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- PDB-9ebr: The structure of NiaR from Thermotoga maritima bound to nicotinic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ebr
タイトルThe structure of NiaR from Thermotoga maritima bound to nicotinic acid
要素Probable transcription repressor NiaR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Corepressor / regulatory protein / metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3H domain / Transcription repressor NadR / 3H domain superfamily / 3H domain / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINIC ACID / PROLINE / Probable transcription repressor NiaR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Glasfeld, A. / Cheng, D.W.C. / Li, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: The activation of the metal-containing regulatory protein NiaR from Thermotoga maritima by its effector, nicotinic acid.
著者: Cheng, W.C.D. / Li, Y. / Nakashima, M. / Moenne-Loccoz, P. / Rush, K.W. / Glasfeld, A.
履歴
登録2024年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2025年1月22日ID: 9BUL
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcription repressor NiaR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8784
ポリマ－19,5841
非ポリマー2943
水1629
1
A: Probable transcription repressor NiaR
ヘテロ分子

A: Probable transcription repressor NiaR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7568
ポリマ－39,1682
非ポリマー5886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area2610 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.243, 83.243, 66.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Probable transcription repressor NiaR


分子量: 19583.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: niaR, TM_1602 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T8
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M L-PROLINE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 10% (W/V) PEG 3350, .001 M NICOTINIC ACID

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.33 Å / Num. obs: 12235 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 65.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1190 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 0.559 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.33 Å / SU ML: 0.3279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.4137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 614 5.03 %
Rwork0.2174 11591 -
obs0.2197 12205 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 18 9 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97091822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5491530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.530.40721450.34632859X-RAY DIFFRACTION99.87
2.53-2.90.30551400.27562874X-RAY DIFFRACTION99.97
2.9-3.650.32061670.29362865X-RAY DIFFRACTION100
3.65-35.330.21971620.17042993X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.58252833819-2.655543228060.01969867311178.24625960367-6.788151819289.09722005636-0.787054542921-0.42781309905-0.2220292244110.4050281577240.14233894382-0.526516848543-0.3372858538230.9195245410430.6646185735380.6975563250260.008561857647080.0227147832380.51370013080.04742500774320.521511627167-23.257-20.26911.175
29.07449157586-3.54943889136-3.641010460699.877515289346.175898242048.989625162460.395503118702-0.7021993793590.856478366143-0.789428007586-0.098985339503-1.67937040051-1.068616579170.825706192055-0.3992084794550.767077766199-0.04882759016020.04970096146570.8698010286120.1089368580550.853013484516-14.064-18.8415.198
36.45667947281-0.4820067557221.741990747886.32415216176-0.3560002657118.08278796030.347671885274-0.994579459764-0.5726316774841.02216576707-0.0967016492948-0.5122544919830.447495664751-0.098549606826-0.1047317199630.872529441525-0.27403475044-0.2834497147050.6123756135470.07634565744130.69960449066713.013-33.4726.624
49.067490419835.03251034253-7.55153662472.71613524488-3.989720734417.523281838240.6530515797550.5631112899060.4035350312910.1741861010860.39214376433-0.213276862639-0.616085612253-0.465604224204-0.9191323764860.651355004702-0.254498859613-0.1655946284550.5946411327070.04895819000790.68118427051719.446-25.603-6.594
52.44239438908-1.777425523940.9015353052386.93277583242-1.941932504276.699098628290.511602940723-0.351181614783-1.305006169690.247115965958-0.3171530186720.2708689902811.19412789066-0.769346989068-0.2208851710910.822551629252-0.345207110007-0.2474050878970.691225264070.08708356593980.797842527966.121-38.491-1.368
69.54075309562-1.742155395493.931532959515.676516836810.07345337301927.81439013822-0.081599527531-1.169475287220.5480399245071.95812852967-0.16715734551-0.965281379760.1897651991750.01430256657180.05083127202770.926752644062-0.289488209537-0.3454067159370.7973184259640.06570430907070.77771455588316.417-31.0527.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:48 )A6 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 49:68 )A49 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 69:98 )A69 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 99:112 )A99 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 113:133 )A113 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 134:173 )A134 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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