PDB-9ea1: Crystal structure of PrnB in complex with 7-Cl-Trp and cyanide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ea1

タイトル

Crystal structure of PrnB in complex with 7-Cl-Trp and cyanide

要素

PrnB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pyrrolnitrin biosynthesis / Histidine-ligated heme enzyme / binary complex / 7-chloro-tryptophan bound / cyanide bound

機能・相同性

7-CHLOROTRYPTOPHAN / CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriales bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Li, B. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidating ligand interactions and small-molecule activation in the pyrrolnitrin biosynthetic enzyme PrnB.
著者: Li, B. / Usai, R. / Campbell, J. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ea1.cif.gz	163.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ea1.ent.gz	126.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ea1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dfgC 9dfiC 9dflC 9dfmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PrnB

B: PrnB

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.503, 122.615, 66.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-695- HOH
2	1	B-732- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PrnB 分子量: 41592.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacteriales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CTE / 7-CHLOROTRYPTOPHAN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 238.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁ClN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION 分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 50486 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.207 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.227 / Χ²: 0.698 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	3.8	0.997	2341	0.538	0.836	0.551	1.144	0.575	92.7
2.34-2.38	4.2	0.933	2422	0.659	0.891	0.486	1.056	0.575	95.5
2.38-2.43	4.6	0.891	2492	0.715	0.913	0.443	0.998	0.569	98
2.43-2.48	5	0.947	2535	0.711	0.911	0.451	1.052	0.59	99.4
2.48-2.53	5.4	0.83	2489	0.764	0.931	0.386	0.918	0.581	99.8
2.53-2.59	5.6	0.763	2570	0.771	0.933	0.349	0.842	0.601	99.8
2.59-2.66	5.4	0.663	2478	0.835	0.954	0.314	0.736	0.587	99.9
2.66-2.73	5.6	0.61	2543	0.85	0.959	0.284	0.675	0.583	100
2.73-2.81	5.8	0.534	2553	0.872	0.965	0.244	0.589	0.634	100
2.81-2.9	6.4	0.453	2529	0.926	0.981	0.194	0.494	0.652	99.9
2.9-3	7	0.374	2536	0.964	0.991	0.15	0.403	0.634	100
3-3.12	7	0.322	2550	0.968	0.992	0.13	0.348	0.703	100
3.12-3.26	7	0.266	2533	0.976	0.994	0.108	0.287	0.724	100
3.26-3.44	6.9	0.198	2529	0.982	0.996	0.081	0.214	0.776	100
3.44-3.65	6.7	0.152	2559	0.988	0.997	0.063	0.165	0.8	100
3.65-3.93	6.6	0.123	2566	0.99	0.997	0.052	0.134	0.82	100
3.93-4.33	6.3	0.1	2543	0.993	0.998	0.044	0.109	0.794	100
4.33-4.95	5.4	0.091	2556	0.991	0.998	0.043	0.101	0.826	99.8
4.95-6.24	5.9	0.095	2560	0.991	0.998	0.044	0.105	0.788	99.7
6.24-50	7	0.089	2602	0.992	0.998	0.036	0.096	0.866	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→46.41 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	2002	3.99 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1872	50174	97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→46.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5632	0	14	473	6119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	7861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.081	776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	870
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.35	0.3247	110	0.2685	2483	X-RAY DIFFRACTION	71
2.35-2.41	0.32	135	0.249	3372	X-RAY DIFFRACTION	95
2.41-2.48	0.2831	159	0.2348	3448	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.56	0.2741	137	0.2258	3510	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.65	0.2663	141	0.2208	3487	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.76	0.3254	143	0.2197	3529	X-RAY DIFFRACTION	99
2.76-2.88	0.2855	148	0.2213	3523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-3.03	0.2554	147	0.2057	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.22	0.2875	145	0.2035	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.47	0.2231	146	0.1753	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.82	0.1956	139	0.1587	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.38	0.1881	153	0.1378	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-5.51	0.1649	152	0.1489	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-46.41	0.2091	147	0.1844	3590	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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