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万見
- PDB-9e77: Cryo-EM structure of CSN-N8 in complex with CSN5i-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9.0E+77
タイトルCryo-EM structure of CSN-N8 in complex with CSN5i-3
要素
  • (COP9 signalosome complex subunit ...) x 8
  • NEDD8
キーワードSIGNALING PROTEIN / COP9 / COP9 signalosome / signalosome / NEDD8 / CSN5i-3 / deneddylation / CSN5 / metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / COP9 signalosome / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / inner cell mass cell proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / response to light stimulus / regulation of proteolysis / skeletal muscle cell differentiation / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / : / JNK cascade / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / Iron uptake and transport / protein modification process / DNA Damage Recognition in GG-NER / modification-dependent protein catabolic process / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / protein tag activity / neuron differentiation / metallopeptidase activity / synaptic vesicle / cell junction / UCH proteinases / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / translation / negative regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / : / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats ...COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / : / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Nedd8-like ubiquitin / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6LT / COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shi, H. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Focused map of COP9 signalosome deneddylation state with cullin-4A
著者: Shi, H. / Zheng, N.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: COP9 signalosome complex subunit 2
H: COP9 signalosome complex subunit 8
A: COP9 signalosome complex subunit 1
C: COP9 signalosome complex subunit 3
D: COP9 signalosome complex subunit 4
E: COP9 signalosome complex subunit 5
F: COP9 signalosome complex subunit 6
G: COP9 signalosome complex subunit 7b
I: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,90311
ポリマ－337,3329
非ポリマー5712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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COP9 signalosome complex subunit ... , 8種, 8分子 BHACDEFG

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 2 / SGN2 / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid ...SGN2 / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor-interacting protein 15 / TR-interacting protein 15 / TRIP-15


分子量: 51664.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS2, CSN2, TRIP15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61201
#2: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 8 / SGN8 / Signalosome subunit 8 / COP9 homolog / hCOP9 / JAB1-containing signalosome subunit 8


分子量: 23245.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS8, CSN8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99627
#3: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 1 / SGN1 / Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome ...SGN1 / Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome subunit 1 / Protein MFH


分子量: 55606.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPS1, COPS1, CSN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13098
#4: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 3 / SGN3 / Signalosome subunit 3 / JAB1-containing signalosome subunit 3


分子量: 47924.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS3, CSN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNS2
#5: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 4 / SGN4 / Signalosome subunit 4 / JAB1-containing signalosome subunit 4


分子量: 46322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS4, CSN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BT78
#6: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 5 / SGN5 / Signalosome subunit 5 / Jun activation domain-binding protein 1


分子量: 37621.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#7: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6 / SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr- ...SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr-interacting protein / hVIP


分子量: 36203.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS6, CSN6, HVIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L5N1
#8: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 7b / SGN7b / Signalosome subunit 7b / JAB1-containing signalosome subunit 7b


分子量: 29656.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS7B, CSN7B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9Q2

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#9: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 9086.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843

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非ポリマー , 2種, 2分子

#10: 化合物 ChemComp-6LT / 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide


分子量: 505.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #8-#9, #3, #1, #5-#7, #4, #2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104415 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14D10

4d10

14D101PDBexperimental model
25JOG

5jog

15JOG2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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