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万見
- PDB-9dyg: iSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dyg
タイトルiSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 13
  • 23S rRNA
キーワードRIBOSOME / 50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / cytosolic ribosome assembly / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / cytosolic ribosome assembly / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site ...Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L23 / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.27 Å
データ登録者Sheng, K. / Dong, X. / Lee, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain consolidation in bacterial 50S assembly revealed by anti-sense oligonucleotide probing
著者: Sheng, K. / Dong, X. / Aiyer, S. / Lee, J. / Djordjevic-Marquardt, S. / Lyumkis, D. / Williamson, J.R.
履歴
登録2024年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CA: 23S rRNA
2: Large ribosomal subunit protein bL34
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
J: Large ribosomal subunit protein uL13
K: Large ribosomal subunit protein uL14
N: Large ribosomal subunit protein bL17
P: Large ribosomal subunit protein bL19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: Large ribosomal subunit protein bL21
S: Large ribosomal subunit protein uL22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: Large ribosomal subunit protein uL24
Y: Large ribosomal subunit protein uL29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)734,52414
ポリマ－734,52414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 565405.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

-
Large ribosomal subunit protein ... , 13種, 13分子 2DEJKNPQRSTUY

#2: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 4290.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 21763.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA12
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 12080.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 12941.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3T7Q7
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SSG2
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A7U9LWC1
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3SQY2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
緩衝液pH: 7.5
詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150.0 mMTris HydrochlorideC4H11NO31
2100.0 mMAmmonium ChlorideNH4Cl1
310.0 mMMagnesium ChlorideMgCl21
40.5 mMEthylenediaminetetraacetic AcidC10H16N2O81
56.0 mMBeta-mercaptoethanolC2H6OS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Au-flat 1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 3 microliter of the sample was added.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 25.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction were performed by Patch CTF Estimation of cryoSPARC
タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 5.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 120.42 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Comprehensive validation (cryo-EM)
詳細: The atomic model was fitted into a low resolution (5 Angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. ...詳細: The atomic model was fitted into a low resolution (5 Angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. Initial docking of the atomic model was done in ChimeraX. Coot and Phenix were used for real-space refinements. Geometry minimization in Phenix was used to improve the RNA atomic model.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
14YBB

4ybb

CA4YBBCA1
28RPY

8rpy

D8RPYD2
38RPY

8rpy

E8RPYE2
48RPY

8rpy

J8RPYJ2
58RPY

8rpy

K8RPYK2
68RPY

8rpy

N8RPYN2
78RPY

8rpy

P8RPYP2
88RPY

8rpy

Q8RPYQ2
98RPY

8rpy

R8RPYR2
108RPY

8rpy

S8RPYS2
118RPY

8rpy

T8RPYT2
128RPY

8rpy

U8RPYU2
138RPY

8rpy

Y8RPYY2
148RPY

8rpy

28RPY22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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