PDB-9dwc: Crystal structure of FABLE, PEG 600 condition

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dwc

タイトル

Crystal structure of FABLE, PEG 600 condition

要素

De novo designed FABLE protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Protein design / four-helix bundle / apixaban

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Correy, G.J. / Fraser, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment screen against ABLE
著者: Correy, G.J. / Fraser, J.S.

履歴

登録	2024年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dwc.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dwc.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dwc_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dwc_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	9dwc_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	9dwc_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/9dwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/9dwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7hiyC 7hizC 7hj0C 7hj1C 7hj2C 7hj3C 7hj4C 7hj5C 7hj6C 7hj7C 7hj8C 7hj9C 7hjaC 7hjbC 7hjcC 7hjdC 7hjeC 7hjfC 7hjgC 7hjhC 7hjiC 7hjjC 7hjkC 7hjlC 7hjmC 7hjnC 7hjoC 7hjpC 7hjqC 7hjrC 7hjsC 7hjtC 7hjuC 7hjvC 7hjwC 7hjxC 7hjyC 7hjzC 7hk0C 7hk1C 7hk2C 7hk3C 7hk4C 9dw2C 9dwaC 9dwbC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo designed FABLE protein

B: De novo designed FABLE protein

C: De novo designed FABLE protein

D: De novo designed FABLE protein

55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: De novo designed FABLE protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
13.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: De novo designed FABLE protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: De novo designed FABLE protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: De novo designed FABLE protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.469, 42.760, 96.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	De novo designed FABLE protein 分子量: 13881.878 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 100 mM CHES pH 9.5 , 30% (v/v) PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11585 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11585 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→47.86 Å / Num. obs: 86345 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 283829
反射シェル	解像度: 1.46→1.48 Å / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.591 / Num. measured all: 13347 / Num. unique obs: 4175 / CC_1/2: 0.383 / R_pim(I) all: 1.034 / R_rim(I) all: 1.904 / Χ²: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS	Jun 30, 2023	データスケーリング
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→40.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	4241	4.92 %
R_work	0.2057	-	-
obs	0.2069	86203	97.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3904	0	0	171	4075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4219
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	5722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.906	1550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	754

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.48	0.4764	139	0.456	2580	X-RAY DIFFRACTION	93
1.48-1.49	0.438	149	0.4047	2665	X-RAY DIFFRACTION	97
1.49-1.51	0.395	150	0.3986	2678	X-RAY DIFFRACTION	96
1.51-1.53	0.4213	149	0.3828	2661	X-RAY DIFFRACTION	96
1.53-1.55	0.4407	144	0.3625	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
1.55-1.57	0.3242	139	0.3367	2698	X-RAY DIFFRACTION	96
1.57-1.6	0.3569	147	0.3252	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6-1.62	0.3597	132	0.3091	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
1.62-1.64	0.3455	153	0.2984	2690	X-RAY DIFFRACTION	96
1.64-1.67	0.3083	148	0.2731	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.67-1.7	0.3254	132	0.2759	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7-1.73	0.2855	152	0.2673	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
1.73-1.76	0.3175	132	0.2584	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
1.76-1.8	0.2383	128	0.2408	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8-1.84	0.2623	133	0.2169	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.88	0.2817	133	0.2075	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
1.88-1.93	0.2129	125	0.1953	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.98	0.2431	157	0.1852	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
1.98-2.04	0.2319	146	0.1711	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
2.04-2.11	0.2069	151	0.1664	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.18	0.1972	140	0.1725	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.18-2.27	0.1901	149	0.1593	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.37	0.1824	135	0.1536	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.5	0.1962	147	0.1465	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.65	0.1601	136	0.1613	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.86	0.2294	128	0.1732	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.86-3.15	0.2027	138	0.188	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.6	0.2089	133	0.1946	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6-4.53	0.1921	137	0.177	2762	X-RAY DIFFRACTION	97
4.54-40.65	0.2128	159	0.2295	2868	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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