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万見
- PDB-9e1k: Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Deg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e1k
タイトルDiscovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 11
要素Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードTRANSCRIPTION / Protein degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / intermediate filament cytoskeleton / SWI/SNF complex ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / intermediate filament cytoskeleton / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / spermatid development / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of cell growth / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Strickland, C. / Rice, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Potent, Highly Selective, and Efficacious SMARCA2 Degraders.
著者: Li, Z. / Harikrishnan, L.S. / Xu, G. / Samanta, D. / Clemente, J.C. / Leng, L. / Tu, W. / Yang, L. / Huang, L. / Wang, M. / Wang, S. / Deng, Q. / Behshad, E. / Nagilla, R. / Orth, P. / Rice, ...著者: Li, Z. / Harikrishnan, L.S. / Xu, G. / Samanta, D. / Clemente, J.C. / Leng, L. / Tu, W. / Yang, L. / Huang, L. / Wang, M. / Wang, S. / Deng, Q. / Behshad, E. / Nagilla, R. / Orth, P. / Rice, C. / Strickland, C. / Mohammad, H.P. / Priestley, E.S. / Sui, Z.
履歴
登録2024年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
B: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
C: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6119
ポリマ－43,1423
非ポリマー1,4696
水54030
1
A: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8703
ポリマ－14,3811
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8703
ポリマ－14,3811
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8703
ポリマ－14,3811
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.230, 62.230, 89.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-A1BF5 / (12S)-4-bromo-7,7-dimethyl-9-(piperidin-4-yl)indolo[1,2-a]quinazolin-5(7H)-one


分子量: 424.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22BrN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.03 M Zinc Acetate 22% v/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→46.29 Å / Num. obs: 17249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 1.931 / Num. measured all: 17254 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.436 / Rrim(I) all: 1.98 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→34.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 9.352 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30659 972 5.3 %RANDOM
Rwork0.25052 ---
obs0.25335 17249 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→34.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2717 0 84 30 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.8643853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5421.796445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9045330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.845523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.52410551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1094.0941329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1084.0941329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6647.3551656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6627.3561657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2934.5071525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2924.5091526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.358.2122198
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.00245.423431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.00145.433432
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 100 -
Rwork0.219 1273 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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