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- PDB-9dfi: Crystal structure of PrnB in complex with Tryptophan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dfi
タイトルCrystal structure of PrnB in complex with Tryptophan
要素PrnB
キーワードOXIDOREDUCTASE / Pyrrolnitrin biosynthesis / Histidine-ligated heme enzyme / binary complex / tryptophan bound
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN
機能・相同性情報
生物種Flavobacteriales bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Li, B. / Wang, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147510 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidating ligand interactions and small-molecule activation in the pyrrolnitrin biosynthetic enzyme PrnB.
著者: Li, B. / Usai, R. / Campbell, J. / Wang, Y.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrnB
B: PrnB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,59314
ポリマ－83,1842
非ポリマー2,40812
水9,332518
1
A: PrnB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6896
ポリマ－41,5921
非ポリマー1,0975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PrnB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9038
ポリマ－41,5921
非ポリマー1,3117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.125, 122.533, 66.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-841-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PrnB


分子量: 41592.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacteriales bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 530分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 3.0 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 71670 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.03-2.075.60.90731140.6290.8790.4060.9980.56786.5
2.07-2.15.90.77433530.6870.9030.3420.850.59492.4
2.1-2.146.20.72635390.7240.9170.3130.7940.62396.3
2.14-2.196.40.66635760.7770.9350.2830.7260.63498.1
2.19-2.236.60.59336280.8460.9570.2470.6430.6698.7
2.23-2.296.70.53835450.8690.9640.2230.5840.66498.7
2.29-2.346.40.4735560.9040.9740.1990.5120.66198.4
2.34-2.4160.39836140.9210.9790.1740.4360.68897.8
2.41-2.487.10.39236410.9410.9850.1570.4230.76299.7
2.48-2.567.20.33236480.9550.9880.1320.3570.81899.9
2.56-2.657.20.28736290.9680.9920.1140.3090.84799.9
2.65-2.767.20.24736490.9720.9930.0980.2660.94499.9
2.76-2.887.10.2136570.980.9950.0840.2270.99299.9
2.88-3.0370.17936380.9820.9960.0720.1941.15599.3
3.03-3.226.90.15436200.9870.9970.0630.1671.17698.9
3.22-3.476.10.12135700.9890.9970.0520.1321.32497.8
3.47-3.827.10.10836560.9920.9980.0430.1161.71299.8
3.82-4.377.20.09536700.9930.9980.0380.1031.86899.8
4.37-5.5170.08436790.9950.9990.0340.091.58999.9
5.51-506.90.06536880.9980.9990.0260.071.34398.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→46.5 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 1999 2.79 %
Rwork0.2184 --
obs0.2195 71622 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5694 0 50 518 6262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9488029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.968802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.080.28581140.27284080X-RAY DIFFRACTION80
2.08-2.130.2941370.26764762X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.190.30031440.25615015X-RAY DIFFRACTION98
2.19-2.260.28831470.24855025X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.350.28391520.24614997X-RAY DIFFRACTION98
2.35-2.440.28471450.24135012X-RAY DIFFRACTION98
2.44-2.550.34981320.24195089X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.291500.23675117X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.850.28141500.23635081X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.070.30251390.2345067X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.380.25541510.22855041X-RAY DIFFRACTION99
3.38-3.870.24511390.19385075X-RAY DIFFRACTION99
3.87-4.880.20131480.17255131X-RAY DIFFRACTION100
4.88-46.50.23541510.20665131X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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