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万見
- PDB-9e32: Holo Polaromonas naphthalenivorans phosphoenolpyruvate carboxykinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9.0E+32
タイトルHolo Polaromonas naphthalenivorans phosphoenolpyruvate carboxykinase
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
キーワードLYASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme / Multi-temperature / Ambient temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / oxaloacetate metabolic process / response to starvation / response to lipid / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / kinase activity ...phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / oxaloacetate metabolic process / response to starvation / response to lipid / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / kinase activity / manganese ion binding / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Polaromonas naphthalenivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者McLeod, M.J. / Holyoak, T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms for cold-adapted activity of phosphoenolpyruvate carboxykinase.
著者: McLeod, M.J. / Yazdani, S. / Barwell, S.A.E. / Holyoak, T.
履歴
登録2024年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5143
ポリマ－68,3531
非ポリマー1612
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.185, 73.396, 112.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] / PEP carboxykinase / PEPCK / GTP-dependent phosphoenolpyruvate carboxykinase / GTP-PEPCK


分子量: 68353.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Polaromonas naphthalenivorans (バクテリア)
遺伝子: pckG, Pnap_0102, Pck1 / プラスミド: pESUMOstar (KAN) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A1VIE9, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM TRIS-Cl pH 8.0, 0.4 M LiCl2, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 and 30-40% PEG 8000. 15 mg/mL PnPEPCK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→61.52 Å / Num. obs: 86593 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 1.53→1.59 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.593 / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 8427 / CC1/2: 0.823 / CC star: 0.95 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 1.661 / % possible all: 61.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→61.52 Å / SU ML: 0.2643 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 3831 4.73 %
Rwork0.1945 77200 -
obs0.1961 81031 93.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→61.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 0 8 513 5208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69666654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.14171759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.540.5018700.42251647X-RAY DIFFRACTION54.11
1.54-1.570.3572960.39911980X-RAY DIFFRACTION65.22
1.57-1.590.40391090.37872068X-RAY DIFFRACTION68.52
1.59-1.610.3641050.37542290X-RAY DIFFRACTION75.72
1.61-1.630.37011180.362500X-RAY DIFFRACTION82.66
1.63-1.660.39161530.35052600X-RAY DIFFRACTION86.22
1.66-1.690.36821370.33142749X-RAY DIFFRACTION92
1.69-1.720.31441300.31322974X-RAY DIFFRACTION97.03
1.72-1.750.33091500.29693023X-RAY DIFFRACTION99.47
1.75-1.780.31531540.28433032X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.820.31311660.26312994X-RAY DIFFRACTION99.97
1.82-1.860.2981760.25323027X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.28151520.23533041X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.950.28161520.23983030X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.27881680.24113018X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.25121760.2073035X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.120.23961370.18583078X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20.23111340.18083041X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.2271380.19313096X-RAY DIFFRACTION99.97
2.29-2.390.23581530.18843047X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.23381460.19053079X-RAY DIFFRACTION99.97
2.52-2.680.24411520.18963063X-RAY DIFFRACTION99.97
2.68-2.880.25211470.18623097X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.22151370.17973119X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.630.17711350.16033128X-RAY DIFFRACTION99.94
3.63-4.580.14871740.13893160X-RAY DIFFRACTION100
4.58-61.520.1871660.15613284X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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