[日本語] English
万見
- PDB-9eb2: Chicken YF1*7.1 molecule presenting an endogenous N-myristoylated... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eb2
タイトルChicken YF1*7.1 molecule presenting an endogenous N-myristoylated amino acid
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC Rfp-Y class I alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Chicken / antigen presentation / Lipopeptide / MHC-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-2-microglobulin / MHC Rfp-Y class I alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khandokar, Y. / Wang, C.J.H. / Rossjohn, J. / Le Nours, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008616 オーストラリア
Monash University/ARC Centre of Excellence in Advanced Molecular Imaging AllianceCE140100011 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for presentation of N-myristoylated peptides by the chicken YF1∗7.1 molecule.
著者: Khandokar, Y. / Cheng, T.Y. / Wang, C.J.H. / Cao, T.P. / Nagampalli, R.S.K. / Sivaraman, K.K. / Van Rhijn, I. / Rossjohn, J. / Moody, D.B. / Nours, J.L.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC Rfp-Y class I alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0375
ポリマ－42,6242
非ポリマー4133
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.840, 61.340, 134.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC Rfp-Y class I alpha chain / YF1*7.1


分子量: 31490.312 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: YFV / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BCW3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11133.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21611

-
非ポリマー , 4種, 245分子

#3: 化合物 ChemComp-BJU / N-tetradecanoylglycine


分子量: 285.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% w/v PEG3350, 200 mM ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.34 Å / Num. obs: 30861 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.04
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 5.55 / Num. unique obs: 3014 / CC1/2: 0.955 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.158 / % possible all: 99.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.0.32精密化
PHENIX1.21.2-5419精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.34 Å / SU ML: 0.1747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.0867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 1517 4.92 %
Rwork0.1623 29341 -
obs0.1646 30858 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2884 0 27 242 3153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00663152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85114319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8238472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.25691200.18422599X-RAY DIFFRACTION99.41
2.06-2.140.23471300.17862622X-RAY DIFFRACTION99.82
2.14-2.220.25561300.16992628X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.330.24631320.16832646X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.21961490.17362642X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.2211450.17152617X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.20081340.17272686X-RAY DIFFRACTION99.96
2.8-3.080.21661430.16632659X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.20371520.15322672X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.450.17351320.13562727X-RAY DIFFRACTION100
4.45-45.340.20311500.1712843X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82410285096-0.6248759986610.02536432182374.34484017539-0.783841214962.42011245569-0.0746805042903-0.006100807739380.09758726063540.08612428530690.00968877033705-0.157799259069-0.07299299640080.1077205578810.06807739621820.103364296994-0.0163764668818-0.01485023870070.14218443859-0.003998262828670.08841978395411.39229072004-13.835904246910.8252250805
21.30413343686-0.5943567234660.2474642846870.713330331672-0.8536279240753.450107697970.1066743991260.241482214556-0.111808070139-0.225156700157-0.0860312760410.1677150477750.0966076707596-0.0286243138511-0.007058952089350.115018162507-0.00930758577782-0.02649563477110.184722799167-0.0204434527630.172472187701-5.41039154503-16.0421628155-2.0185765929
38.07088943715-4.96572250029-4.137758772464.543403193893.073222954293.5618857372-0.274388295072-0.58244381395-0.6098508263110.1034316924880.05322746283160.4228590924770.06044368361490.1003187635530.1984383139290.23325102353-0.0661548291176-0.0141107842550.1894894756150.03863262916970.196280323028-22.1637888828-20.673355378228.8192377524
44.319520802990.336324067267-0.09497692587592.10394466366-0.08069316898061.80292623286-0.0261091952277-0.147197988891-0.2147954741190.142627370925-0.006274173085450.04222753423910.00666384606641-0.1756958954610.03652648556390.176823206688-0.02143595122530.009520576781720.1303728764250.01332603545530.138651858348-31.175281033-18.378531301426.3684478375
54.203205180960.761924797574-1.932494367974.9620883492-0.2660370038716.889931160780.2207094771460.4944251332860.105846822101-0.6332534161340.2847307160310.531396622740.0538674889376-0.622294188485-0.4974841691260.162147869954-0.00629452049314-0.03463204411510.162833365425-0.008030922263270.15911521982-19.142360559-3.8502459486320.2035409912
61.63712881809-0.1265292156210.5366403891392.45363719051-1.058606526554.720112479930.0187270436594-0.187565966946-0.07465036061910.1557041044370.0323078515715-0.06029764914080.05712829456870.145564243691-0.04732924002460.1119269160630.0345842561851-0.01371928063110.12259971118-0.02214687012580.144161156161-11.4778692775-5.7011500979729.2782321786
75.22589858704-5.703165975195.07213064246.53431992053-5.3408298535.08524193559-0.307301651702-1.31479515356-0.1414847130420.05443103189360.0577638944012-0.07620323129610.709739083358-0.5016794390130.1748205193750.2554896309590.03008082225720.04380783827790.4109564258090.02765226865320.190470645667-10.6549821095-8.94676610911.0121747253
82.48653921002-0.422122093327-0.365810233413.94793743905-0.9201965959745.669745358380.041000208685-0.05700815586360.08043069570920.172051379653-0.0435433126723-0.0367200476285-0.477584650549-0.04771224727590.01132779705330.118900715906-0.0338097031324-0.02861334668970.101754126755-0.02327108978120.14080413612-12.9787020949-1.8222202373528.1198805525
94.72750175027-2.749109238322.247527442524.37083505032-4.078389417453.856014307110.160496602930.07739688983190.00108071536553-0.7612292589110.2018913580130.8185261516230.31072552378-0.795740357557-0.379059816670.2534597624480.00735591765274-0.04717290355220.123838121748-0.02740687242470.192884886082-20.0451914817-1.7109016932930.4634781167
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 82 )AA1 - 821 - 86
22chain 'A' and (resid 83 through 171 )AA83 - 17187 - 191
33chain 'A' and (resid 172 through 193 )AA172 - 193192 - 213
44chain 'A' and (resid 194 through 275 )AA194 - 275214 - 308
55chain 'B' and (resid 1 through 11 )BD1 - 111 - 13
66chain 'B' and (resid 12 through 51 )BD12 - 5114 - 58
77chain 'B' and (resid 52 through 61 )BD52 - 6159 - 70
88chain 'B' and (resid 62 through 90 )BD62 - 9071 - 101
99chain 'B' and (resid 91 through 99 )BD91 - 97102 - 108

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る