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- PDB-9dwz: Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dwz
タイトルLight Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750
要素(Light-harvesting protein B-800/820 ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light Harvesting / acclimation / stress
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol / Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain / Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Harris, D. / Schlau-Cohen, G.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018097 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1419807 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Robust light-harvesting properties upon chromatic acclimation in purple bacteria
著者: Wang, D. / Harris, D. / Chuang, C. / Schmidt, G.P. / Feibig, O.C. / Schlau-Cohen, G.S.
履歴
登録2024年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
C: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
E: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
G: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
H: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
I: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
J: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
K: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
L: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
M: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
N: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
O: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
P: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
Q: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
R: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,26172
ポリマ－86,99618
非ポリマー36,26554
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Light-harvesting protein B-800/820 ... , 2種, 18分子 ACEGIKMOQBDFHJLNPR

#1: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain


分子量: 5113.006 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7750 / 参照: UniProt: P35090
#2: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain / Antenna pigment protein beta-2 chain


分子量: 4553.242 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / Variant: 7750 / 参照: UniProt: P35096

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糖 , 1種, 9分子

#6: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 3種, 45分子

#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-IRM / 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol / Rhodopin / (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,30-dodecaen-2-ol / ロドピン


分子量: 554.888 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H58O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting complex 3 (LH3)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7750
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: M13
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 43.37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49453 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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