PDB-9e9f: Pseudomonas aeruginosa MexY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9e9f

タイトル

Pseudomonas aeruginosa MexY

要素

Efflux pump membrane transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pseudomonsa aeruginosa / MexY / RND / Efflux

機能・相同性

Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å

データ登録者

Gregor, W.D. / Maharjan, R. / Zhang, Z. / Yu, E.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MexY
著者: Gregor, W.D. / Maharjan, R. / Zhang, Z. / Yu, E.W.

履歴

登録	2024年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e9f.cif.gz	552.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e9f.ent.gz	452.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/9e9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/9e9f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	47796MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

B: Efflux pump membrane transporter

C: Efflux pump membrane transporter

A: Efflux pump membrane transporter

334 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Efflux pump membrane transporter 分子量: 111287.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mexY, CAZ10_35085, IPC1295_28315, L4V69_20575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A241XFU1
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: MexY / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris HCl		1
2	100 mM	sodium chloride	NaCl	1

試料

濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 37.7 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択	選択した粒子像数: 2124205
3次元再構成	解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8886 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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