PDB-9ebk: Piperazate synthase (PipS) in complex with haem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ebk

タイトル

Piperazate synthase (PipS) in complex with haem

要素

Piperazate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / N-N bond / natural product biosynthesis / heme / piperazate / piperazic acid

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08006722536 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2025
タイトル: Structure and mechanism of haem-dependent nitrogen-nitrogen bond formation in piperazate synthase
著者: Higgins, M.A. / Shi, X. / Soler, J. / Harland, J.B. / Parkkila, T. / Lehnert, N. / Garcia-Borras, M. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ebk.cif.gz	229.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ebk.ent.gz	153.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ebk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ebmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Piperazate synthase

A: Piperazate synthase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.510, 66.510, 478.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-640- HOH
2	1	B-658- HOH
3	1	B-677- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 1 through 19 or resid 21...	A	B	1 - 19	1 - 19
1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 1 through 19 or resid 21...	A	B	21 - 214	21 - 214
1	3	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 1 through 19 or resid 21...	A	B	221 - 223	221 - 223
2	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 1 through 19 or resid 21...	B	A	1 - 19	1 - 19
2	5	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 1 through 19 or resid 21...	B	A	21 - 214	21 - 214
2	6	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 1 through 19 or resid 21...	B	A	222 - 224	222 - 224

#1: タンパク質	Piperazate synthase 分子量: 25152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: NRRL F-5144 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.76 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→79.78 Å / Num. obs: 39715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.570676426 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.08→2.14 Å / Num. unique obs: 2987 / CC_1/2: 0.882 / R_pim(I) all: 0.476

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08006722536→79.78 Å / SU ML: 0.231386837288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33571543112 / 位相誤差: 22.7598007899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227741031055	1982	5.01594371615 %
R_work	0.188418974756	37532	-
obs	0.190428077865	39514	99.9645820684 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.39028751 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08006722536→79.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	92	167	3627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00856945227769	3584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171910481	4914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0595601690564	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00665384220437	637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2827267896	2434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0801-2.1321	0.35189558147	138	0.283041098014	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.9633027523
2.1321-2.1897	0.314917105881	134	0.252392514012	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.9630040696
2.1897-2.2542	0.299150474242	136	0.25596960854	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.8552298227
2.2542-2.3269	0.31079416146	144	0.245721597989	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.963649582
2.3269-2.4101	0.298090064325	140	0.239033824136	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.9279538905
2.4101-2.5066	0.256406603505	139	0.225853038843	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.9636098981
2.5066-2.6207	0.302293267947	121	0.21338806699	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6207-2.7589	0.243919924595	135	0.214491852267	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.9644381223
2.7589-2.9317	0.23246747039	138	0.208487221307	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9317-3.1581	0.250386521292	134	0.209113136373	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1581-3.4759	0.229992291338	140	0.181049190098	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.9648753073
3.4759-3.9789	0.195186817457	149	0.15416925389	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9789-5.0129	0.175592670259	164	0.133358168679	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0129-79.78	0.200678164169	170	0.179689986047	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.9375975039

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.13855627133	-1.43729948862	1.36168909087	2.41190068756	-1.54419034188	6.21403249416	0.141959674777	0.101413618836	-0.0141265156707	-0.0293690587576	-0.0644191200819	-0.0329823931703	0.0414356768116	0.240438675059	-0.072692974943	0.118917772171	-0.0300927751094	0.0475559676489	0.288657051668	-0.0626331010034	0.248626193528	-15.2718035026	15.6653469883	-9.9612133995
2	7.20595371471	-0.402591191024	4.03407937652	5.3996538812	-0.89977293796	3.0394713414	-0.10006482958	0.614035325606	-1.29132609371	-0.131725586674	-1.24631283226	0.677784994572	1.02152272133	0.00563679870079	1.151467388	0.467686211711	0.158282388559	0.0170746465897	1.09981348158	-0.295008508214	0.91103356189	-8.57927019196	4.42900133762	-17.0439068357
3	2.93343283119	0.0559770010975	0.169226221793	1.94873027857	0.279063165373	4.99364491887	0.144333845111	0.453306232837	-0.307115156693	-0.28902611668	-0.0266525068947	-0.0192746903047	0.109650061421	0.29050129093	-0.073416473271	0.205963716743	0.0684821872732	0.00495595219963	0.307606725428	-0.10069873372	0.294930008951	-19.3277596309	13.148118538	-17.6906755464
4	5.64742170722	1.83639582394	-1.32825000651	4.84705448609	-1.0225164635	9.52585870215	-0.121323035558	-1.33431591048	-0.848314819939	0.913492670093	0.0590099196156	0.286651095397	0.355170115569	-0.439087435114	-0.0623739029739	0.488542092972	0.00274574207612	0.0938124912729	0.576557629415	0.0992924024924	0.433814199809	-23.1386851032	8.2591617308	11.7849443055
5	8.50425737541	-3.32090855404	1.40370960816	7.68706319804	2.48016447254	6.66228955355	0.0291473148368	-1.01486507166	-0.282572628689	0.65981328747	0.342216068529	0.212381451775	0.190874786239	-0.380561001334	-0.457184186826	0.493541353582	-0.0936332768258	0.110110722607	0.441144137782	0.0911446133241	0.378254612843	-22.3292001571	9.25710847347	5.3155896649
6	5.22069570526	-3.45905506198	-4.20237472498	5.09551341416	1.80842281813	7.56337705634	0.351090482656	0.25682285711	0.134485115197	-0.658771792675	-0.606282831306	0.77172087111	-0.689385236387	-0.584237990035	0.296993182992	0.346775237827	0.039368971643	-0.0725893810448	0.422536352854	-0.0703781194352	0.320587380324	-34.5559745078	24.9747671471	-20.8053148784
7	0.553353869378	-0.617504354748	1.16882549021	2.94059750625	0.163321963403	3.12149524227	0.0275596124175	-0.140268843287	0.018137696726	-0.029223985332	-0.0608921173374	-0.150781046278	-0.0832278612704	0.0922297625664	0.0420399518871	0.180875015096	-0.0639055301302	0.0443941020125	0.30449743192	-0.0705060079601	0.246742906208	-22.9706577684	26.20881135	-6.8952438327
8	7.55666347631	-2.92484213765	1.77725459371	6.17841456951	-0.926029774612	7.13938450246	-0.452287289701	-1.23307141111	0.717036191525	-0.239207646281	-0.230500226173	0.07402392007	-0.671971252825	-1.17197113809	0.641465200237	0.289392857322	0.0595260551857	-0.0170769785707	0.557825946708	-0.110931114677	0.392444144773	-34.8800388899	37.9808063652	-3.72249190797
9	2.0884458076	0.00877359922114	1.24698835537	1.32691043078	0.880197480059	3.67538380334	0.00202279393139	0.237689564554	0.166860903121	-0.120867701851	0.10994540808	-0.00937097062797	-0.0999537963417	0.147355987403	-0.122154869924	0.157186071669	-0.0147865469838	0.0557660438473	0.302360795885	-0.0511387700796	0.27561192467	-23.7655817168	23.9692686657	-9.65283954218
10	6.67078775994	3.19155841876	-1.72136019044	8.5706174698	-0.99658593972	5.22192041932	0.102694250195	-0.717646130504	0.583193637152	0.829312137525	-0.0446457513457	0.768690431518	-0.263828849017	-0.821288086631	-0.170504144123	0.339354370916	0.101364058559	0.0630371991022	0.742166709105	-0.137171707823	0.357409725547	-28.3981723664	27.8607789109	10.974383461
11	2.22922019119	-0.342050975859	0.509578853802	3.20992411521	1.03970225724	2.91384659628	-0.148763855644	-0.733774549111	0.391032191485	0.389717105155	0.0165951457328	-0.147187617829	-0.391149634042	-0.253779084997	0.0565851497143	0.186750529336	-0.000976141543673	0.0424085320988	0.458630939188	-0.163044253498	0.362507031411	-23.7645969282	30.0336719932	4.53663532853
12	6.88032939061	2.91527942811	2.56698769381	7.33468783378	1.46269241376	6.97602216198	0.302072786674	0.505126910425	-0.473873853919	0.0607020438168	-0.429077937441	1.39680877737	0.69329581591	-0.973196455247	0.105463599853	0.319791373653	-0.0616815809621	-0.00331618131137	0.584397158033	-0.210681643907	0.592514781322	-41.9696722073	9.4721670133	-19.8638094509
13	7.43561081832	-5.15013451653	0.202091609287	8.06032039019	3.5085531506	3.59535710169	0.476299871301	0.377225163326	-0.413487339528	-0.988773288705	-0.29948248588	0.424068191795	0.559208852052	-0.387823451977	-0.139661432301	0.454334591337	-0.171189770328	0.0526672181099	0.535027079472	-0.13135538782	0.396259419515	-38.8106501373	12.8155891622	-14.4160878195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 47 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 62 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 179 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 199 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 12 through 46 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 62 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 125 through 148 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 149 through 178 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 179 through 197 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 198 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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