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- EMDB-47275: Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47275
タイトルLight Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750
マップデータLight Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750
試料
  • 複合体: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting complex 3 (LH3)
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
キーワードLight Harvesting / acclimation / stress / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / : / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain / Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Harris D / Schlau-Cohen GS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018097 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1419807 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Robust light-harvesting properties upon chromatic acclimation in purple bacteria
著者: Wang D / Harris D / Chuang C / Schmidt GP / Feibig OC / Schlau-Cohen GS
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47275.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47275.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 380 pix.
= 248.52 Å		0.65 Å/pix.
x 380 pix.
= 248.52 Å		0.65 Å/pix.
x 380 pix.
= 248.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.06
最小 - 最大-0.20645632 - 21.2941
平均 (標準偏差)-0.040562715 (±0.57616717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 248.51999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47275_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47275_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting compl...

全体名称: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting complex 3 (LH3)
要素
  • 複合体: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting complex 3 (LH3)
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting compl...

超分子名称: Nonameric complex of the low-light induced Light Harvesting complex 3 (LH3)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7750
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 7750
分子量理論値: 5.113006 KDa
配列文字列:
(FME)NQGKIWTVV NPAVGLPLLL GSVAITALLV HLAVLTHTTW FPAFQQGG

UniProtKB: Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain

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分子 #2: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain

分子名称: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
分子量理論値: 4.553242 KDa
配列文字列:
AVLSPEQSEE LHKYVIDGAR AFLGIALVAH FLAFSLTPWL H

UniProtKB: Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain

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分子 #3: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 27 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #4: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE

分子名称: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: LDA
分子量理論値: 229.402 Da
Chemical component information

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / LDAO, 可溶化剤*YM

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分子 #5: 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol

分子名称: 1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: IRM
分子量理論値: 554.888 Da
Chemical component information

ChemComp-IRM:
1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol

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分子 #6: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 43.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49453
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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