1875	183	0.1384	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.1722	183	0.1395	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.2026	185	0.1477	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1717	183	0.1463	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.1877	184	0.1385	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.1791	185	0.1239	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.1369	184	0.1059	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-49.08	0.1693	189	0.126	3578	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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