PDB-9dy7: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethioni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dy7

タイトル

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+

要素

Tryptophanase
Tryptophanase (with internal aldimine)

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold / cation activation / inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexes with l-ethionine and l-alanine.
著者: Phillips, R.S. / Brown, S.M.

履歴

登録	2024年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dy7.cif.gz	951.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dy7.ent.gz	651.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dy7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dy7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9dy7_validation.xml.gz	93 KB	表示
CIF形式データ	9dy7_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/9dy7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v2kC 8v4aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophanase (with internal aldimine)

B: Tryptophanase

C: Tryptophanase (with internal aldimine)

D: Tryptophanase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.330, 113.676, 149.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Tryptophanase (with internal aldimine) / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52655.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, tryptophanase
#2: タンパク質	Tryptophanase / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52427.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, tryptophanase

-
非ポリマー , 7種, 1224分子

#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ESC / 2-AMINO-4-ETHYL SULFANYL BUTYRIC ACID タイプ: L-peptide linking / 分子量: 163.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂S
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-YAR / (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid 分子量: 392.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₂O₇PS
#8: 化合物	ChemComp-YAE / (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine 分子量: 392.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₂O₇PS
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→52.16 Å / Num. obs: 157262 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.69
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 11101 / CC_1/2: 0.0804 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→52.16 Å / SU ML: 0.2236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	1999	1.27 %
R_work	0.1557	155263	-
obs	0.1561	157262	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→52.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14782	0	98	1212	16092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	15425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7859	20862
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0511	2233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0375	5828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.91	0.3258	138	0.2918	10963	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.91-1.96	0.3013	141	0.2695	11001	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.96-2.02	0.2804	145	0.2464	10968	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.02-2.09	0.2491	138	0.2139	10964	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.09-2.16	0.2458	136	0.1934	11031	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.16-2.25	0.1853	151	0.1745	10990	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.25-2.35	0.2151	141	0.1703	11052	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.35-2.48	0.2497	137	0.1707	11087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.2386	148	0.1658	11040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.1779	140	0.1573	11113	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.83-3.12	0.1854	142	0.1569	11087	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.12-3.57	0.1714	144	0.1354	11163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.5	0.1449	145	0.1208	11241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-52.16	0.1484	153	0.1349	11563	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2710252459	-0.335703631492	-0.490909177392	1.56881634005	-0.487982507148	2.09683751282	0.0494749250752	-0.152356546566	0.634362514108	0.138910263337	-0.00106406872855	-0.229773584124	-0.395538292444	0.180839076831	-0.0144307275096	0.259878977264	-0.0145095282814	-0.0391319874271	0.156279372039	-0.0174364842866	0.342480301389	-38.0219519107	8.87352174582	-17.9655913748
2	4.56044953413	-0.687645174861	0.351634443935	1.79831857303	-0.197101257686	1.83583236983	-0.137074608818	-0.411640074223	0.306977572159	0.309382745953	0.0946223515994	-0.436330781338	-0.176038731111	0.281969039973	0.0304003247925	0.419892425272	0.0166398300789	-0.11030841204	0.271658585277	-0.00202696259038	0.297473974802	-25.9084025371	-12.3233767655	-3.1900203664
3	2.3744326554	-0.838567110494	0.693618851029	2.12449041428	-0.452456913928	1.95088202459	-0.0208242678942	-0.0573745076703	0.026243011604	0.253902964341	-0.00756362051416	-0.334094109803	-0.00183099322603	0.241813545939	0.0103755057523	0.25061755898	0.00979109460296	-0.0891930624546	0.196918083929	0.0152388295797	0.254391589515	-22.202436066	-14.2621857589	-12.1961457424
4	2.98410028892	-0.114601676631	-1.0789467158	2.45496769278	-0.167163376199	2.05848515204	0.1008491295	-0.311540899352	0.555898031099	0.159447770405	-0.0645498142028	-0.605061213673	-0.241786358897	0.556625071549	-0.0169937533314	0.194805538168	-0.0538506640153	-0.101622602289	0.317619441205	0.00687774887486	0.39352077544	-24.4940193685	6.39066172289	-18.7176074086
5	3.6360265106	2.14907322672	0.0536006128592	5.97407941773	1.21043712447	4.62056803956	0.44412510057	-0.905284360029	1.31389808333	0.825030885654	-0.287584966444	-0.636170070234	-1.20810736189	0.830037251273	0.024886076179	0.652605704122	-0.191094312089	-0.132168347162	0.781585860659	-0.25999916316	1.20663769673	-18.1617925418	21.4645318986	-9.53990044047
6	1.9365647511	0.784182703182	-1.03127056184	1.78310365169	-1.04961483078	1.26733902881	-0.200867216956	-0.279203996997	-0.209238466819	0.211565546163	0.152888234286	0.0911424061212	0.0490725537678	-0.0602082873119	0.0229708805591	0.311497573872	0.0682312616492	0.0447028717816	0.29534037992	0.0555270820487	0.206043358181	-56.4464395301	-8.58567936919	-0.944193393448
7	2.04248404951	-0.915104461939	0.304637904416	2.4462268258	-1.09211261021	2.46147250048	-0.432799868661	-0.892864857184	0.271467530284	0.704638580555	0.477692867542	-0.324248510836	0.399372393413	0.767930924142	0.267090631051	0.74408366698	0.355084198891	-0.215913872344	0.775201453127	-0.180896008954	0.401707914519	-37.479162554	8.87903357672	11.0921744221
8	1.83226153538	0.501626085937	-0.367735703269	1.89077270833	0.344792810222	3.35391426659	-0.570955542475	-1.02827595813	0.273912924714	1.03962057347	0.594680504041	-0.0694851439319	0.682033665669	0.695053687881	0.00231553933765	0.95670813937	0.516054204502	-0.101073213616	0.824311404339	-0.178777448119	0.167714123645	-46.2495728322	7.50350457484	19.1968565063
9	3.3377957713	-0.430079674645	-0.990496986943	2.50085889335	0.0177357022173	1.04525823258	-0.218471831281	-1.06443371623	-0.240499039006	0.770786705084	0.128074750648	0.234932961118	-0.0351568350292	0.298860020424	-0.0866349100244	0.513691592451	0.156557703861	0.0596080321533	0.647891887796	0.141590218095	0.104190465521	-56.9611657429	-8.87639883125	13.0988277089
10	5.84663471188	-1.75638352216	0.239730603758	1.31499359013	1.19733601159	2.11500665426	-0.4756003461	-0.470790970943	-1.31529554787	1.19335181525	0.106213128078	-0.0382983324332	0.474415484935	1.08950189575	0.2423208527	0.824082163025	0.284548296498	0.186962269138	1.23930639573	0.554822784028	0.568350022539	-50.2519995331	-26.0587102811	15.8875551696
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13	1.54108249937	-1.12943373974	0.857000134967	1.82085496474	-0.645414441343	0.987489464623	-0.0680299414296	0.14095597267	0.232507599831	-0.122186003435	-0.00643728858167	0.015734623151	-0.0767001485532	-0.0501670058312	0.0377145653019	0.285341453815	-0.00454187887545	-0.0572715540041	0.203670996057	0.0674778864064	0.284194861632	-60.9554559628	21.3227328557	-39.5675105752
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17	5.06220957229	-0.971815893817	0.920194739494	2.49458254871	-0.938001646282	1.82981029541	0.00675578708145	0.319078109573	0.108845846876	-0.453993160536	0.326390931636	0.949151600283	0.144526685927	-0.498824831736	-0.195566320355	0.442219334234	-0.0518478076042	-0.222204965249	0.383860213072	0.162154145019	0.598374297721	-78.5045192722	-8.05885279348	-35.4844243794
18	2.10075856836	0.558152324885	0.076051242273	2.90551336386	0.525097821833	2.40736915031	-0.0489689466316	0.125987048661	0.206611083574	-0.327601398258	0.246088742727	1.25628727026	0.102878499691	-0.764956803963	0.0371585706363	0.277993970769	-0.0914104459231	-0.189518771506	0.510824306771	0.228889840028	0.856627570517	-86.1640221498	-12.0862292865	-27.1665176258
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20	3.46285932087	0.451678205106	0.609276689569	0.852042173568	0.303312401082	0.255692472062	-0.0863676713737	0.405148533072	0.843708790945	0.46404415948	0.0535823384611	0.645563698905	-0.829570201539	-0.603278783013	0.179684522719	0.665762558471	0.2938065063	0.275996360547	0.83136297093	0.225440418012	0.910437779942	-89.2549407393	13.5996475749	-8.05617615561

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 75 )	A	A	2 - 75	1 - 74
2	2	chain 'A' and (resid 76 through 155 )	A	A	76 - 155	75 - 154
3	3	chain 'A' and (resid 156 through 295 )	A	A	156 - 295	155 - 294
4	4	chain 'A' and (resid 296 through 437 )	A	A	296 - 437	295 - 436
5	5	chain 'A' and (resid 438 through 467 )	A	A	438 - 467	437 - 466
6	6	chain 'B' and (resid 2 through 75 )	B	B	2 - 75	1 - 74
7	7	chain 'B' and (resid 76 through 132 )	B	B	76 - 132	75 - 131
8	8	chain 'B' and (resid 133 through 295 )	B	B	133 - 295	132 - 294
9	9	chain 'B' and (resid 296 through 437 )	B	B	296 - 437	295 - 436
10	10	chain 'B' and (resid 438 through 467 )	B	B	438 - 467	437 - 466
11	11	chain 'C' and (resid 2 through 99 )	C	C	2 - 99	1 - 98
12	12	chain 'C' and (resid 100 through 155 )	C	C	100 - 155	99 - 154
13	13	chain 'C' and (resid 156 through 342 )	C	C	156 - 342	155 - 341
14	14	chain 'C' and (resid 343 through 466 )	C	C	343 - 466	342 - 465
15	15	chain 'C' and (resid 467 through 467 )	C	C	467	466
16	16	chain 'D' and (resid 2 through 75 )	D	D	2 - 75	1 - 74
17	17	chain 'D' and (resid 76 through 132 )	D	D	76 - 132	75 - 131
18	18	chain 'D' and (resid 133 through 295 )	D	D	133 - 295	132 - 294
19	19	chain 'D' and (resid 296 through 423 )	D	D	296 - 423	295 - 422
20	20	chain 'D' and (resid 424 through 467 )	D	D	424 - 467	423 - 466

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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