PDB-9e40: RTA-RUNT-202 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9.0E+40

タイトル

RTA-RUNT-202 complex

要素

Ricin A chain

キーワード

TOXIN / HYDROLASE/INHIBITOR / N-linked Glycosidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Binding of small molecules at the P-stalk site of ricin A subunit trigger conformational changes that extend into the active site.
著者: McLaughlin, J.E. / Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Li, X.P. / Tsymbal, A.M. / Chen, Y. / Bhattacharya, S. / Algava, B. / Goger, M. / Roberge, J.Y. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e40.cif.gz	130.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e40.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9e40_validation.pdf.gz	752.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9e40_full_validation.pdf.gz	754.7 KB	表示
XML形式データ	9e40_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	9e40_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/9e40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/9e40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9e3tC 9e42C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (15)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (15)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin A chain

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.544, 81.654, 89.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 30340.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ricin catalytic subunit, N-linked glycosidase / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
非ポリマー , 6種, 353分子

#2: 化合物	ChemComp-A1BH3 / 5-(4-fluoro-2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 分子量: 250.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁FO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris pH 7.0, 40% PEG 300, and 5% PEG 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 25633 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 1.311 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 230090

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	6.4	0.263	1273	0.952	0.988	0.112	0.287	0.625	99.7
1.83-1.86	6.6	0.266	1262	0.949	0.987	0.113	0.29	0.678	99.7
1.86-1.9	6.1	0.25	1228	0.911	0.976	0.112	0.276	0.698	99.4
1.9-1.94	6.1	0.223	1260	0.966	0.991	0.098	0.245	0.775	99.5
1.94-1.98	8.1	0.216	1251	0.978	0.995	0.083	0.232	0.847	100
1.98-2.03	8.7	0.209	1282	0.986	0.996	0.077	0.223	0.916	100
2.03-2.08	8.8	0.186	1238	0.988	0.997	0.067	0.198	0.992	100
2.08-2.13	9.1	0.177	1274	0.989	0.997	0.063	0.188	1.053	99.9
2.13-2.2	9.2	0.161	1254	0.99	0.998	0.056	0.171	1.123	99.9
2.2-2.27	9	0.164	1277	0.994	0.998	0.058	0.175	1.155	99.7
2.27-2.35	8.9	0.16	1249	0.992	0.998	0.057	0.171	1.186	99.8
2.35-2.44	9.2	0.153	1306	0.994	0.998	0.054	0.162	1.253	100
2.44-2.55	9.3	0.146	1264	0.989	0.997	0.051	0.155	1.338	99.8
2.55-2.69	8.6	0.134	1278	0.978	0.994	0.049	0.144	1.413	100
2.69-2.86	9.3	0.125	1277	0.994	0.999	0.043	0.133	1.518	99.6
2.86-3.08	11.5	0.117	1298	0.997	0.999	0.036	0.122	1.639	100
3.08-3.39	11.9	0.096	1297	0.998	1	0.029	0.1	1.756	100
3.39-3.88	10.7	0.084	1309	0.998	1	0.026	0.089	1.772	100
3.88-4.88	10.8	0.065	1331	0.998	0.999	0.021	0.069	1.868	99.8
4.88-50	10.7	0.06	1425	0.998	1	0.019	0.063	1.907	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→39.31 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1801	1322	5.17 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1592	25582	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2101	0	52	340	2493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	2978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.347	798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.87	0.2287	141	0.1769	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.96	0.2222	145	0.1684	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.06	0.1992	133	0.157	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.19	0.1917	160	0.1527	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.36	0.1922	142	0.1538	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.6	0.1889	149	0.1647	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.97	0.1817	138	0.1625	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.74	0.1626	151	0.1545	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-39.31	0.1512	163	0.1516	2866	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9203	1.3038	-1.3784	1.2731	-0.8228	1.0089	-0.0096	-0.0389	-0.0301	-0.1283	-0.012	0.0271	0.0534	-0.0814	-0.0198	0.0461	0.0084	-0.0316	0.0914	0.0141	0.0742	0.8493	-8.5532	-18.8239
2	0.9155	-0.0709	-0.2593	1.3103	-0.2304	1.1161	0.0553	0.0364	0.0971	0.0631	-0.0649	0.1354	-0.0906	-0.251	0.064	0.0409	0.0149	0.0036	0.0691	0.0167	0.0789	4.8987	-7.027	-10.8167
3	2.1737	-0.6826	-0.7145	1.5902	-0.7843	1.4021	-0.0011	-0.0677	-0.1199	0.0078	-0.0144	0.0711	0.1348	-0.0693	0.0215	0.0411	-0.0285	-0.0027	0.048	0.0081	0.0535	13.5892	-18.1849	-8.9826
4	1.95	0.4674	0.3072	1.8429	0.2191	2.0676	0.01	0.1468	0.07	-0.0642	-0.0291	-0.1274	0.0436	0.1383	0.0084	0.0171	0.0122	0.0206	0.0572	-0.0015	0.0561	23.2965	-10.3387	-20.7475
5	0.8024	-0.3136	-0.3072	1.1633	0.2905	1.3878	-0.0276	0.0106	0.0735	0.0666	0.0385	-0.0268	-0.127	0.0257	-0.0303	0.0394	-0.0098	-0.0062	0.0415	-0.0001	0.0645	16.503	3.1982	-14.1585
6	2.1521	0.8229	-0.8412	2.1286	-0.6185	1.2686	0.0612	-0.1484	0.253	0.0785	-0.0661	0.064	-0.2907	0.1353	0.0001	0.1917	-0.0171	-0.0145	0.0724	-0.01	0.0977	14.5981	11.1014	-5.9162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 122 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 123 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 229 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 230 through 262 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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