PDB-9dyt: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dyt

タイトル

Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

要素

R699

キーワード

VIRAL PROTEIN / R699

機能・相同性

procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / : / : / Uncharacterized protein R699

機能・相同性情報

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Richards, S.J. / Buhlheller, C. / Kim, J.S. / Chen, T. / Wu, J. / Guo, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699
著者: Richards, S.J. / Buhlheller, C. / Kim, J.S. / Chen, T. / Wu, J. / Guo, H.

履歴

登録	2024年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dyt.cif.gz	211 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dyt.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dzsC 9e92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: R699

B: R699

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: R699

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: R699

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.821, 121.696, 72.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.589, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 9 - 455 / Label seq-ID: 12 - 458

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	R699 分子量: 53317.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNV6
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein/cofactor mix: 30mg/ml R699, 2mM MnCl2. mother liquor: 0.2 M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350 The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→61.383 Å / Num. obs: 97211 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4789 / CC_1/2: 0.864 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	3.8.0	データ収集
xia2	3.8.0	データ削減
Aimless	0.7.8	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→61.383 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.473 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2199	4915	5.059 %
R_work	0.1895	92246	-
all	0.191	-	-
obs	-	97161	98.669 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.213 Å²	-0 Å²	-0.825 Å²
2-	-	3.899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.016 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7220	0	2	506	7728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.826	10091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.752	5	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.096	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.821	10	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.976	10	380
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	5073
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.213	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.724	3.114	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.834	5.577	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.695	3.451	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.565	6.17	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.925	37.233	11434
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	14638

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09432	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09432	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.322	379	0.303	6831	0.304	7259	0.914	0.92	99.325	0.288
1.847-1.897	0.32	351	0.276	6688	0.279	7091	0.927	0.941	99.2667	0.259
1.897-1.952	0.3	350	0.262	6458	0.264	6864	0.942	0.948	99.1842	0.242
1.952-2.012	0.277	339	0.252	6268	0.253	6675	0.937	0.955	98.9813	0.232
2.012-2.078	0.294	365	0.235	6095	0.238	6515	0.946	0.963	99.1558	0.218
2.078-2.151	0.25	306	0.216	5764	0.218	6244	0.957	0.968	97.2133	0.197
2.151-2.232	0.252	256	0.217	5528	0.218	6036	0.959	0.97	95.8251	0.2
2.232-2.323	0.244	241	0.204	5563	0.206	5846	0.964	0.974	99.2816	0.188
2.323-2.426	0.252	281	0.196	5278	0.198	5589	0.961	0.977	99.4632	0.182
2.426-2.545	0.234	271	0.205	5034	0.206	5321	0.965	0.976	99.6993	0.194
2.545-2.682	0.258	237	0.195	4852	0.198	5111	0.961	0.978	99.5695	0.188
2.682-2.844	0.257	229	0.199	4528	0.201	4798	0.959	0.976	99.1455	0.197
2.844-3.04	0.214	186	0.191	4294	0.192	4564	0.971	0.978	98.1595	0.196
3.04-3.283	0.186	193	0.186	3800	0.186	4176	0.979	0.98	95.6178	0.195
3.283-3.595	0.209	222	0.179	3648	0.181	3890	0.972	0.983	99.4859	0.192
3.595-4.018	0.2	222	0.165	3278	0.168	3528	0.981	0.985	99.2063	0.184
4.018-4.636	0.17	151	0.142	2944	0.143	3110	0.985	0.989	99.5177	0.168
4.636-5.67	0.156	118	0.139	2486	0.14	2630	0.988	0.99	99.0114	0.165
5.67-7.985	0.224	161	0.184	1799	0.187	2053	0.979	0.985	95.47	0.213
7.985-61.383	0.154	57	0.179	1110	0.177	1171	0.99	0.982	99.6584	0.219

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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