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- PDB-9e6h: Cryo-EM structure of Maackia amurensis seed Leukoagglutinin (lect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e6h
タイトルCryo-EM structure of Maackia amurensis seed Leukoagglutinin (lectin), MASL
要素Seed leukoagglutinin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Seed Lectin / Maackia amurensis / N-linked glycosylation / Intersubunit Disulphide bridge / leukoagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Seed leukoagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Maackia amurensis (イヌエンジュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Nayak, A.R. / Goldberg, G.S. / Temiakov, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM131832 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Maackia amurensis seed lectin structure and sequence comparison with other M. amurensis lectins.
著者: Ashok R Nayak / Cayla J Holdcraft / Ariel C Yin / Rachel E Nicoletto / Caifeng Zhao / Haiyan Zheng / Dmitry Temiakov / Gary S Goldberg /
要旨: Maackia amurensis lectins, including MASL, MAA, and MAL2, are widely utilized in biochemical and medicinal research. However, the structural and functional differences between these lectins have not ...Maackia amurensis lectins, including MASL, MAA, and MAL2, are widely utilized in biochemical and medicinal research. However, the structural and functional differences between these lectins have not been defined. Here, we present a high-resolution cryo-EM structure of MASL revealing that its tetrameric assembly is directed by two intersubunit disulfide bridges. These bridges, formed by C272 residues, are central to the dimer-of-dimers assembly of a MASL tetramer. This cryo-EM structure also identifies residues involved in stabilizing the dimer interface, multiple glycosylation sites, and calcium and manganese atoms in the sugar-binding pockets of MASL. Notably, our analysis reveals that Y250 in the carbohydrate-binding site of MASL adopts a flipped conformation, likely acting as a gatekeeper that obstructs access to noncognate substrates, a feature that may contribute to MASL's substrate specificity. Sequence analysis suggests that MAA is a truncated version of MASL, while MAL2 represents a homologous isoform. Unlike MASL, neither MAL2 nor MAA contains a cysteine residue required for disulfide bridge formation. Accordingly, analysis of these proteins using reducing and nonreducing SDS-PAGE confirms that the C272 residue in MASL drives intermolecular disulfide bridge formation. These findings provide critical insights into the unique structural features of MASL that distinguish it from other M. amurensis lectins, offering a foundation for further exploration of its biological and therapeutic potential.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seed leukoagglutinin
B: Seed leukoagglutinin
C: Seed leukoagglutinin
D: Seed leukoagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,07428
ポリマ－125,2864
非ポリマー8,78824
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Seed leukoagglutinin / Leukoagglutinating lectin MAL / Seed leucoagglutinin


分子量: 31321.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Maackia amurensis (イヌエンジュ) / 参照: UniProt: P0DKL3

-
糖 , 3種, 16分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM map of Maackia amurensis seed Leukoagglutinin (lectin), MASL
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.125 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Maackia amurensis (イヌエンジュ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM Tris-HCL (pH=7.9), 100 mM NaCL, 0.1 mM CaCl2, 0.1 mM MnCl2
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 3 uM MASL monodisperse solution
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS / 詳細: Calibrated pixel size -0.93
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8543
詳細: Total number of frames - 40, Defocus range - -0.3 to -1.2 um in 0.1 increments, Output mode - TIFF, Autofocus recurrence - after centering, Drift measurement - once per grid square (Threshold - 0.4 nm/sec)
電子光学装置詳細: No Energy filter was used

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
2EPU3.6画像取得
7Coot0.9.8.95モデルフィッティング
9PHENIX1.21.2.5419モデル精密化
12cryoSPARC4.4分類
13cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND 4.0 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 8343216
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2656977 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1DBN

1dbn


Accession code: 1DBN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028306
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60911394
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.6161322
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471426
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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