PDB-9e42: RTA-RUNT-192 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9.0E+42

タイトル

RTA-RUNT-192 complex

要素

Ricin A chain

キーワード

TOXIN / HYDROLASE/INHIBITOR / N-linked glycosidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Binding of small molecules at the P-stalk site of ricin A subunit trigger conformational changes that extend into the active site.
著者: McLaughlin, J.E. / Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Li, X.P. / Tsymbal, A.M. / Chen, Y. / Bhattacharya, S. / Algava, B. / Goger, M. / Roberge, J.Y. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e42.cif.gz	267.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e42.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/9e42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/9e42	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9e3tC 9e40C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Ricin A chain

B: Ricin A chain

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ricin A chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ricin A chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.917, 56.944, 124.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 2 through 257)
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 40 or resid 42 through 257))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	2 - 257	6 - 261
d_2	1	PHE	PHE	HIS	HIS	B	B	2 - 40	6 - 44
d_2	2	ILE	ILE	TYR	TYR	B	B	42 - 257	46 - 261

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999963391817, 0.00838162211027, 0.0017214633308), (0.00838907187246, -0.999955275682, -0.00436693347578), (0.00168478435335, 0.00438121508989, -0.999988983167) ...

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 30340.205 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 40-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-linked glycosidase / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-A1BH2 / 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 分子量: 260.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 170 mM diammonium hydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 333976 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.14 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 17035 / CC_1/2: 0.61
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
RAPD		データ削減
RAPD		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.05 Å / SU ML: 0.2448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.9081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2461	2455	4.86 %
R_work	0.2187	48095	-
obs	0.2201	50550	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4052	0	40	319	4411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7093	5676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0482	630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	744
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4472	1523

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.852113430051 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.3655	128	0.3038	2625	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.83-1.87	0.3246	124	0.2689	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.87-1.91	0.3039	143	0.255	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.91-1.96	0.3165	142	0.2594	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.96-2.01	0.274	133	0.2666	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.01-2.06	0.3264	144	0.2485	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.06-2.12	0.3146	130	0.2249	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.12-2.19	0.2333	125	0.2209	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.19-2.27	0.2704	149	0.2189	2613	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.27-2.36	0.2371	134	0.2139	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.36-2.47	0.2539	134	0.214	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.47-2.6	0.2321	131	0.2142	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.76	0.2554	135	0.2251	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.76-2.97	0.2818	147	0.226	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.97-3.27	0.2278	151	0.2141	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.27-3.74	0.2062	160	0.1975	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.74-4.72	0.1957	112	0.1944	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.72-42.05	0.2449	133	0.225	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.55156624079	-0.534534362691	-0.156455904493	3.0880466662	-0.496013610478	2.30571878115	-0.100057001308	0.559469104361	-0.0759400139819	-0.234198195447	-0.0101603302652	0.223571491887	-0.0705445266425	-0.352563468735	0.0592039614589	0.202086231366	-0.0522176552286	-0.0140473942368	0.328215437808	-0.0363038964733	0.340391711051	6.54295933365	-5.50718067802	44.3667435108
2	3.82851642804	0.156193128928	0.833492084782	3.37038200335	0.444807980738	2.82284586646	0.0207200712218	0.213021953093	0.41955719589	-0.287422460766	0.056104381419	0.274057899116	-0.0703439600835	-0.141656951278	-0.115559434914	0.181472594155	0.0153982226204	0.0289839229491	0.220808228034	0.0119111559345	0.273766763762	9.30024274829	7.08957619762	51.5298464384
3	4.67964281367	0.854771299133	-2.3653229016	5.20875962089	-0.140345268043	4.78592690911	0.0699953560295	-0.196567475115	0.189085910746	0.297744568205	0.00880292348303	-0.228415206023	-0.0410511996611	0.142680105565	-0.0652627908819	0.124894762754	0.00955855231193	-0.0513373203704	0.197284259206	0.000577601453471	0.180523200172	23.1273003481	-1.07361151009	57.0675298391
4	1.93512633292	-0.428015181693	0.149222733732	2.0246487933	0.81803844597	3.74937380293	-0.00722322022716	0.455219288533	-0.0639527408732	-0.424899726942	0.0433036516249	-0.00416637306207	0.104960848045	0.0744942010626	-0.0240538047955	0.243834305381	-0.0435610759134	0.0166611088515	0.294431867553	-0.0238319653929	0.208457955813	22.7344153278	-5.64486150583	38.0863099435
5	4.06489808009	1.02981070257	-0.915682732832	1.47443662602	-1.17729974525	1.93119451267	-0.162067875067	0.220783996437	-0.220938344536	-0.70786545824	0.101377963626	0.571479713479	0.0290095176065	-0.442118978396	0.0847049751573	0.198612547165	0.00175131891382	-0.0397074839656	0.219314566022	-0.0406668466933	0.307651001682	7.41712851943	-26.1144041339	9.41824737342
6	2.58390543058	0.429258100981	1.1295445682	2.60767679153	1.20244684831	3.34796616353	0.179555486282	-0.877270898713	-0.256368297797	0.452210108787	-0.237995704588	0.413494129565	0.382905662095	-0.283590224979	0.0895806389157	0.334149063953	0.0438323477482	0.0849570214454	0.465585444841	0.0119874850703	0.30382718172	10.9947131987	-27.5398711587	24.1789269001
7	2.95944045727	1.17727834951	-1.84657161322	5.40241117407	-1.97919937797	4.89047384338	0.0537733786935	0.0836388010447	0.0215125966666	-0.0566503556903	0.0904401622018	0.14254776228	-0.0574852419246	-0.218998374635	-0.116660519511	0.115576575292	-0.0107247914467	-0.00190715722851	0.13932847174	-0.0284100771677	0.116151236554	13.6583927768	-29.5923319924	9.11061444754
8	3.6359837732	-0.368999067561	-0.526091194791	3.21825405843	0.157935445287	3.47529107785	0.0460812698107	-0.0644195388754	-0.612140975544	0.276242397313	0.15694726302	0.469505452194	0.0196164540186	-0.267539537145	-0.194492932643	0.175093461818	-0.0282034599286	0.0115165646492	0.163498572321	0.0105547093535	0.303459286845	14.6188809938	-42.1400121709	8.54399211674
9	6.60985040244	-0.893344153213	-0.496070360731	5.55081183482	2.23787867609	6.49274485584	0.0526622505729	0.383890536151	-0.273893659571	0.415988307623	0.0690438310347	-0.398398013701	0.254964562805	0.190215979102	-0.0651533646515	0.161628018686	0.0162243856411	-0.0247373011856	0.182219212276	-0.0110357543576	0.238247137044	32.5843502294	-30.2279292798	11.2320206802
10	2.14582151155	-0.031583091746	0.192536893926	2.62202509148	0.833773769225	4.15212933943	-0.0376659776732	-0.066710354301	0.13074681056	0.0102177197946	-0.021349009071	-0.0568737237863	-0.221494760722	-0.111940547053	0.0364830941787	0.133931108467	-0.00549966897264	0.0171851001342	0.13154416805	0.0076072383487	0.153944694053	23.941869688	-23.146501352	9.65744764458
11	1.94422896757	0.312801934756	-0.764184010288	2.47051446676	-0.342042613961	6.76895138464	-0.025580723371	-0.648716084066	-0.205307469371	0.366129816694	0.0495777735685	0.0228168936474	0.724673307293	0.0366045253654	-0.00501115056794	0.349025487372	0.0418323880403	-0.0356416373072	0.385955377564	0.0244831851012	0.189365104888	26.4787930245	-29.5957318574	32.5924632351
12	3.22307494711	0.034850171318	-0.37549787116	2.3621949853	0.0618870120523	5.638265661	-0.108057838594	-0.747985446624	-0.213987494185	0.447250958685	0.0968729813779	-0.353121163273	0.290228031684	0.190487703309	-0.0473538122332	0.376333962583	0.0163161972172	-0.0526743968447	0.315238029576	-0.0294936883824	0.236867392805	28.1344444859	-24.4660715471	31.9499891538

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 45 )	A	A	1 - 45	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 122 )	A	A	46 - 122	43 - 119
3	3	chain 'A' and (resid 123 through 160 )	A	A	123 - 160	120 - 157
4	4	chain 'A' and (resid 161 through 257 )	A	A	161 - 257	158 - 254
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 17 )	B	B	2 - 17	1 - 16
6	6	chain 'B' and (resid 18 through 56 )	B	B	18 - 56	17 - 53
7	7	chain 'B' and (resid 57 through 86 )	B	B	57 - 86	54 - 83
8	8	chain 'B' and (resid 87 through 122 )	B	B	87 - 122	84 - 119
9	9	chain 'B' and (resid 123 through 140 )	B	B	123 - 140	120 - 137
10	10	chain 'B' and (resid 141 through 201 )	B	B	141 - 201	138 - 198
11	11	chain 'B' and (resid 202 through 229 )	B	B	202 - 229	199 - 226
12	12	chain 'B' and (resid 230 through 258 )	B	B	230 - 258	227 - 255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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