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- PDB-9dv9: The AMP-bound structure of AckA from Treponema vincentii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dv9
タイトルThe AMP-bound structure of AckA from Treponema vincentii
要素Acetate kinase
キーワードTRANSFERASE / Acetate kinase / oral pathogen / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Acetate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Deka, R.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI56305 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2025
タイトル: Biophysical and biochemical evidence for the role of acetate kinases (AckAs) in an acetogenic pathway in pathogenic spirochetes.
著者: Deka, R.K. / Tso, S.C. / Liu, W.Z. / Brautigam, C.A.
履歴
登録2024年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0515
ポリマ－52,4831
非ポリマー5674
水6,630368
1
A: Acetate kinase
ヘテロ分子

A: Acetate kinase
ヘテロ分子

A: Acetate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,15215
ポリマ－157,4493
非ポリマー1,70212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
Buried area8520 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area34160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.102, 105.232, 52.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Acetate kinase / Acetokinase


分子量: 52483.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: ackA, TREVI0001_0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8PR54, acetate kinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→23.1 Å / Num. obs: 120425 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12.59 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 5985 / CC1/2: 0.885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→23.06 Å / SU ML: 0.1027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.6572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1622 6136 5.1 %
Rwork0.1404 114230 -
obs0.1415 120366 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→23.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 0 36 368 3899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97015186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.44851433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.23871860.20863574X-RAY DIFFRACTION93.86
1.31-1.330.23032040.19553772X-RAY DIFFRACTION99.55
1.33-1.340.24351850.18553811X-RAY DIFFRACTION99.5
1.34-1.360.22812180.17093813X-RAY DIFFRACTION99.56
1.36-1.380.19872080.1683757X-RAY DIFFRACTION99.87
1.38-1.40.20512070.16243793X-RAY DIFFRACTION99.65
1.4-1.420.20862050.15973813X-RAY DIFFRACTION99.65
1.42-1.440.17812020.15663754X-RAY DIFFRACTION99.1
1.44-1.460.19561850.14623822X-RAY DIFFRACTION98.96
1.46-1.490.14812180.1313755X-RAY DIFFRACTION99.62
1.49-1.510.15481930.12343826X-RAY DIFFRACTION99.7
1.51-1.540.1472000.1233782X-RAY DIFFRACTION99.72
1.54-1.570.15832370.12233793X-RAY DIFFRACTION99.73
1.57-1.60.14861990.11723836X-RAY DIFFRACTION99.63
1.6-1.640.14082320.11953787X-RAY DIFFRACTION99.55
1.64-1.670.15561930.11993794X-RAY DIFFRACTION99.58
1.67-1.710.1462100.12213799X-RAY DIFFRACTION99.55
1.71-1.760.15242070.1253850X-RAY DIFFRACTION99.78
1.76-1.810.14991970.12453817X-RAY DIFFRACTION99.53
1.81-1.870.16011790.12773819X-RAY DIFFRACTION99.4
1.87-1.940.15072050.12563810X-RAY DIFFRACTION98.65
1.94-2.020.14092120.12873750X-RAY DIFFRACTION97.85
2.02-2.110.1311960.1283859X-RAY DIFFRACTION99.68
2.11-2.220.16542210.12913824X-RAY DIFFRACTION99.75
2.22-2.360.13512070.12873853X-RAY DIFFRACTION99.63
2.36-2.540.15952370.1363828X-RAY DIFFRACTION99.22
2.54-2.790.17232250.14273835X-RAY DIFFRACTION98.83
2.79-3.20.17651820.14993897X-RAY DIFFRACTION98.69
3.2-4.030.15861900.14693803X-RAY DIFFRACTION95.48
4.03-23.060.16911960.15774004X-RAY DIFFRACTION96.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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