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- PDB-9dvg: Crystal Structure of a DARPin Fused to the 1TEL Crystallization C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dvg
タイトルCrystal Structure of a DARPin Fused to the 1TEL Crystallization Chaperone via a Direct Helical Fusion in a 2-Fold Crystal Form
要素Transcription factor ETV6,DARPin
キーワードPROTEIN BINDING / TELSAM / DARPin / ETV6 / Designed Ankyrin Repeat Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.542 Å
データ登録者Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Keliiliki, A. / Wilson, E.W. / Smith, C. / Hansen, D. / Averett, B. / Gonzalez, J. / Noakes, E. / Nickles, R. ...Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Keliiliki, A. / Wilson, E.W. / Smith, C. / Hansen, D. / Averett, B. / Gonzalez, J. / Noakes, E. / Nickles, R. / Doukov, T. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM146209 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Optimal TELSAM-Target Protein Linker Character is Target Protein-Dependent.
著者: Romo, M.J.P. / Keliiliki, A. / Averett, J.C. / Gonzalez, J.F. / Noakes, E. / Wilson, E.W. / Smith, C. / Averett, B. / Hansen, D. / Nickles, R. / Bradford, M. / Soleimani, S. / Smith, T. / ...著者: Romo, M.J.P. / Keliiliki, A. / Averett, J.C. / Gonzalez, J.F. / Noakes, E. / Wilson, E.W. / Smith, C. / Averett, B. / Hansen, D. / Nickles, R. / Bradford, M. / Soleimani, S. / Smith, T. / Nawarathnage, S. / Samarwickrama, P. / Kelsch, A. / Bunn, D. / Stewart, C. / Abiodun, W. / Tsubaki, E. / Brown, S. / Doukov, T.I. / Moody, J.D.
履歴
登録2024年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 2.02025年12月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_mutation ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_mutation / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Sequence discrepancy
詳細: The sequence was wrong at positions 90 and 91. The changes were R90K and D91K. We would like to request that mutations V112E in ETV6 be included in the structure description as well.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年12月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,DARPin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0931
ポリマ－27,0931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.461, 101.461, 48.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,DARPin / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel


分子量: 27093.258 Da / 分子数: 1 / 変異: V112E in ETV6 (Uniprot numbering) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: ETV6, TEL, TEL1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41212
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M Ammonium Phosphate Dibasic, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月6日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.542→43.93 Å / Num. obs: 3560 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 135.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1917 / Rpim(I) all: 0.04311 / Rrim(I) all: 0.1966 / Net I/σ(I): 8.12
反射 シェル解像度: 3.542→3.668 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 2.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 359 / CC1/2: 0.407 / CC star: 0.761 / Rpim(I) all: 0.6086 / Rrim(I) all: 2.562 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.542→43.93 Å / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 158 4.44 %
Rwork0.2644 3402 -
obs0.2679 3559 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 195.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.542→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 0 0 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00371767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65682410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.575619
LS精密化 シェル解像度: 3.542→43.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 158 -
Rwork0.2644 3559 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20565403690.0745552546230.5876267222732.151170594350.6317616852945.3888495557-0.362269849706-0.8712946568880.6855078154110.3430904051340.7496612074710.116316847427-1.60836557099-1.84426537727-0.354549881140.8598039328340.418752303120.08594067734830.9957161486550.02875867937730.737661020727-15.707313095715.49633970945.23071979375
22.66362206301-1.786443701822.004639004834.77148244318-3.524225027874.094005904250.3588534305660.7047151243791.25487290307-1.656669697240.5832716712481.81705052288-0.017151446527-0.847371189351-0.7870121297732.368619814630.3142584889040.03272964417071.431862816470.5481392440751.98544971414-27.474609146531.0517809949-18.8718426139
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 13 through 75 )13 - 751 - 63
22chain 'A' and (resid 76 through 240 )76 - 24064 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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