PDB-9e92: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9.0E+92

タイトル

Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

要素

R699

キーワード

VIRAL PROTEIN / R699

機能・相同性

procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / : / beta-D-glucopyranose / beta-D-galactopyranose / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein R699

機能・相同性情報

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Buhlheller, C. / Richards, S.J. / Kim, J.S. / Chen, T. / Wu, J. / Guo, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699
著者: Richards, S.J. / Buhlheller, C. / Kim, J.S. / Chen, T. / Wu, J. / Guo, H.

履歴

登録	2024年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e92.cif.gz	401.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e92.ent.gz	315.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/9e92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/9e92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dytC 9dzsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (2)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: R699

B: R699

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.153, 124.998, 72.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.295, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 9 - 455 / Label seq-ID: 12 - 458

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	R699 分子量: 53317.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNV6

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-2DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#6: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 887分子

#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein/substrate/cofactor mix: 28 mg/ml R699, 10 mM UDP glucose, 10 mM MnCl2, 0.15 g/ml glucose, 0.15 g/ml galactose. Mother liquor: 0.1 M HEPES pH 7, 10% (w/v) PEG 6000. The ratio of mix ...詳細: Protein/substrate/cofactor mix: 28 mg/ml R699, 10 mM UDP glucose, 10 mM MnCl2, 0.15 g/ml glucose, 0.15 g/ml galactose. Mother liquor: 0.1 M HEPES pH 7, 10% (w/v) PEG 6000. The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein/substrate/cofactor mix: 28 mg/ml R699, 10 mM UDP glucose, 10 mM MnCl2, 0.15 g/ml glucose, 0.15 g/ml galactose. Mother liquor: 0.1 M HEPES pH 7, 10% (w/v) PEG 6000. The ratio of mix ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→62.5 Å / Num. obs: 171464 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 49803 / CC_1/2: 0.857

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS	3.8.0	データ収集
xia2	3.8.0	データ削減
Aimless	0.7.8	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.93	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→60.965 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.167 / SU B: 1.305 / SU ML: 0.048 / Average fsc free: 0.9728 / Average fsc work: 0.9794 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.066
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	8633	5.041 %
R_work	0.1657	162639	-
all	0.167	-	-
obs	-	171272	98.733 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.197 Å²	0 Å²	-0.376 Å²
2-	-	1.682 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.933 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→60.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7306	0	147	883	8336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	7845
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.8	1.83	10647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.624	1.776	16884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.853	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.091	10	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.906	10	392
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	9089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	6163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.844	1.805	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.842	1.804	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.665	3.25	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.665	3.25	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.103	2.129	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.102	2.129	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.697	3.764	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.696	3.764	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.881	21.582	8730
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.806	20.492	8554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	14726

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09139	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09139	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.287	636	0.263	12104	0.264	12849	0.953	0.958	99.1517	0.242
1.539-1.581	0.263	605	0.226	11837	0.228	12475	0.958	0.968	99.7355	0.202
1.581-1.627	0.224	586	0.209	11524	0.21	12143	0.967	0.972	99.7282	0.183
1.627-1.677	0.215	598	0.19	11067	0.191	11727	0.97	0.977	99.4713	0.166
1.677-1.732	0.212	512	0.179	10767	0.181	11441	0.971	0.979	98.584	0.155
1.732-1.793	0.194	591	0.168	10199	0.17	11032	0.976	0.982	97.8064	0.147
1.793-1.86	0.203	537	0.176	9546	0.178	10682	0.968	0.978	94.3924	0.156
1.86-1.936	0.196	464	0.164	9718	0.166	10221	0.976	0.983	99.6184	0.147
1.936-2.022	0.204	516	0.169	9366	0.17	9888	0.973	0.983	99.9393	0.155
2.022-2.121	0.192	475	0.167	8845	0.168	9365	0.977	0.984	99.5195	0.157
2.121-2.235	0.193	502	0.164	8414	0.165	8970	0.978	0.985	99.398	0.157
2.235-2.371	0.182	446	0.155	8005	0.157	8501	0.981	0.986	99.4118	0.152
2.371-2.534	0.182	385	0.152	7355	0.153	7944	0.979	0.986	97.432	0.152
2.534-2.737	0.177	295	0.152	6808	0.153	7416	0.98	0.986	95.7794	0.156
2.737-2.997	0.186	304	0.158	6534	0.159	6838	0.979	0.985	100	0.166
2.997-3.35	0.187	356	0.159	5809	0.161	6176	0.977	0.986	99.8219	0.173
3.35-3.866	0.171	294	0.154	5181	0.155	5494	0.984	0.987	99.6542	0.173
3.866-4.731	0.142	249	0.133	4284	0.133	4626	0.989	0.991	97.9896	0.158
4.731-6.67	0.202	178	0.18	3328	0.182	3604	0.985	0.988	97.2808	0.211
6.67-60.965	0.206	103	0.201	1922	0.201	2029	0.979	0.979	99.8029	0.249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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