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万見
- PDB-9dth: Tyr-His linked F33Y CuBMb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dth
タイトルTyr-His linked F33Y CuBMb
要素Myoglobin
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidase / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN ATOM / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lu, Y. / Liu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141931 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: A Post-translational Histidine-Histidine Cross-Link Enhances Enzymatic Oxygen Reduction Activity with Greater pH Adaptability.
著者: Liu, Y. / Vilbert, A.C. / Ghosh, B. / Young, R.P. / Merkley, E.D. / Mukherjee, A. / Phan, L. / Van Stappen, C. / Baghi-Damodaran, A. / Miner, K.D. / Adkins, J. / Cort, J. / Lu, Y.
履歴
登録2024年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0313
ポリマ－17,3981
非ポリマー6322
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.886, 31.407, 70.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin / Nitrite reductase MB / Pseudoperoxidase MB


分子量: 17398.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P02185, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % / 解説: Long needles, dark-red color
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: F33YCuBMb (2.2 mM) in 20 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (tris) pH 8 (pH adjusted H2SO4), was mixed 1:1 with well buffer (0.2 M sodium acetate, 0.1 M tris hydrochloride pH 8.5, with 30% ...詳細: F33YCuBMb (2.2 mM) in 20 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane (tris) pH 8 (pH adjusted H2SO4), was mixed 1:1 with well buffer (0.2 M sodium acetate, 0.1 M tris hydrochloride pH 8.5, with 30% polyethylene glycol 4000) using the hanging drop method, with 300 uL well buffer in the well of the crystallization tray, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月29日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.08 Å / Num. obs: 13045 / % possible obs: 94.69 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.63 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08634 / Rpim(I) all: 0.05611 / Rrim(I) all: 0.1035 / Net I/σ(I): 11.85
反射 シェル解像度: 1.8→1.8645 Å / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→33.08 Å / SU ML: 0.2032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 28.8319
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 637 4.85 %
Rwork0.2071 23016 -
obs0.2078 13045 91.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 44 81 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31871774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3567475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.35191200.33042969X-RAY DIFFRACTION92.51
1.88-1.980.331080.29642924X-RAY DIFFRACTION92.52
1.98-2.110.25151560.25072931X-RAY DIFFRACTION92.93
2.11-2.270.2641760.23792804X-RAY DIFFRACTION91.38
2.27-2.50.23751300.2242629X-RAY DIFFRACTION83.99
2.5-2.860.23591570.22132999X-RAY DIFFRACTION95.15
2.86-3.60.22811630.19692947X-RAY DIFFRACTION94.9
3.6-33.080.16761640.16122813X-RAY DIFFRACTION90.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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