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- PDB-9dvu: CryoEM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-Sig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dvu
タイトルCryoEM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 5
  • DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
  • Non-template DNA
  • RNA polymerase sigma factor SigA1
  • Template DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SigA / RNAP / TAC / RpaA / Response regulator / transcriptional regulator / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian regulation of translation / phosphorelay response regulator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / circadian rhythm / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...circadian regulation of translation / phosphorelay response regulator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / circadian rhythm / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA polymerase sigma factor SigA1 / DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fang, M. / Gu, Y. / Matyszewski, M. / Leanca, M. / LiWang, A. / Yuzenkova, Y. / Corbett, K.D. / Golden, S.E.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144121 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118290 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W017385/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reconstitution of Circadian Transcription in vitro through RpaA Regulation
著者: Fang, M. / Gu, Y. / Leanca, M. / Matyszewski, M. / LiWang, A. / Yuzenkova, Y. / Corbett, K.D. / Golden, S.E.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Non-template DNA
2: Template DNA
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
G: RNA polymerase sigma factor SigA1
R: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
S: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,78514
ポリマ－582,63011
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 12

#1: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 32396.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Template DNA


分子量: 32384.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEF

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 33814.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: rpoA, Synpcc7942_2209 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31L30, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 123428.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: rpoB, Synpcc7942_1522 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31N17, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / RNAP subunit gamma / RNA polymerase subunit gamma / Transcriptase subunit gamma


分子量: 71054.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: rpoC1, Synpcc7942_1523 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42079, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 8787.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: rpoZ, Synpcc7942_1710 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31MH9, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 144006.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: rpoC2, Synpcc7942_1524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31N15, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 3分子 GRS

#8: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA1


分子量: 45776.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
株: ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: sigA1, rpoD1, Synpcc7942_0649 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38023
#9: タンパク質 DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA / Regulator of phycobilisome-associated protein A / RpaA


分子量: 28582.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
株: ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: rpaA, Synpcc7942_0095 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31S42

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非ポリマー , 2種, 3分子

#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RpaA dimer bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET28b
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 5% glycerol
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 221552 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8SYI

8syi


Accession code: 8SYI / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 116.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005936054
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.752349311
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04795628
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01256069
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.634313989

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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