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万見
- PDB-9eb4: Chicken YF1.7*1 presenting N-palmitoylated glycine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eb4
タイトルChicken YF1.7*1 presenting N-palmitoylated glycine
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC Rfp-Y class I alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Chicken / Antigen presentation / lipopeptide / MHC-like
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-PALMITOYLGLYCINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-2-microglobulin / MHC Rfp-Y class I alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Khandokar, Y. / Wang, C.J. / Rossjohn, J. / Le Nours, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008616 オーストラリア
Monash University/ARC Centre of Excellence in Advanced Molecular Imaging AllianceCE140100011 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for presentation of N-myristoylated peptides by the chicken YF1∗7.1 molecule.
著者: Khandokar, Y. / Cheng, T.Y. / Wang, C.J.H. / Cao, T.P. / Nagampalli, R.S.K. / Sivaraman, K.K. / Van Rhijn, I. / Rossjohn, J. / Moody, D.B. / Nours, J.L.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC Rfp-Y class I alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,08211
ポリマ－42,0992
非ポリマー9839
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.669, 55.390, 133.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-542-

HOH

21A-544-

HOH

31B-271-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC Rfp-Y class I alpha chain


分子量: 31036.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: YFV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BCW3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611

-
非ポリマー , 6種, 235分子

#3: 化合物 ChemComp-140 / N-PALMITOYLGLYCINE / N-HEXADECANOYLGLYCINE / N-パルミトイルグリシン


分子量: 313.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H35NO3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 4000 200 mM magnesium sulfate 10% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→51.02 Å / Num. obs: 20758 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 12.74
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Num. unique obs: 2036 / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.14 / % possible all: 98.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.0.32精密化
PHENIX1.21.2-5419精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→51.02 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 1045 5.04 %
Rwork0.1574 --
obs0.1606 20754 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 64 226 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.914138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.857455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.32221570.19222740X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.460.28551520.1812800X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.2241310.17852838X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.920.23541320.1752822X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.340.22361390.16432839X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.210.18591620.13472790X-RAY DIFFRACTION100
4.21-51.020.20071720.1432880X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39850.62041.18411.98420.77024.19860.04170.21420.214-0.1842-0.0642-0.0486-0.50540.21470.04160.25080.00290.01860.1457-0.01340.184313.74680.371723.0076
24.90920.09392.2793.0340.90546.96930.2234-0.41880.05230.4945-0.0016-0.1740.09680.3884-0.25930.2218-0.00050.01180.1808-0.0110.174914.5596-4.776137.7999
31.7811-0.44520.01840.72150.15384.5920.013-0.0495-0.07160.07910.03990.2122-0.2627-0.3038-0.05040.18970.02560.0090.1279-0.00530.24152.1821-6.456832.9427
40.8703-2.12970.58187.0883-0.96255.23840.140.2632-0.0407-0.1865-0.2015-0.39620.25020.22680.06880.1687-0.06490.01360.1941-0.04570.189822.5705-22.68747.151
52.9245-0.82460.70046.3825-0.47944.45720.12840.1417-0.4199-0.0318-0.1247-0.24760.75940.1781-0.00560.255-0.00360.04990.2333-0.03210.232322.999-30.157511.3544
65.32740.3067-2.75974.43451.98427.7851-0.3595-0.4793-0.29010.47740.0909-0.00250.935-0.05180.21560.16520.02630.01130.19290.03860.182429.6009-18.377524.4068
72.1091-0.6192-1.74950.7317-0.14912.1083-0.0363-0.22720.05460.09880.088-0.1862-0.0160.5342-0.07180.1301-0.0287-0.00650.2469-0.00570.196331.9118-12.757617.2988
83.9656-4.87980.07376.2029-0.65782.863-0.01060.7490.3730.3274-0.2582-0.0023-0.42560.24550.24040.1769-0.1164-0.03530.3018-0.04560.25638.5005-6.660514.9983
95.64564.5137-5.48633.7448-3.81837.8586-0.48560.4463-0.1128-0.7580.1376-0.45210.2380.02340.25490.22690.0370.00190.25240.02490.210418.94-10.807327.917
105.2618-0.2274-3.28610.4440.38257.6555-0.2496-0.1279-0.4709-0.04820.0933-0.05070.28050.59550.0990.1427-0.01940.00810.2383-0.02750.230933.8952-12.040514.0496
113.73550.25694.25972.1476-0.7895.410.1716-0.95860.20160.4450.5306-0.2204-0.21920.9199-0.52050.2370.004-0.03160.4649-0.05030.238637.4423-13.023427.8442
121.98892.17812.16076.10762.26883.2843-0.1568-0.0121-0.4815-0.08320.8532-0.78641.48630.6746-0.53220.37150.01470.02570.3816-0.04450.299937.7486-21.023115.6445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 171 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 172 through 193 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 194 through 270 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 11 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 41 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 62 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 78 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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