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- PDB-9e6e: Yeast Fzf1 Zn-fingers 1-3 bound to YHB1 26 bp DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e6e
タイトルYeast Fzf1 Zn-fingers 1-3 bound to YHB1 26 bp DNA
要素
  • DNA 1
  • DNA 2
  • Zinc finger protein FZF1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Yeast Zn-finger Transcriptional activator / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanamide metabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / C2H2-type zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein FZF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Moore, S.A. / Ma, C. / Xiao, W.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2019-05604 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2011-262138 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-126155 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Zn-finger transcription factor Fzf1 binds to its target DNA in a non-canonical manner
著者: Ma, C. / Xiao, W. / Moore, S.A.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Zinc finger protein FZF1
E: DNA 1
F: DNA 2
B: DNA 1
C: DNA 2
A: Zinc finger protein FZF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,67412
ポリマ－101,2826
非ポリマー3926
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.905, 66.265, 174.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 11 through 19 or resid 21...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 11 through 19 or resid 21...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNASNCYSCYSAF11 - 1911 - 19
d_12ens_1LYSLYSGLNGLNAF21 - 7821 - 78
d_13ens_1ARGARGLEULEUAF80 - 8780 - 87
d_14ens_1ARGARGHISHISAF89 - 9489 - 94
d_15ens_1LYSLYSALAALAAF99 - 10199 - 101
d_16ens_1ARGARGILEILEAF103 - 104103 - 104
d_17ens_1ZNZNZNZNAJ301
d_18ens_1ZNZNZNZNAK302
d_21ens_1ASNASNCYSCYSDA11 - 1911 - 19
d_22ens_1LYSLYSGLNGLNDA21 - 7821 - 78
d_23ens_1ARGARGLEULEUDA80 - 8780 - 87
d_24ens_1ARGARGLYSLYSDA89 - 9789 - 97
d_25ens_1LYSLYSLEULEUDA99 - 10099 - 100
d_26ens_1ZNZNZNZNDG301
d_27ens_1ZNZNZNZNDH302
d_11ens_2DADADADABD11
d_21ens_2DADADADAEB11
d_11ens_3DTDTDTDTCE11
d_21ens_3DTDTDTDTFC11

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.913125995567, -0.407550327047, 0.0101807241376), (-0.407457325807, -0.913168863865, -0.0100575202445), (0.013395665959, 0.00503557255429, -0.999897594328)0.313105285305, -12.0425128099, 1.21372919699
2given(0.885143005585, -0.465286104223, -0.00554083757574), (-0.465318512219, -0.885060306107, -0.0121217465642), (0.000736104834354, 0.013307733484, -0.999911177245)0.467886858953, -11.809984447, 0.498046062992
3given(0.898011887212, -0.439781830946, -0.0129070366381), (-0.439932782357, -0.897934654395, -0.0131340566944), (-0.0058135559821, 0.0174727675791, -0.999830438104)0.0485005892421, -11.8729952331, 0.346828922592

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein FZF1 / Sulfite resistance protein 1


分子量: 34048.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FZF1, SUL1, YGL254W, NCR299 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 詳細 (発現宿主): BamH1/Sal1 site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32805
#2: DNA鎖 DNA 1


分子量: 8334.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 詳細 (発現宿主): BamH1/Sal1 site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA 2


分子量: 8258.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FZF1 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 詳細 (発現宿主): BamH1/Sal1 site / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % / 解説: Elongated prisms
結晶化温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, and 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2002年8月7日 / 詳細: Vertical Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Axilon DCMM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→36.37 Å / Num. obs: 15710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 67.68 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.14 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2485 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→36.37 Å / SU ML: 0.3123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3745
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 773 4.98 %
Rwork0.2184 14745 -
obs0.2198 15518 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→36.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 2202 6 15 3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00633987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86685852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.44621740
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.55596434319
ens_2d_2DBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.35654802663
ens_3d_2ECX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05546968278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.140.38471250.34742392X-RAY DIFFRACTION98.47
3.14-3.380.31481160.29032349X-RAY DIFFRACTION96.48
3.38-3.720.26741350.23032418X-RAY DIFFRACTION98.57
3.72-4.260.27251130.2192479X-RAY DIFFRACTION100
4.26-5.360.22781340.20772491X-RAY DIFFRACTION99.96
5.36-36.370.2011500.17392616X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.641501837640.754819890042-0.9555124635612.840297307530.4317926637022.033019664370.254344340796-0.420218050579-0.331121177721-0.249376973609-0.0576570279553-0.08271108420650.02312122915650.3940254582120.000179599410170.596952581493-0.07419441773320.01850729436590.6573413540790.03606287422340.613199074559-10.1622380398-21.39569889914.82107228172
23.3075844228-0.7582645846960.7896747413113.50456474176-1.593320110080.8642800632090.286830751651-0.381847322855-0.1034086420260.1512449506680.151552732777-0.356061685932-0.3174979629640.7233710412410.006837310620150.711502466286-0.108164149275-0.007605213649490.825645480301-0.01817246216580.710651304075-5.56023568142-19.67374972598.13856105011
34.559589356870.492782813214-1.844228682923.295034004480.0737824795390.7663241272330.2143749963410.252463008758-0.0394939703099-0.2224495253880.289482971227-0.1134874017730.2557491580060.114674998050.01429918635130.553826321669-0.0178523975445-0.0638129767050.594667811618-0.009404906321190.665194955079-1.647109770919.73687533662-7.55890719078
43.507648843430.445110652122-0.8255475084042.03630118856-0.6868715380061.17326677047-0.009387186091520.3568485941850.119660300311-0.08325866349260.1061776478850.05764157903330.122127346962-0.1681003175970.000166680751090.4896825562590.0372643374505-0.05520367216270.420489583179-0.03233099586980.526810118176-4.6924741413712.6807423001-4.6106590378
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'D' and resid 11 through 100)DA11 - 1001 - 90
22(chain 'E' or chain 'F' and resid 1 through 27)E - FE - F1 - 27
33(chain 'B' or chain 'C' and resid 1 through 27)B - CG - H1 - 27
44(chain 'A' and resid 11 through 104)AJ11 - 1041 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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