PDB-9eby: Crystal structure of RufO in complex with MRYLH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eby

タイトル

Crystal structure of RufO in complex with MRYLH

要素

Cytochrome P450
MET-ARG-TYR-LEU-HIS

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rufomycin biosynthesis / cytochrome P450 enzyme / RiPP-producing enzyme / nitrating heme enzyme / peptide bound

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces atratus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Nolan, K. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis for Peptide Nitration by a Novel Cytochrome P450 Enzyme in RiPP Biosynthesis
著者: Nolan, K. / Usai, R. / Li, B. / Jordan, S. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eby.cif.gz	97.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eby.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dujC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

B: MET-ARG-TYR-LEU-HIS

ヘテロ分子

44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.163, 79.300, 88.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 43385.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces atratus (バクテリア) 遺伝子: rufO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A224AU14
#2: タンパク質・ペプチド	MET-ARG-TYR-LEU-HIS 分子量: 720.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces atratus (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M sodium tartrate dibasic dihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 24219 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.19 / Χ²: 0.847 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 124813

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.03-2.07	4.1	0.738	1076	0.508	0.821	0.391	0.84	0.471	84.1
2.07-2.1	4.3	0.662	1069	0.588	0.861	0.346	0.751	0.519	85
2.1-2.14	4.3	0.606	1075	0.606	0.869	0.316	0.687	0.519	84.6
2.14-2.19	4.4	0.567	1104	0.675	0.898	0.293	0.641	0.499	85.9
2.19-2.23	4.2	0.538	1090	0.67	0.896	0.285	0.613	0.528	86.3
2.23-2.29	4.4	0.533	1121	0.666	0.894	0.271	0.601	0.529	87.5
2.29-2.34	4.7	0.471	1156	0.74	0.922	0.237	0.531	0.597	90
2.34-2.41	4.9	0.452	1165	0.763	0.93	0.221	0.506	0.629	90.8
2.41-2.48	5.4	0.429	1248	0.789	0.939	0.2	0.475	0.626	97.4
2.48-2.56	5.6	0.375	1228	0.863	0.962	0.172	0.414	0.63	96.9
2.56-2.65	5.6	0.319	1240	0.898	0.973	0.147	0.352	0.657	96.2
2.65-2.76	5.7	0.275	1248	0.911	0.976	0.126	0.304	0.708	96.4
2.76-2.88	5.7	0.222	1223	0.948	0.987	0.101	0.244	0.765	95.9
2.88-3.03	5.7	0.191	1246	0.949	0.987	0.087	0.211	0.841	96
3.03-3.22	5.7	0.162	1270	0.971	0.993	0.073	0.178	1.016	97.1
3.22-3.47	5.5	0.136	1284	0.979	0.995	0.062	0.15	1.08	98.7
3.47-3.82	5.1	0.123	1294	0.975	0.994	0.058	0.137	1.385	99.2
3.82-4.37	4.7	0.108	1316	0.982	0.995	0.054	0.121	1.368	99.2
4.37-5.51	6	0.101	1334	0.988	0.997	0.044	0.111	1.244	99.3
5.51-50	6.2	0.11	1432	0.988	0.997	0.047	0.12	1.338	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→45.28 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	2000	8.28 %
R_work	0.2031	-	-
obs	0.208	24147	93.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3078	0	12	195	3285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	4353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.609	444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.08	0.3682	126	0.2763	1394	X-RAY DIFFRACTION	84
2.08-2.13	0.3306	126	0.2453	1402	X-RAY DIFFRACTION	84
2.13-2.2	0.2961	130	0.2196	1428	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2-2.27	0.2762	130	0.2201	1457	X-RAY DIFFRACTION	87
2.27-2.35	0.2867	135	0.2232	1490	X-RAY DIFFRACTION	89
2.35-2.44	0.324	141	0.2188	1552	X-RAY DIFFRACTION	94
2.44-2.55	0.3001	148	0.2142	1640	X-RAY DIFFRACTION	97
2.55-2.69	0.2772	147	0.207	1632	X-RAY DIFFRACTION	97
2.69-2.86	0.2631	146	0.2014	1611	X-RAY DIFFRACTION	96
2.86-3.08	0.2856	147	0.203	1631	X-RAY DIFFRACTION	96
3.08-3.39	0.2715	150	0.2119	1666	X-RAY DIFFRACTION	98
3.39-3.88	0.221	154	0.1818	1703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.88-4.88	0.2225	154	0.1732	1711	X-RAY DIFFRACTION	99
4.88-45.28	0.2372	166	0.2036	1830	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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