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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v2k | ||||||
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タイトル | Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine | ||||||
要素 | Tryptophanaseトリプトファナーゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / pyridoxal-5'-phosphate (ピリドキサールリン酸) / fold I / tetramer (四量体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Proteus vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Phillips, R.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine 著者: Phillips, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v2k.cif.gz | 891.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v2k.ent.gz | 608.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/8v2k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8v6pC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 52558.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, トリプトファナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1088分子
#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM pyrodoxal-5'-phosphate, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979493 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979493 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→119.06 Å / Num. obs: 114075 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.875 Å / Num. unique obs: 5704 / CC1/2: 0.669 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→119.06 Å / SU ML: 0.2213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0506 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→119.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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