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Yorodumi- PDB-8v2k: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v2k | ||||||
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Title | Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine | ||||||
Components | Tryptophanase | ||||||
Keywords | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / fold I / tetramer | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Proteus vulgaris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.81 Å | ||||||
Authors | Phillips, R.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine Authors: Phillips, R.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8v2k.cif.gz | 891.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8v2k.ent.gz | 608.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8v2k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8v6pC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 52558.984 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus vulgaris (bacteria) / Gene: tnaA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P28796, tryptophanase |
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-Non-polymers , 5 types, 1088 molecules
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM pyrodoxal-5'-phosphate, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.979493 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979493 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→119.06 Å / Num. obs: 114075 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.875 Å / Num. unique obs: 5704 / CC1/2: 0.669 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.81→119.06 Å / SU ML: 0.2213 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.0506 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.81→119.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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