PDB-9dv8: The Apo structure of AckA from Treponema vincentii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dv8

タイトル

The Apo structure of AckA from Treponema vincentii

要素

Acetate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Acetate kinase / oral pathogen

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate kinase / acetate kinase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema vincentii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Deka, R.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2025
タイトル: Biophysical and biochemical evidence for the role of acetate kinases (AckAs) in an acetogenic pathway in pathogenic spirochetes.
著者: Deka, R.K. / Tso, S.C. / Liu, W.Z. / Brautigam, C.A.

履歴

登録	2024年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dv8.cif.gz	327.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dv8.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dv8_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dv8_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	9dv8_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	9dv8_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/9dv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/9dv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dv9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetate kinase

ヘテロ分子

52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetate kinase

ヘテロ分子

A: Acetate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, mass photometry sedimentation velocity analytical ultracentrifugation
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.132, 105.050, 52.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Acetate kinase / Acetokinase 分子量: 52483.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema vincentii (バクテリア) 遺伝子: ackA, TREVI0001_0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8PR54, acetate kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→28.4 Å / Num. obs: 105432 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.36→1.38 Å / Num. unique obs: 5219 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.36→28.4 Å / SU ML: 0.1178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.8265
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1621	5240	4.97 %
R_work	0.1411	100127	-
obs	0.1421	105367	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→28.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3495	0	24	346	3865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	3655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9398	4950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0789	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5619	1357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.38	0.2202	155	0.188	3243	X-RAY DIFFRACTION	97.64
1.38-1.39	0.2377	161	0.1848	3312	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.39-1.41	0.1756	172	0.1686	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.41-1.43	0.1973	186	0.1659	3360	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.43-1.45	0.2163	157	0.1733	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.45-1.47	0.2059	189	0.1766	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.47-1.49	0.2112	178	0.1563	3292	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.49-1.51	0.1856	166	0.1446	3348	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.51-1.53	0.1937	181	0.1369	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.53-1.56	0.1705	160	0.1325	3342	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.56-1.58	0.1566	195	0.122	3277	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.58-1.61	0.148	172	0.12	3323	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.61-1.64	0.1482	166	0.1198	3329	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.64-1.68	0.1711	163	0.1227	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.68-1.71	0.1477	182	0.1252	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.71-1.75	0.1581	187	0.1276	3309	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.8	0.1629	164	0.1325	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.8-1.85	0.1797	173	0.1319	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.85-1.9	0.1482	171	0.1313	3363	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.9-1.96	0.1628	187	0.13	3336	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.96-2.03	0.1575	185	0.1288	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.03-2.11	0.1514	162	0.1264	3370	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.11-2.21	0.1603	174	0.129	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.21-2.33	0.1341	181	0.125	3356	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.33-2.47	0.1355	179	0.1283	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.66	0.1469	173	0.1374	3400	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.66-2.93	0.1526	199	0.1492	3391	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.93-3.35	0.1691	166	0.1538	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.35-4.22	0.1602	186	0.1454	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.22-28.4	0.1753	170	0.1585	3597	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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