PDB-9e3t: RTA-RUNT-165 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9e3t

タイトル

RTA-RUNT-165 complex

要素

Ricin A chain

キーワード

TOXIN / HYDROLASE/INHIBITOR / N-linked glycosidase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Binding of small molecules at the P-stalk site of ricin A subunit trigger conformational changes that extend into the active site.
著者: McLaughlin, J.E. / Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Li, X.P. / Tsymbal, A.M. / Chen, Y. / Bhattacharya, S. / Algava, B. / Goger, M. / Roberge, J.Y. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e3t.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e3t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9e3t_validation.pdf.gz	977.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9e3t_full_validation.pdf.gz	982 KB	表示
XML形式データ	9e3t_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	9e3t_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/9e3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/9e3t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9e40C 9e42C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Ricin A chain

B: Ricin A chain

ヘテロ分子

61.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ricin A chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ricin A chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.858, 57.467, 124.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 30340.205 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 40-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ricin toxin catalytic subunit, N-linked glycosidase / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-A1BH4 / (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 分子量: 246.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 85134 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.29 Å² / CC_1/2: 0.9 / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 1.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 4320 / CC_1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.24 Å / SU ML: 0.2154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4623
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	2393	5.01 %
R_work	0.1923	45330	-
obs	0.1943	47723	93.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4103	0	35	541	4679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	4236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5905	5766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433	639
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3884	1549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3003	105	0.2537	2160	X-RAY DIFFRACTION	76.34
1.84-1.88	0.3171	132	0.2456	2656	X-RAY DIFFRACTION	94.13
1.88-1.92	0.3071	138	0.2332	2486	X-RAY DIFFRACTION	88.14
1.92-1.97	0.2858	143	0.2211	2513	X-RAY DIFFRACTION	89.25
1.97-2.03	0.2552	142	0.2018	2781	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.03-2.09	0.2532	131	0.2017	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.09-2.15	0.2296	159	0.193	2794	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.15-2.23	0.2361	120	0.1903	2764	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.23-2.32	0.262	144	0.1884	2781	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.32-2.42	0.2437	137	0.1977	2767	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.42-2.55	0.26	146	0.2033	2715	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.55-2.71	0.2237	159	0.1951	2537	X-RAY DIFFRACTION	91.02
2.71-2.92	0.2335	140	0.1952	2565	X-RAY DIFFRACTION	90.5
2.92-3.22	0.2151	149	0.1842	2794	X-RAY DIFFRACTION	97.68
3.22-3.68	0.1981	142	0.1785	2772	X-RAY DIFFRACTION	97.36
3.68-4.64	0.1846	145	0.1583	2733	X-RAY DIFFRACTION	94.98
4.64-42.24	0.2366	161	0.1944	2750	X-RAY DIFFRACTION	93.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68545941852	-0.0292776902109	0.201598228589	1.82537737725	0.0819873851054	1.26767305921	0.0224919575698	0.0892816302201	-0.0796894529961	0.120346610681	-0.0581478156532	0.089177572149	0.178521897694	-0.0554997018072	0.0342230264168	0.140540688812	-0.0480612310676	-0.00217729843037	0.120174849138	-0.0236753761014	0.153478182944	6.10128100066	-8.13607325764	47.8934393265
2	1.56294469317	-0.385253558933	-0.363438699605	0.958799477589	0.0514820848405	2.10444487476	0.0543593054319	0.197740729397	0.027522233873	-0.128003198541	0.0393210429434	0.0587580419103	-0.0875142282406	-0.388615581912	-0.128613738348	0.127013356998	-0.0120169046247	-0.0220773092744	0.126792216478	-0.000457574710839	0.137146978954	6.66892615964	0.603002669937	43.2417731059
3	1.07993925957	0.448217345613	1.47980602377	1.94902269402	0.663263854493	2.27413982687	-0.0147347934825	0.0100855274933	0.196145568163	-0.0634197608802	0.0469802671028	0.187365434675	-0.211064247628	-0.158750362975	-0.0381832997122	0.0953669508887	0.0212763602003	0.0218744354475	0.0847824121886	-0.0031886448351	0.117494249985	10.3196560567	10.4462499333	53.0206059117
4	2.01794091427	0.00841026045042	-0.707588319327	2.45904023127	0.342841240814	1.64090275254	0.0367563703238	-0.140300256915	0.00866295408627	0.303771508287	0.0157928250272	-0.142655351505	0.00088639806709	0.100111998767	-0.0688009543147	0.0944399593166	-0.00234094523461	-0.0230808312109	0.130800638551	0.0109292534831	0.0996533187588	22.5306287678	-1.12333777158	57.0287203281
5	0.967740550911	-0.0376871051947	-0.120155982726	1.31881526649	0.272349996923	1.83419092404	0.00961592951583	-0.0217328696057	-0.071978362246	0.0229488351042	-0.0113446357854	-0.00966017415551	0.347770705044	0.0110862365992	0.000772691821073	0.120160152522	-0.0124219259937	-0.00734490673628	0.102539975928	0.0049316582328	0.0985480203795	20.8947597029	-8.88572846188	48.1128419439
6	1.49822767333	-0.716541438457	0.888727173975	1.17514354852	0.066948950417	2.3067885863	0.0486640840073	0.0697526395661	0.0825965813405	-0.242299989802	-0.0381429115517	-0.0835443414684	-0.251001843622	0.240222696599	-0.0104294129452	0.155092295998	-0.0213355028	0.0147810118624	0.129930228294	-0.00115533961944	0.0998763570246	25.060606566	-2.98786117267	29.5208271149
7	2.11403420504	-0.0441463794552	-0.00615737855591	2.57365739628	-0.395627180222	2.32550988677	0.013356375764	0.242366270488	-0.0142438249266	-0.606925528282	0.138299889072	0.217755680242	-0.134253674336	-0.224485004857	-0.182520315511	0.239064698135	-0.0102593783608	-0.00469485525093	0.165327736165	-0.000227874465126	0.0815501147604	13.3406537224	-0.0150295851423	30.2528899805
8	1.09864005619	0.230558706254	-0.0988388803996	1.13914495486	-0.410344975023	1.62565429146	0.0155359543304	-0.0208654827841	0.0130547040556	0.0610589936079	-0.0329996098611	0.120331006292	-0.273594012387	-0.136482168548	0.000685194431007	0.0925519877204	0.0303118181731	0.00662241991865	0.0707665295638	-0.00740700314203	0.109824875358	10.4857433133	-21.79758323	14.4764221002
9	1.45811029228	0.214653455884	0.131448496092	1.2621128005	0.0420423671753	1.81287589925	0.026523743621	-0.220468696474	0.0216525553832	0.0838714603057	-0.0275427063483	0.0561680741907	0.100903668721	-0.223984646671	-0.0206730619449	0.0939495598101	0.0197251000749	0.0166170084615	0.111656934724	-0.00566929317817	0.108920259599	11.1538806147	-30.8620036127	19.1612410647
10	1.04704720992	-0.260958125687	-1.27728135408	1.86010919748	0.888815972224	2.01934301609	0.00371772074639	-0.0641408402628	-0.102651225057	0.130793434966	0.0487868673985	0.0167351915671	0.212754521482	-0.0323546228341	-0.0129848362625	0.0941266121835	0.00663729998549	-0.00858625640695	0.0867163894754	-0.00302998325481	0.0961662879311	14.9083649033	-40.8871673208	9.56051723614
11	1.67271812971	-0.162849147747	0.928090334877	2.66537363679	0.154995901052	2.01518759564	0.00167243619136	0.0717950538105	-0.0675993881413	-0.0631427344406	0.0703457947666	-0.217620276847	-0.00690961456965	0.0903154630508	-0.0514788222925	0.0771861391616	0.016089560261	0.0221406077208	0.108456848545	-4.66607840478E-5	0.0871683110911	26.9072880308	-29.2100991871	5.36888596187
12	0.344095630984	0.111858812627	-0.0633238925668	0.806756365039	0.294287174154	2.05662683562	0.0466622285778	-0.0714478947548	-0.0284808246446	0.106720079844	-0.0311640829503	-0.043593165505	-0.0294920115842	0.0449822721416	-0.0146225299679	0.114493485098	0.0119499943886	-0.0106912910734	0.112282661274	0.0107543612837	0.0863221332506	25.4398290385	-23.9100349828	18.4067120187
13	1.12785487198	0.542533385079	0.153715828281	1.02268070732	0.220177137823	1.047426514	0.0867255237309	-0.283535416197	-0.091982767823	0.28522945065	-0.0623141081469	-0.105559946544	0.230433557197	0.182557172847	-0.0190522306557	0.254340462428	-0.0103079175779	-0.0250213895371	0.196660336883	0.00869973640429	0.127380339723	26.3683869621	-26.5614857333	34.8847747992

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 32 )	A	A	3 - 32	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 33 through 75 )	A	A	33 - 75	31 - 73
3	3	chain 'A' and (resid 76 through 122 )	A	A	76 - 122	74 - 120
4	4	chain 'A' and (resid 123 through 160 )	A	A	123 - 160	121 - 158
5	5	chain 'A' and (resid 161 through 201 )	A	A	161 - 201	159 - 199
6	6	chain 'A' and (resid 202 through 248 )	A	A	202 - 248	200 - 246
7	7	chain 'A' and (resid 249 through 261 )	A	A	249 - 261	247 - 259
8	8	chain 'B' and (resid 4 through 32 )	B	B	4 - 32	1 - 29
9	9	chain 'B' and (resid 33 through 75 )	B	B	33 - 75	30 - 72
10	10	chain 'B' and (resid 76 through 122 )	B	B	76 - 122	73 - 119
11	11	chain 'B' and (resid 123 through 160 )	B	B	123 - 160	120 - 157
12	12	chain 'B' and (resid 161 through 220 )	B	B	161 - 220	158 - 217
13	13	chain 'B' and (resid 221 through 263 )	B	B	221 - 263	218 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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