PDB-9duj: Crystal structure of RufO in complex with (Nle)RYLH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9duj

タイトル

Crystal structure of RufO in complex with (Nle)RYLH

要素

Cytochrome P450
NLE-ARG-TYR-LEU-HIS

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rufomycin biosynthesis / cytochrome P450 enzyme / RiPP-producing enzyme / nitrating heme enzyme / peptide bound

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces atratus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Nolan, K. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis for Peptide Nitration by a Novel Cytochrome P450 Enzyme in RiPP Biosynthesis
著者: Nolan, K. / Usai, R. / Li, B. / Jordan, S. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9duj.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9duj.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9duj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9duj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9duj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ebyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

B: NLE-ARG-TYR-LEU-HIS

ヘテロ分子

45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.258, 77.833, 89.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 43442.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces atratus (バクテリア) 遺伝子: rufO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A224AU14
#2: タンパク質・ペプチド	NLE-ARG-TYR-LEU-HIS 分子量: 702.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces atratus (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 524分子

#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 100 mM Tris base/HCl pH 7.0, 200 mM Calcium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 62065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 2.312 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 760297

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.51-1.54	10.5	0.631	3051	0.925	0.98	0.199	0.662	0.859	100
1.54-1.56	12	0.609	3048	0.944	0.985	0.177	0.635	0.899	100
1.56-1.59	13.2	0.557	3094	0.964	0.991	0.156	0.579	0.989	100
1.59-1.63	13.3	0.505	3052	0.968	0.992	0.141	0.525	1.104	100
1.63-1.66	13.4	0.462	3064	0.972	0.993	0.129	0.48	1.161	100
1.66-1.7	13.3	0.414	3084	0.973	0.993	0.116	0.43	1.313	100
1.7-1.74	13.3	0.361	3054	0.979	0.995	0.102	0.376	1.49	100
1.74-1.79	13.1	0.314	3067	0.982	0.995	0.09	0.327	1.695	100
1.79-1.84	12.8	0.274	3078	0.985	0.996	0.079	0.286	1.804	100
1.84-1.9	12.7	0.243	3069	0.987	0.997	0.071	0.253	2.034	100
1.9-1.97	12	0.208	3065	0.991	0.998	0.063	0.217	2.265	100
1.97-2.05	10.8	0.18	3113	0.991	0.998	0.058	0.189	2.593	100
2.05-2.14	11.2	0.148	3087	0.993	0.998	0.047	0.155	2.872	100
2.14-2.26	12.6	0.131	3085	0.995	0.999	0.038	0.137	3.087	100
2.26-2.4	12.8	0.113	3124	0.996	0.999	0.033	0.118	3.296	100
2.4-2.58	12.5	0.101	3118	0.997	0.999	0.03	0.105	3.48	100
2.58-2.84	12.3	0.091	3125	0.997	0.999	0.027	0.095	3.752	100
2.84-3.25	11.6	0.079	3152	0.997	0.999	0.024	0.083	4.066	100
3.25-4.1	9.6	0.067	3195	0.998	0.999	0.022	0.071	4.297	99.9
4.1-50	12.1	0.059	3340	0.998	1	0.017	0.062	3.772	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→47.58 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	1999	3.23 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1646	61898	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3088	0	29	516	3633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	4482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.247	1208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.55	0.2069	133	0.1897	3999	X-RAY DIFFRACTION	94
1.55-1.59	0.2221	143	0.1744	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.214	141	0.1697	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.1935	142	0.1643	4275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.75	0.1902	142	0.1649	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.82	0.1965	144	0.1655	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.9	0.2097	140	0.1733	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-2	0.2338	143	0.1657	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.13	0.1986	143	0.1593	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.29	0.1815	144	0.1568	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.52	0.2027	144	0.1643	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.89	0.1874	144	0.1662	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.64	0.1738	146	0.1616	4335	X-RAY DIFFRACTION	99
3.64-47.58	0.1732	150	0.1595	4526	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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