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- PDB-9du1: Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9du1
タイトルCo-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1
要素
  • Bromodomain-containing protein 9
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
キーワードLIGASE / FKBP12 / BRD9 / bromo domain / glue degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / cytoplasmic side of membrane / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / GBAF complex / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation ...macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / cytoplasmic side of membrane / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / GBAF complex / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / signaling receptor inhibitor activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / SWI/SNF complex / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / positive regulation of stem cell population maintenance / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Calcineurin activates NFAT / negative regulation of cell differentiation / regulation of immune response / heart morphogenesis / supramolecular fiber organization / : / sarcoplasmic reticulum membrane / T cell activation / protein maturation / sarcoplasmic reticulum / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / calcium channel regulator activity / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / regulation of protein localization / protein refolding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Bromodomain / bromo domain ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Romanowski, M.J. / Viscomi, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ternary complex DNA-encoded library screening uncovers FKBP molecular glues
著者: Zandi, T.A. / Tan, Z.R. / Romanowski, M.J. / Viscomi, J.S. / Tong, B.Q. / Bonazzi, S. / Zecri, F.J. / Schreiber, S.L. / Michaud, G.A.
履歴
登録2024年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
E: Bromodomain-containing protein 9
F: Bromodomain-containing protein 9
G: Bromodomain-containing protein 9
H: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,25413
ポリマ－101,5138
非ポリマー3,7415
水14,250791
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.163, 97.512, 100.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 12054.782 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質
Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 13323.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#3: 化合物
ChemComp-A1BB8 / 4-[4-{cyclopropyl[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]amino}-6-({1-[(2R)-2-{[(2S)-1-(3,3-dimethyl-2-oxopentanoyl)piperidine-2-carbonyl]amino}-4-(4-methoxyphenyl)butanoyl]piperidin-4-yl}amino)-1,3,5-triazin-2-yl]-N-ethylpiperazine-1-carboxamide


分子量: 912.134 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H69N13O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 8000 (MCSG SCREEN 1, CONDITION A1); 1:1:1 FKBP12:BRD9:MOTHER LIQUOR PLUS EQUIMOLAR COMPOUND IN 200-NL DROP. COMPLEX CONCENTRATED TO 10 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→99.8 Å / Num. obs: 71892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.014 Å / Num. unique obs: 755 / CC1/2: 0.324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→59.04 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 3621 5.11 %
Rwork0.2236 --
obs0.2254 70867 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→59.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6631 0 270 791 7692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3021012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.040.3551400.35072500X-RAY DIFFRACTION91
2.04-2.060.3846960.33611957X-RAY DIFFRACTION88
2.07-2.090.3078851730X-RAY DIFFRACTION92
2.09-2.130.33111630.31192758X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.160.36951520.3122707X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.190.35541620.29662722X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.230.32721400.29692675X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.270.33241350.29462271X-RAY DIFFRACTION82
2.27-2.320.35091290.27662698X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.360.30041250.26942760X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.410.32741480.27942659X-RAY DIFFRACTION98
2.41-2.470.34381480.26652745X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.530.28871740.25742723X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.60.28271760.24792686X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.680.2691080.24531941X-RAY DIFFRACTION71
2.68-2.760.24261230.23452723X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.860.2731490.23482768X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.980.27921690.24272725X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.110.34311500.23852750X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.280.25311510.22212733X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.480.23021320.20422449X-RAY DIFFRACTION88
3.48-3.750.24911400.19892516X-RAY DIFFRACTION92
3.75-4.130.1991590.18422632X-RAY DIFFRACTION96
4.13-4.730.18971240.16482784X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.950.21621110.18032823X-RAY DIFFRACTION99
5.95-100.17741322811X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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